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- EMDB-31396: Cytochrome c-type biogenesis protein CcmABCD from E. coli in comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-31396
タイトルCytochrome c-type biogenesis protein CcmABCD from E. coli in complex with Heme and ATP.
マップデータ
試料
  • 複合体: Cytochrome c-type biogenesis protein CcmABCD
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c biogenesis ATP-binding export protein CcmA
    • タンパク質・ペプチド: Heme exporter protein B
    • タンパク質・ペプチド: Heme exporter protein C
    • タンパク質・ペプチド: Heme exporter protein D
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: water
キーワードATP-binding exporter / Heme transmembrane transporter / Cytochrome c biogenesis protein. / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cytochrome c biosynthetic process / heme import across plasma membrane / ABC-type heme transporter / heme transmembrane transporter activity / ABC-type heme transporter activity / cytochrome complex assembly / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / heme binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c-type biogenesis protein CcmB / Cytochrome c-type biogenesis protein CcmC / ABC transporter, haem export, CcmA / Haem exporter protein D (CcmD) / Cytochrome c-type biogenesis protein CcmB, bacteria / : / CcmB protein / Heme exporter protein D (CcmD) / Cytochrome C biogenesis export ATP-binding protein ccmA family profile. / Cytochrome c-type biogenesis protein CcsA/CcmC ...Cytochrome c-type biogenesis protein CcmB / Cytochrome c-type biogenesis protein CcmC / ABC transporter, haem export, CcmA / Haem exporter protein D (CcmD) / Cytochrome c-type biogenesis protein CcmB, bacteria / : / CcmB protein / Heme exporter protein D (CcmD) / Cytochrome C biogenesis export ATP-binding protein ccmA family profile. / Cytochrome c-type biogenesis protein CcsA/CcmC / Cytochrome c assembly protein / Cytochrome C assembly protein / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Heme exporter protein B / Heme exporter protein C / Heme exporter protein D / Cytochrome c biogenesis ATP-binding export protein CcmA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å
データ登録者Li J / Zheng W / Gu M / Zhang K / Zhu JP
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structures of the CcmABCD heme release complex at multiple states.
著者: Jiao Li / Wan Zheng / Ming Gu / Long Han / Yanmei Luo / Koukou Yu / Mengxin Sun / Yuliang Zong / Xiuxiu Ma / Bing Liu / Ethan P Lowder / Deanna L Mendez / Robert G Kranz / Kai Zhang / Jiapeng Zhu /
要旨: Cytochromes c use heme as a cofactor to carry electrons in respiration and photosynthesis. The cytochrome c maturation system I, consisting of eight membrane proteins (CcmABCDEFGH), results in the ...Cytochromes c use heme as a cofactor to carry electrons in respiration and photosynthesis. The cytochrome c maturation system I, consisting of eight membrane proteins (CcmABCDEFGH), results in the attachment of heme to cysteine residues of cytochrome c proteins. Since all c-type cytochromes are periplasmic, heme is first transported to a periplasmic heme chaperone, CcmE. A large membrane complex, CcmABCD has been proposed to carry out this transport and linkage to CcmE, yet the structural basis and mechanisms underlying the process are unknown. We describe high resolution cryo-EM structures of CcmABCD in an unbound form, in complex with inhibitor AMP-PNP, and in complex with ATP and heme. We locate the ATP-binding site in CcmA and the heme-binding site in CcmC. Based on our structures combined with functional studies, we propose a hypothetic model of heme trafficking, heme transfer to CcmE, and ATP-dependent release of holoCcmE from CcmABCD. CcmABCD represents an ABC transporter complex using the energy of ATP hydrolysis for the transfer of heme from one binding partner (CcmC) to another (CcmE).
履歴
登録2021年6月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年11月9日-
マップ公開2022年11月9日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_31396.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_31396.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.24 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.24 Å		0.83 Å/pix.
x 320 pix.
= 266.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.212
最小 - 最大-1.0752972 - 1.701379
平均 (標準偏差)0.001502109 (±0.041804776)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 266.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cytochrome c-type biogenesis protein CcmABCD

全体名称: Cytochrome c-type biogenesis protein CcmABCD
要素
  • 複合体: Cytochrome c-type biogenesis protein CcmABCD
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c biogenesis ATP-binding export protein CcmA
    • タンパク質・ペプチド: Heme exporter protein B
    • タンパク質・ペプチド: Heme exporter protein C
    • タンパク質・ペプチド: Heme exporter protein D
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: water

