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万見
- EMDB-29728: Native GABA-A receptor from the mouse brain, alpha1-beta2-gamma2 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-29728
タイトルNative GABA-A receptor from the mouse brain, alpha1-beta2-gamma2 subtype, in complex with didesethylflurazepam and endogenous GABA
マップデータ
試料
  • 複合体: Native GABAA Receptor isolated from mouse brain containing two alpha1 subunits, in complex with 8E3-Fab, didesethylflurazepam, and endogenous GABA
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-2
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Heavy Chain of 8E3 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Light Chain of 8E3 Fab
  • リガンド: GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID
  • リガンド: (5M)-1-(2-aminoethyl)-7-chloro-5-(2-fluorophenyl)-1,3-dihydro-2H-1,4-benzodiazepin-2-one
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードligand-gated ion channel (リガンド依存性イオンチャネル) / cys-loop receptor / neurotransmitter receptor (神経伝達物質受容体) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


GABA receptor activation / diazepam binding / inhibitory synapse / GABA receptor complex / organic cyclic compound binding / inhibitory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / inner ear receptor cell development / cellular response to histamine / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor activity ...GABA receptor activation / diazepam binding / inhibitory synapse / GABA receptor complex / organic cyclic compound binding / inhibitory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / inner ear receptor cell development / cellular response to histamine / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly / 神経 / postsynaptic specialization membrane / neurotransmitter receptor activity / synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / adult behavior / cochlea development / chloride channel activity / chloride channel complex / GABA-ergic synapse / neuron development / regulation of postsynaptic membrane potential / presynaptic active zone membrane / chloride transmembrane transport / dendrite membrane / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / post-embryonic development / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle / postsynapse / chemical synaptic transmission / neuron projection / 神経繊維 / glutamatergic synapse / シナプス / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Gamma-aminobutyric-acid A receptor, gamma 2 subunit / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-1/4 / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha 1 subunit / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha subunit / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. ...Gamma-aminobutyric-acid A receptor, gamma 2 subunit / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-1/4 / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha 1 subunit / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, beta subunit / : / Gamma-aminobutyric-acid A receptor, alpha subunit / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel, conserved site / Neurotransmitter-gated ion-channels signature. / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane region / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2 / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 / Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Sun C / Gouaux E
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)5R01GM100400-08 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2018
タイトル: Real-space refinement in PHENIX for cryo-EM and crystallography.
著者: Pavel V Afonine / Billy K Poon / Randy J Read / Oleg V Sobolev / Thomas C Terwilliger / Alexandre Urzhumtsev / Paul D Adams /
要旨: This article describes the implementation of real-space refinement in the phenix.real_space_refine program from the PHENIX suite. The use of a simplified refinement target function enables very fast ...This article describes the implementation of real-space refinement in the phenix.real_space_refine program from the PHENIX suite. The use of a simplified refinement target function enables very fast calculation, which in turn makes it possible to identify optimal data-restraint weights as part of routine refinements with little runtime cost. Refinement of atomic models against low-resolution data benefits from the inclusion of as much additional information as is available. In addition to standard restraints on covalent geometry, phenix.real_space_refine makes use of extra information such as secondary-structure and rotamer-specific restraints, as well as restraints or constraints on internal molecular symmetry. The re-refinement of 385 cryo-EM-derived models available in the Protein Data Bank at resolutions of 6 Å or better shows significant improvement of the models and of the fit of these models to the target maps.
履歴
登録2023年2月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年9月20日-
マップ公開2023年9月20日-
更新2023年11月15日-
現状2023年11月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_29728.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_29728.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.16861008 - 0.45123962
平均 (標準偏差)0.0019275317 (±0.013940953)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 298.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_29728_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_29728_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_29728_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Native GABAA Receptor isolated from mouse brain containing two al...

