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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33144 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of EDS1 and PAD4 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | NLR / Plant Protein / Plant immune signaling / TRANSFERASE-TRANSFERASE ACTIVATOR complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellular response to trehalose stimulus / regulation of salicylic acid biosynthetic process / positive regulation of camalexin biosynthetic process / positive regulation of defense response to insect / aerenchyma formation / positive regulation of salicylic acid mediated signaling pathway / EDS1 disease-resistance complex / regulation of salicylic acid mediated signaling pathway / defense response to insect / negative regulation of ethylene-activated signaling pathway ...cellular response to trehalose stimulus / regulation of salicylic acid biosynthetic process / positive regulation of camalexin biosynthetic process / positive regulation of defense response to insect / aerenchyma formation / positive regulation of salicylic acid mediated signaling pathway / EDS1 disease-resistance complex / regulation of salicylic acid mediated signaling pathway / defense response to insect / negative regulation of ethylene-activated signaling pathway / leaf abscission / negative regulation of defense response / regulation of jasmonic acid mediated signaling pathway / response to insect / systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway / systemic acquired resistance / plant-type hypersensitive response / response to salicylic acid / ethylene-activated signaling pathway / leaf senescence / response to singlet oxygen / positive regulation of defense response to bacterium / lipase activity / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / response to other organism / response to UV-C / lipid catabolic process / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / chloroplast / response to bacterium / lipid metabolic process / transferase activity / defense response to Gram-negative bacterium / response to hypoxia / defense response to bacterium / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.93 Å | |||||||||
データ登録者 | Huang SJ / Jia AL / Sun Y / Han ZF / Chai JJ | |||||||||
資金援助 | 中国, ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2022 タイトル: Identification and receptor mechanism of TIR-catalyzed small molecules in plant immunity. 著者: Shijia Huang / Aolin Jia / Wen Song / Giuliana Hessler / Yonggang Meng / Yue Sun / Lina Xu / Henriette Laessle / Jan Jirschitzka / Shoucai Ma / Yu Xiao / Dongli Yu / Jiao Hou / Ruiqi Liu / ...著者: Shijia Huang / Aolin Jia / Wen Song / Giuliana Hessler / Yonggang Meng / Yue Sun / Lina Xu / Henriette Laessle / Jan Jirschitzka / Shoucai Ma / Yu Xiao / Dongli Yu / Jiao Hou / Ruiqi Liu / Huanhuan Sun / Xiaohui Liu / Zhifu Han / Junbiao Chang / Jane E Parker / Jijie Chai / 要旨: Plant nucleotide-binding leucine-rich repeat-containing (NLR) receptors with an N-terminal Toll/interleukin-1 receptor (TIR) domain sense pathogen effectors to enable TIR-encoded nicotinamide adenine ...Plant nucleotide-binding leucine-rich repeat-containing (NLR) receptors with an N-terminal Toll/interleukin-1 receptor (TIR) domain sense pathogen effectors to enable TIR-encoded nicotinamide adenine dinucleotide hydrolase (NADase) activity for immune signaling. TIR-NLR signaling requires the helper NLRs N requirement gene 1 (NRG1), Activated Disease Resistance 1 (ADR1), and Enhanced Disease Susceptibility 1 (EDS1), which forms a heterodimer with each of its paralogs Phytoalexin Deficient 4 (PAD4) and Senescence-Associated Gene 101 (SAG101). Here, we show that TIR-containing proteins catalyze the production of 2'-(5''-phosphoribosyl)-5'-adenosine monophosphate (pRib-AMP) and diphosphate (pRib-ADP) in vitro and in planta. Biochemical and structural data demonstrate that EDS1-PAD4 is a receptor complex for pRib-AMP and pRib-ADP, which allosterically promote EDS1-PAD4 interaction with ADR1-L1 but not NRG1A. Our study identifies TIR-catalyzed pRib-AMP and pRib-ADP as a missing link in TIR signaling through EDS1-PAD4 and as likely second messengers for plant immunity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33144.map.gz | 7.