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- EMDB-32962: MERS-CoV spike complex with S41 neutralizing antibody Fab Class2 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-32962
タイトルMERS-CoV spike complex with S41 neutralizing antibody Fab Class2 (1u2d RBD with 2Fab)
マップデータ
試料
  • 複合体: MERS-CoV Spike with S41 Fab
    • 複合体: S41 neutralizing antibody Fab
      • タンパク質・ペプチド: antibody S41 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: antibody S41 light chain
    • 複合体: MERS-CoV Spike
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoproteinスパイクタンパク質
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane ...host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated endocytosis of virus by host cell / membrane fusion / positive regulation of viral entry into host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus ...Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, MERS-CoV / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, MERS-CoV-like / Spike glycoprotein S2, coronavirus, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S2, intravirion / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit N-terminal (NTD) domain profile. / Spike glycoprotein, N-terminal domain superfamily / Betacoronavirus spike (S) glycoprotein S1 subunit C-terminal (CTD) domain profile. / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike S1 subunit, receptor binding domain superfamily, betacoronavirus / Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Betacoronavirus-like spike glycoprotein S1, N-terminal / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 1 / Spike glycoprotein S2, coronavirus, heptad repeat 2 / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 2 (HR2) region profile. / Coronavirus spike (S) glycoprotein S2 subunit heptad repeat 1 (HR1) region profile. / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S2 / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
スパイクタンパク質
類似検索 - 構成要素
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Zeng JW / Zhang SY / Zhou HX / Wang XW
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2020YFC0845900 中国
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2022
タイトル: Cryoelectron microscopy structures of a human neutralizing antibody bound to MERS-CoV spike glycoprotein.
著者: Shuyuan Zhang / Wenxv Jia / Jianwei Zeng / Mingxi Li / Ziyi Wang / Haixia Zhou / Linqi Zhang / Xinquan Wang /
要旨: Neutralizing monoclonal antibodies (mAbs) against highly pathogenic coronaviruses represent promising candidates for clinical intervention. Here, we isolated a potent neutralizing monoclonal ...Neutralizing monoclonal antibodies (mAbs) against highly pathogenic coronaviruses represent promising candidates for clinical intervention. Here, we isolated a potent neutralizing monoclonal antibody, MERS-S41, from a yeast displayed scFv library using the S protein as a bait. To uncover the neutralization mechanism, we determined structures of MERS-S41 Fab in complex with the trimeric spike glycoprotein by cryoelectron microscopy (cryo-EM). We observed four distinct classes of the complex structure, which showed that the MERS-S41 Fab bound to the "up" receptor binding domain (RBD) with full saturation and also bound to an accessible partially lifted "down" RBD, providing a structural basis for understanding how mAbs bind to trimeric spike glycoproteins. Structure analysis of the epitope and cell surface staining assays demonstrated that virus entry is blocked predominantly by direct competition with the host receptor, dipeptidyl peptidase-4 (DPP4).
履歴
登録2022年2月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月9日-
マップ公開2022年11月9日-
更新2022年11月23日-
現状2022年11月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_32962.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_32962.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0825 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.005
最小 - 最大0.0 - 0.10493815
平均 (標準偏差)0.00021461581 (±0.0021731616)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 346.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : MERS-CoV Spike with S41 Fab

全体名称: MERS-CoV Spike with S41 Fab
要素
  • 複合体: MERS-CoV Spike with S41 Fab
    • 複合体: S41 neutralizing antibody Fab
      • タンパク質・ペプチド: antibody S41 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: antibody S41 light chain
    • 複合体: MERS-CoV Spike
      • タンパク質・ペプチド: Spike glycoproteinスパイクタンパク質

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超分子 #1: MERS-CoV Spike with S41 Fab

超分子名称: MERS-CoV Spike with S41 Fab / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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超分子 #2: S41 neutralizing antibody Fab

超分子名称: S41 neutralizing antibody Fab / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293