全体名称: Native GABAA Receptor isolated from mouse brain containing two alpha1 subunits, in complex with 8E3-Fab, didesethylflurazepam, and endogenous GABA
要素
  • 複合体: Native GABAA Receptor isolated from mouse brain containing two alpha1 subunits, in complex with 8E3-Fab, didesethylflurazepam, and endogenous GABA
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-2
    • タンパク質・ペプチド: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Heavy Chain of 8E3 Fab
    • タンパク質・ペプチド: Light Chain of 8E3 Fab
  • リガンド: GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID
  • リガンド: (5M)-1-(2-aminoethyl)-7-chloro-5-(2-fluorophenyl)-1,3-dihydro-2H-1,4-benzodiazepin-2-one
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Native GABAA Receptor isolated from mouse brain containing two al...

超分子名称: Native GABAA Receptor isolated from mouse brain containing two alpha1 subunits, in complex with 8E3-Fab, didesethylflurazepam, and endogenous GABA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6 / 器官: Brain
分子量理論値: 350 KDa

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分子 #1: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1

分子名称: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6
分子量理論値: 51.818516 KDa
配列文字列: MKKSRGLSDY LWAWTLILST LSGRSYGQPS QDELKDNTTV FTRILDRLLD GYDNRLRPGL GERVTEVKTD IFVTSFGPVS DHDMEYTID VFFRQSWKDE RLKFKGPMTV LRLNNLMASK IWTPDTFFHN GKKSVAHNMT MPNKLLRITE DGTLLYTMRL T VRAECPMH ...文字列:
MKKSRGLSDY LWAWTLILST LSGRSYGQPS QDELKDNTTV FTRILDRLLD GYDNRLRPGL GERVTEVKTD IFVTSFGPVS DHDMEYTID VFFRQSWKDE RLKFKGPMTV LRLNNLMASK IWTPDTFFHN GKKSVAHNMT MPNKLLRITE DGTLLYTMRL T VRAECPMH LEDFPMDAHA CPLKFGSYAY TRAEVVYEWT REPARSVVVA EDGSRLNQYD LLGQTVDSGI VQSSTGEYVV MT THFHLKR KIGYFVIQTY LPCIMTVILS QVSFWLNRES VPARTVFGVT TVLTMTTLSI SARNSLPKVA YATAMDWFIA VCY AFVFSA LIEFATVNYF TKRGYAWDGK SVVPEKPKKV KDPLIKKNNT YAPTATSYTP NLARGDPGLA TIAKSATIEP KEVK PETKP PEPKKTFNSV SKIDRLSRIA FPLLFGIFNL VYWATYLNRE PQLKAPTPHQ

UniProtKB: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1

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分子 #2: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-2

分子名称: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6
分子量理論値: 59.265312 KDa
配列文字列: MWRVRKRGYF GIWSFPLIIA AVCAQSVNDP SNMSLVKETV DRLLKGYDIR LRPDFGGPPV AVGMNIDIAS IDMVSEVNMD YTLTMYFQQ AWRDKRLSYN VIPLNLTLDN RVADQLWVPD TYFLNDKKSF VHGVTVKNRM IRLHPDGTVL YGLRITTTAA C MMDLRRYP ...文字列:
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UniProtKB: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-2

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分子 #3: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2

分子名称: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: C57BL/6
分子量理論値: 55.160281 KDa
配列文字列: MSSPNTWSIG SSVYSPVFSQ KMTLWILLLL SLYPGFTSQK SDDDYEDYAS NKTWVLTPKV PEGDVTVILN NLLEGYDNKL RPDIGVKPT LIHTDMYVNS IGPVNAINME YTIDIFFAQT WYDRRLKFNS TIKVLRLNSN MVGKIWIPDT FFRNSKKADA H WITTPNRM ...文字列:
MSSPNTWSIG SSVYSPVFSQ KMTLWILLLL SLYPGFTSQK SDDDYEDYAS NKTWVLTPKV PEGDVTVILN NLLEGYDNKL RPDIGVKPT LIHTDMYVNS IGPVNAINME YTIDIFFAQT WYDRRLKFNS TIKVLRLNSN MVGKIWIPDT FFRNSKKADA H WITTPNRM LRIWNDGRVL YTLRLTIDAE CQLQLHNFPM DEHSCPLEFS SYGYPREEIV YQWKRSSVEV GDTRSWRLYQ FS FVGLRNT TEVVKTTSGD YVVMSVYFDL SRRMGYFTIQ TYIPCTLIVV LSWVSFWINK DAVPARTSLG ITTVLTMTTL STI ARKSLP KVSYVTAMDL FVSVCFIFVF SALVEYGTLH YFVSNRKPSK DKDKKKKNPL LRMFSFKAPT IDIRPRSATI QMNN ATHLQ ERDEEYGYEC LDGKDCASFF CCFEDCRTGA WRHGRIHIRI AKMDSYARIF FPTAFCLFNL VYWVSYLYL