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超分子 #1: Cytochrome c-type biogenesis protein CcmABCD

超分子名称: Cytochrome c-type biogenesis protein CcmABCD / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
分子量理論値: 130 KDa

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分子 #1: Cytochrome c biogenesis ATP-binding export protein CcmA

分子名称: Cytochrome c biogenesis ATP-binding export protein CcmA
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ABC-type heme transporter
由来(天然)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
分子量理論値: 23.080213 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGMLEARELL CERDERTLFS GLSFTLNAGE WVQITGSNGA GKTTLLRLLT GLSRPDAGEV LWQGQPLHQV RDSYHQNLLW IGHQPGIKT RLTALENLHF YHRDGDTAQC LEALAQAGLA GFEDIPVNQL SAGQQRRVAL ARLWLTRATL WILDEPFTAI D VNGVDRLT ...文字列:
MGMLEARELL CERDERTLFS GLSFTLNAGE WVQITGSNGA GKTTLLRLLT GLSRPDAGEV LWQGQPLHQV RDSYHQNLLW IGHQPGIKT RLTALENLHF YHRDGDTAQC LEALAQAGLA GFEDIPVNQL SAGQQRRVAL ARLWLTRATL WILDEPFTAI D VNGVDRLT QRMAQHTEQG GIVILTTHQP LNVAESKIRR ISLTQTRAA

UniProtKB: Cytochrome c biogenesis ATP-binding export protein CcmA

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分子 #2: Heme exporter protein B

分子名称: Heme exporter protein B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
分子量理論値: 23.632676 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MMFWRIFRLE LRVAFRHSAE IANPLWFFLI VITLFPLSIG PEPQLLARIA PGIIWVAALL SSLLALERLF RDDLQDGSLE QLMLLPLPL PAVVLAKVMA HWMVTGLPLL ILSPLVAMLL GMDVYGWQVM ALTLLLGTPT LGFLGAPGVA LTVGLKRGGV L LSILVLPL ...文字列:
MMFWRIFRLE LRVAFRHSAE IANPLWFFLI VITLFPLSIG PEPQLLARIA PGIIWVAALL SSLLALERLF RDDLQDGSLE QLMLLPLPL PAVVLAKVMA HWMVTGLPLL ILSPLVAMLL GMDVYGWQVM ALTLLLGTPT LGFLGAPGVA LTVGLKRGGV L LSILVLPL TIPLLIFATA AMDAASMHLP VDGYLAILGA LLAGTATLSP FATAAALRIS IQ

UniProtKB: Heme exporter protein B

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分子 #3: Heme exporter protein C

分子名称: Heme exporter protein C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
分子量理論値: 27.911264 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MWKTLHQLAI PPRLYQICGW FIPWLAIASV VVLTVGWIWG FGFAPADYQQ GNSYRIIYLH VPAAIWSMGI YASMAVAAFI GLVWQMKMA NLAVAAMAPI GAVFTFIALV TGSAWGKPMW GTWWVWDARL TSELVLLFLY VGVIALWHAF DDRRLAGRAA G ILVLIGVV ...文字列:
MWKTLHQLAI PPRLYQICGW FIPWLAIASV VVLTVGWIWG FGFAPADYQQ GNSYRIIYLH VPAAIWSMGI YASMAVAAFI GLVWQMKMA NLAVAAMAPI GAVFTFIALV TGSAWGKPMW GTWWVWDARL TSELVLLFLY VGVIALWHAF DDRRLAGRAA G ILVLIGVV NLPIIHYSVE WWNTLHQGST RMQQSIDPAM RSPLRWSIFG FLLLSATLTL MRMRNLILLM EKRRPWVSEL IL KRGRK

UniProtKB: Heme exporter protein C

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分子 #4: Heme exporter protein D

分子名称: Heme exporter protein D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
分子量理論値: 7.753103 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MTPAFASWNE FFAMGGYAFF VWLAVVMTVI PLVVLVVHSV MQHRAILRGV AQQRAREARL RAAQQQEAA

UniProtKB: Heme exporter protein D

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #6: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #7: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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分子 #8: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

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分子 #9: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 4 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.4388 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 270825
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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