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超分子 #3: MERS-CoV Spike

超分子名称: MERS-CoV Spike / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1

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分子 #1: Spike glycoprotein

分子名称: Spike glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
分子量理論値: 148.570266 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MIHSVFLLMF LLTPTESYVD VGPDSVKSAC IEVDIQQTFF DKTWPRPIDV SKADGIIYPQ GRTYSNITIT YQGLFPYQGD HGDMYVYSA GHATGTTPQK LFVANYSQDV KQFANGFVVR IGAAANSTGT VIISPSTSAT IRKIYPAFML GSSVGNFSDG K MGRFFNHT ...文字列:
MIHSVFLLMF LLTPTESYVD VGPDSVKSAC IEVDIQQTFF DKTWPRPIDV SKADGIIYPQ GRTYSNITIT YQGLFPYQGD HGDMYVYSA GHATGTTPQK LFVANYSQDV KQFANGFVVR IGAAANSTGT VIISPSTSAT IRKIYPAFML GSSVGNFSDG K MGRFFNHT LVLLPDGCGT LLRAFYCILE PRSGNHCPAG NSYTSFATYH TPATDCSDGN YNRNASLNSF KEYFNLRNCT FM YTYNITE DEILEWFGIT QTAQGVHLFS SRYVDLYGGN MFQFATLPVY DTIKYYSIIP HSIRSIQSDR KAWAAFYVYK LQP LTFLLD FSVDGYIRRA IDCGFNDLSQ LHCSYESFDV ESGVYSVSSF EAKPSGSVVE QAEGVECDFS PLLSGTPPQV YNFK RLVFT NCNYNLTKLL SLFSVNDFTC SQISPAAIAS NCYSSLILDY FSYPLSMKSD LSVSSAGPIS QFNYKQSFSN PTCLI LATV PHNLTTITKP LKYSYINKCS RLLSDDRTEV PQLVNANQYS PCVSIVPSTV WEDGDYYRKQ LSPLEGGGWL VASGST VAM TEQLQMGFGI TVQYGTDTNS VCPKLEFAND TKIASQLGNC VEYSLYGVSG RGVFQNCTAV GVRQQRFVYD AYQNLVG YY SDDGNYYCLR ACVSVPVSVI YDKETKTHAT LFGSVACEHI SSTMSQYSRS TRSMLKRRDS TYGPLQTPVG CVLGLVNS S LFVEDCKLPL GQSLCALPDT PSTLTPRSVR SVPGEMRLAS IAFNHPIQVD QLNSSYFKLS IPTNFSFGVT QEYIQTTIQ KVTVDCKQYV CNGFQKCEQL LREYGQFCSK INQALHGANL RQDDSVRNLF ASVKSSQSSP IIPGFGGDFN LTLLEPVSIS TGSRSARSA IEDLLFDKVT IADPGYMQGY DDCMQQGPAS ARDLICAQYV AGYKVLPPLM DVNMEAAYTS SLLGSIAGVG W TAGLSSFA AIPFAQSIFY RLNGVGITQQ VLSENQKLIA NKFNQALGAM QTGFTTTNEA FQKVQDAVNN NAQALSKLAS EL SNTFGAI SASIGDIIQR LDPPEQDAQI DRLINGRLTT LNAFVAQQLV RSESAALSAQ LAKDKVNECV KAQSKRSGFC GQG THIVSF VVNAPNGLYF MHVGYYPSNH IEVVSAYGLC DAANPTNCIA PVNGYFIKTN NTRIVDEWSY TGSSFYAPEP ITSL NTKYV APQVTYQNIS TNLPPPLLGN STGIDFQDEL DEFFKNVSTS IPNFGSLTQI NTTLLDLTYE MLSLQQVVKA LNESY IDLK ELGNYTSREN LYFQGGGSAG SGYIPEAPRD GQAYVRKDGE WVLLSTFLGH HHHHHWSHPQ FEK

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分子 #2: antibody S41 heavy chain

分子名称: antibody S41 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.251098 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKASGGTFS SYGITWVRQA PGQGLEWMGR IIPILGISRS VQKFQGRITI TADKSTSTAY MDLSGLTSD DTAVYYCARE GGSGYDFFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS ...文字列:
QVQLVQSGAE VKKPGSSVKV SCKASGGTFS SYGITWVRQA PGQGLEWMGR IIPILGISRS VQKFQGRITI TADKSTSTAY MDLSGLTSD DTAVYYCARE GGSGYDFFDY WGQGTLVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS GGTAALGCLV KDYFPEPVTV S WNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKRV EPK

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分子 #3: antibody S41 light chain

分子名称: antibody S41 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.095535 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SSYLAWYQQR PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTIGRLE PEDSAVYYC QQYGSSPWTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
EIVLTQSPGT LSLSPGERAT LSCRASQSVS SSYLAWYQQR PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTIGRLE PEDSAVYYC QQYGSSPWTF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNR

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.49 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 424969

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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