UniProtKB: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2

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分子 #4: Heavy Chain of 8E3 Fab

分子名称: Heavy Chain of 8E3 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.159895 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: EIQLQQSGPE LVKPGTSVKV SCKASGYSFT DYNMYWVKQS HGKSLEWIGY IDPYNADTTY NREFKGKATL TVDKSSSTAF MHLNSLTSE DSAVYYCARK RNNFYFDYWG QGTPLTVSSA KTTPPSVYPL APGCGDTTGS SVTLGCLVKG YFPESVTVTW N SGSLSSSV ...文字列:
EIQLQQSGPE LVKPGTSVKV SCKASGYSFT DYNMYWVKQS HGKSLEWIGY IDPYNADTTY NREFKGKATL TVDKSSSTAF MHLNSLTSE DSAVYYCARK RNNFYFDYWG QGTPLTVSSA KTTPPSVYPL APGCGDTTGS SVTLGCLVKG YFPESVTVTW N SGSLSSSV HTFPALLQSG LYTMSSSVTV PSSTWPSQTV TCSVAHPASS TTVDKKSAAL EVLFQ

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分子 #5: Light Chain of 8E3 Fab

分子名称: Light Chain of 8E3 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.62408 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: YIVMTQSPKS MSMSLGERVT LSCRASEYVG SYVSWYQQKP EQSPKLLIYG ASNRYTGVPD RFAGSGSATD FTLTITSVQA EDLADYHCG QTYNYPTFGG GTKLEIKRAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK ...文字列:
YIVMTQSPKS MSMSLGERVT LSCRASEYVG SYVSWYQQKP EQSPKLLIYG ASNRYTGVPD RFAGSGSATD FTLTITSVQA EDLADYHCG QTYNYPTFGG GTKLEIKRAD AAPTVSIFPP SSEQLTSGGA SVVCFLNNFY PKDINVKWKI DGSERQNGVL N SWTDQDSK DSTYSMSSTL TLTKDEYERH NSYTCEATHK TSTSPIVKSF NRNEC

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分子 #9: GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID

分子名称: GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: ABU
分子量理論値: 103.12 Da
Chemical component information

ChemComp-ABU:
GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / GABA / 神経伝達物質, 阻害剤*YM / Γ-アミノ酪酸

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分子 #10: (5M)-1-(2-aminoethyl)-7-chloro-5-(2-fluorophenyl)-1,3-dihydro-2H-...

分子名称: (5M)-1-(2-aminoethyl)-7-chloro-5-(2-fluorophenyl)-1,3-dihydro-2H-1,4-benzodiazepin-2-one
タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 1 / 式: YNL
分子量理論値: 331.772 Da
Chemical component information

ChemComp-YNL:
(5M)-1-(2-aminoethyl)-7-chloro-5-(2-fluorophenyl)-1,3-dihydro-2H-1,4-benzodiazepin-2-one / 7-クロロ-5-(2-フルオロフェニル)-1,3-ジヒドロ-1-(2-アミノエチル)-2H-1,4-ベンゾジアゼピン-(以下略)

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分子 #11: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 6
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium Chloride塩化ナトリウム
20.0 mMTris-HClトリスヒドロキシメチルアミノメタンTrisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
50.0 mMMESMES
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample was monodisperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 260779
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8g4o:
Native GABA-A receptor from the mouse brain, alpha1-beta2-gamma2 subtype, in complex with didesethylflurazepam and endogenous GABA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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