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33144-v30.xml emd-33144.xml | 17.4 KB 17.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33144.png | 27.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-33144.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_33144_half_map_1.map.gz emd_33144_half_map_2.map.gz | 80.8 MB 80.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33144 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33144 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_33144_validation.pdf.gz | 709.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_33144_full_validation.pdf.gz | 708.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_33144_validation.xml.gz | 13.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_33144_validation.cif.gz | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33144 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-33144 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7xddMC 7xeyC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33144.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.6746 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_33144_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_33144_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Binary complex of EDS1 and PAD4
全体 | 名称: Binary complex of EDS1 and PAD4 |
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要素 |
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-超分子 #1: Binary complex of EDS1 and PAD4
超分子 | 名称: Binary complex of EDS1 and PAD4 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: PAD4
超分子 | 名称: PAD4 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
-超分子 #3: EDS1
超分子 | 名称: EDS1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
-分子 #1: Lipase-like PAD4
分子 | 名称: Lipase-like PAD4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO EC番号: 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 60.693133 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: CRFETSELQA SVMISTPLFT DSWSSCNTAN CNGSIKIHDI AGITYVAIPA VSMIQLGNLV GLPVTGDVLF PGLSSDEPLP MVDAAILKL FLQLKIKEGL ELELLGKKLV VITGHSTGGA LAAFTALWLL SQSSPPSFRV FCITFGSPLL GNQSLSTSIS R SRLAHNFC ...文字列: CRFETSELQA SVMISTPLFT DSWSSCNTAN CNGSIKIHDI AGITYVAIPA VSMIQLGNLV GLPVTGDVLF PGLSSDEPLP MVDAAILKL FLQLKIKEGL ELELLGKKLV VITGHSTGGA LAAFTALWLL SQSSPPSFRV FCITFGSPLL GNQSLSTSIS R SRLAHNFC HVVSIHDLVP RSSNEQFWPF GTYLFCSDKG GVCLDNAGSV RLMFNILNTT ATQNTEEHQR YGHYVFTLSH MF LKSRSFL GGSIPDNSYQ AGVALAVEAL GFSNDDTSGV LVKECIETAT RIVRAPILRS AELANELASV LPARLEIQWY KDR CDASEE QLGYYDFFKR YSLKRDFKVN MSRIRLAKFW DTVIKMVETN ELPFDFHLGK KWIYASQFYQ LLAEPLDIAN FYKN RDIKT GGHYLEGNRP KRYEVIDKWQ KGVKVPEECV RSRYASTTQD TCFWAKLEQA KEWLDEARKE SSDPQRRSLL REKIV PFES YANTLVTKKE VSLDVKAKNS SYSVWEANLK EFKCKMGYEN EIEMVVDESD AMET UniProtKB: Lipase-like PAD4 |
-分子 #2: Protein EDS1
分子 | 名称: Protein EDS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 71.784195 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MAFEALTGIN GDLITRSWSA SKQAYLTERY HKEEAGAVVI FAFQPSFSEK DFFDPDNKSS FGEIKLNRVQ FPCMRKIGKG DVATVNEAF LKNLEAIIDP RTSFQASVEM AVRSRKQIVF TGHSSGGATA ILATVWYLEK YFIRNPNVYL EPRCVTFGAP L VGDSIFSH ...文字列: MAFEALTGIN GDLITRSWSA SKQAYLTERY HKEEAGAVVI FAFQPSFSEK DFFDPDNKSS FGEIKLNRVQ FPCMRKIGKG DVATVNEAF LKNLEAIIDP RTSFQASVEM AVRSRKQIVF TGHSSGGATA ILATVWYLEK YFIRNPNVYL EPRCVTFGAP L VGDSIFSH ALGREKWSRF FVNFVSRFDI VPRIMLARKA SVEETLPHVL AQLDPRKSSV QESEQRITEF YTRVMRDTST VA NQAVCEL TGSAEAFLET LSSFLELSPY RPAGTFVFST EKRLVAVNNS DAILQMLFYT SQASDEQEWS LIPFRSIRDH HSY EELVQS MGKKLFNHLD GENSIESTLN DLGVSTRGRQ YVQAALEEEK KRVENQKKII QVIEQERFLK KLAWIEDEYK PKCQ AHKNG YYDSFKVSNE ENDFKANVKR AELAGVFDEV LGLMKKCQLP DEFEGDIDWI KLATRYRRLV EPLDIANYHR HLKNE DTGP YMKRGRPTRY IYAQRGYEHY ILKPNGMIAE DVFWNKVNGL NLGLQLEEIQ ETLKNSGSEC GSCFWAEVEE LKGKPY EEV EVRVKTLEGM LGEWITDGEV DDKEIFLEGS TFRKWWITLP KNHKSHSPLR DYMMDEITDT UniProtKB: Protein EDS1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 133202 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |