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- EMDB-30582: Structure of Mycobacterium smegmatis bd complex in the apo-form. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30582
タイトルStructure of Mycobacterium smegmatis bd complex in the apo-form.
マップデータ
試料
  • 複合体: Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis bd complex
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome D ubiquinol oxidase subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Integral membrane cytochrome D ubiquinol oxidase (Subunit II) CydB
  • リガンド: HEME B/C
  • リガンド: CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; ジフェノール類縁体を供与体とする; 酸素が電子受容体 / cytochrome complex / アルカリホスファターゼ / alkaline phosphatase activity / aerobic electron transport chain / electron transfer activity / membrane => GO:0016020 / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Cytochrome ubiquinol oxidase subunit 1 / Cytochrome ubiquinol oxidase subunit 2 / Cytochrome bd terminal oxidase subunit I / Cytochrome bd terminal oxidase subunit II
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome D ubiquinol oxidase subunit 1 / Integral membrane cytochrome D ubiquinol oxidase (Subunit II) CydB
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Wang W / Gong H / Gao Y / Zhou X / Rao Z
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDB37030201, XDB37020203 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81520108019, 813300237 中国
Chinese Academy of Sciences2017YFC0840300 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of mycobacterial cytochrome bd reveals two oxygen access channels.
著者: Weiwei Wang / Yan Gao / Yanting Tang / Xiaoting Zhou / Yuezheng Lai / Shan Zhou / Yuying Zhang / Xiuna Yang / Fengjiang Liu / Luke W Guddat / Quan Wang / Zihe Rao / Hongri Gong /
要旨: Cytochromes bd are ubiquitous amongst prokaryotes including many human-pathogenic bacteria. Such complexes are targets for the development of antimicrobial drugs. However, an understanding of the ...Cytochromes bd are ubiquitous amongst prokaryotes including many human-pathogenic bacteria. Such complexes are targets for the development of antimicrobial drugs. However, an understanding of the relationship between the structure and functional mechanisms of these oxidases is incomplete. Here, we have determined the 2.8 Å structure of Mycobacterium smegmatis cytochrome bd by single-particle cryo-electron microscopy. This bd oxidase consists of two subunits CydA and CydB, that adopt a pseudo two-fold symmetrical arrangement. The structural topology of its Q-loop domain, whose function is to bind the substrate, quinol, is significantly different compared to the C-terminal region reported for cytochromes bd from Geobacillus thermodenitrificans (G. th) and Escherichia coli (E. coli). In addition, we have identified two potential oxygen access channels in the structure and shown that similar tunnels also exist in G. th and E. coli cytochromes bd. This study provides insights to develop a framework for the rational design of antituberculosis compounds that block the oxygen access channels of this oxidase.
履歴
登録2020年9月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年6月23日-
マップ公開2021年6月23日-
更新2021年11月10日-
現状2021年11月10日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7d5i
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_30582.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30582.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.3 / ムービー #1: 0.7
最小 - 最大-2.2122407 - 3.9668531
平均 (標準偏差)0.00079936656 (±0.15904944)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 209.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.820.820.82
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z209.920209.920209.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ192139186
NX/NY/NZ211274246
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-2.2123.9670.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis bd complex

全体名称: Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis bd complex
要素
  • 複合体: Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis bd complex
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome D ubiquinol oxidase subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Integral membrane cytochrome D ubiquinol oxidase (Subunit II) CydB
  • リガンド: HEME B/C
  • リガンド: CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE

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超分子 #1: Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis bd complex

超分子名称: Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis bd complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Cytochrome D ubiquinol oxidase subunit 1

分子名称: Cytochrome D ubiquinol oxidase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 酸化還元酵素; ジフェノール類縁体を供与体とする; 酸素が電子受容体
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2 155
分子量理論値: 53.997961 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDALDLSRWQ FGITTVYHFI FVPLTIGLAP LIAVMQTVWV ATGNDTWYRL TRFFGKLFLI NFAIGVATGI VQEFQFGMNW SEYSRFVGD IFGAPLAMEG LAAFFFESTF IGLWIFGWTR LPRWLHLACI WIVAIAVNLS AFFIISANSF MQHPVGARFN P ETGRAELE ...文字列:
MDALDLSRWQ FGITTVYHFI FVPLTIGLAP LIAVMQTVWV ATGNDTWYRL TRFFGKLFLI NFAIGVATGI VQEFQFGMNW SEYSRFVGD IFGAPLAMEG LAAFFFESTF IGLWIFGWTR LPRWLHLACI WIVAIAVNLS AFFIISANSF MQHPVGARFN P ETGRAELE SIFALFTNNT AIAAFTHAVS GAFLTAGVFV ACVCAWWMVR SHRTGGESAA DAATMYRPAT ILGCWVTLVA AV ALFFTGD AQGKLMFEQQ PMKMASAESL CHSEQDPSFS VLTVGTHNNC DSVVHLIEVP YVLPFLAEGK FSGVHLDGVV DLQ RSYEEK FGPGDYRPNL FVTYWSFRAM IGFLAVPGLF ALAALWLTRG GRIPDQRWFS WFALLTIPTP FLANSAGWVF TEMG RQPWV VVPNPTGDQD IRLTVAQGVS DHSVGLVVLS LVAFTLVYAV LAVIWFFLLR RYIVQGPSEH DSEPAAPRPP DADDV APLS FAY

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分子 #2: Integral membrane cytochrome D ubiquinol oxidase (Subunit II) CydB

分子名称: Integral membrane cytochrome D ubiquinol oxidase (Subunit II) CydB
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: アルカリホスファターゼ
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 155 (バクテリア)
株: MC2 155
分子量理論値: 39.35266 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGLQELWFIL LAVLFLGFFL LEGFDFGVGM LMSFFGRAAE KRGQDPEPYR RAALNTIGPV WDGNEVWLIT AGGAMFAAFP EMYASMFSG LYLALLVILC AMILRIVAIE WRGKIDDPGW RRWADTGIAV GSWVPAILWG VAFASLVRGL PVDADKQIHL S FFGDLLNA ...文字列:
MGLQELWFIL LAVLFLGFFL LEGFDFGVGM LMSFFGRAAE KRGQDPEPYR RAALNTIGPV WDGNEVWLIT AGGAMFAAFP EMYASMFSG LYLALLVILC AMILRIVAIE WRGKIDDPGW RRWADTGIAV GSWVPAILWG VAFASLVRGL PVDADKQIHL S FFGDLLNA YTLLGGLATC ALFAFHGAVF VSLKTSGEIR TDAFGFARLL ALPATALVAA FGVWTQVAHG TGWTWIVLAA AV IAQLVAV AQVFRGSGEG WAFGATSVVV AAVVVLLFGS LFPDLIPSTL NPDWSLTIYN GSSSPYTLKI MTWAALVFAP LVV VYQGWT YWVFSKRISA DRIPAPIGLS RRSSHHHHHH HHHH

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分子 #3: HEME B/C

分子名称: HEME B/C / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: HEB
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEB:
HEME B/C

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分子 #4: CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE

分子名称: CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: HDD
分子量理論値: 632.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HDD:
CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE / ヘム

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: The software used for reconstruction is cryoSPARC. / 使用した粒子像数: 270938

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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