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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-28830 | |||||||||
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タイトル | ELIC with Propylamine in saposin nanodiscs with 2:1:1 POPC:POPE:POPG | |||||||||
マップデータ | Propylamine bound Wild Type ELIC in 2:1:1 POPC: POPE: POPG in saposin | |||||||||
試料 |
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キーワード | ELIC / ion channel (イオンチャネル) / pLGIC / Structural Protein (タンパク質) / Membrane Protein (膜タンパク質) / TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / 生体膜 / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Dickeya dadantii (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.28 Å | |||||||||
データ登録者 | Dalal V / Arcario MJ / Petroff II JT / Deitzen NM / Tan BK / Brannigan G / Cheng WWL | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Lipid nanodisc scaffold and size alter the structure of a pentameric ligand-gated ion channel. 著者: Vikram Dalal / Mark J Arcario / John T Petroff / Brandon K Tan / Noah M Dietzen / Michael J Rau / James A J Fitzpatrick / Grace Brannigan / Wayland W L Cheng / 要旨: Lipid nanodiscs have become a standard tool for studying membrane proteins, including using single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). We find that reconstituting the pentameric ligand-gated ...Lipid nanodiscs have become a standard tool for studying membrane proteins, including using single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). We find that reconstituting the pentameric ligand-gated ion channel (pLGIC), Erwinia ligand-gated ion channel (ELIC), in different nanodiscs produces distinct structures by cryo-EM. The effect of the nanodisc on ELIC structure extends to the extracellular domain and agonist binding site. Additionally, molecular dynamic simulations indicate that nanodiscs of different size impact ELIC structure and that the nanodisc scaffold directly interacts with ELIC. These findings suggest that the nanodisc plays a crucial role in determining the structure of pLGICs, and that reconstitution of ion channels in larger nanodiscs may better approximate a lipid membrane environment. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_28830.map.gz | 78.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-28830-v30.xml emd-28830.xml | 20.1 KB 20.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_28830_fsc.xml | 10 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_28830.png | 34.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-28830.cif.gz | 6 KB | ||
その他 | emd_28830_additional_1.map.gz emd_28830_half_map_1.map.gz emd_28830_half_map_2.map.gz | 64.4 MB 65.1 MB 65.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28830 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-28830 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_28830.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Propylamine bound Wild Type ELIC in 2:1:1 POPC: POPE: POPG in saposin | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.657 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Propylamine bound Wild Type ELIC in 2:1:1 POPC: POPE: POPG in saposin
ファイル | emd_28830_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Propylamine bound Wild Type ELIC in 2:1:1 POPC: POPE: POPG in saposin | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Propylamine bound Wild Type ELIC in 2:1:1 POPC: POPE: POPG in saposin
ファイル | emd_28830_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Propylamine bound Wild Type ELIC in 2:1:1 POPC: POPE: POPG in saposin | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Propylamine bound Wild Type ELIC in 2:1:1 POPC: POPE: POPG in saposin
ファイル | emd_28830_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Propylamine bound Wild Type ELIC in 2:1:1 POPC: POPE: POPG in saposin | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : ELIC with Propylamine in saposin nanodiscs with 2:1:1 POPC:POPE:POPG
全体 | 名称: ELIC with Propylamine in saposin nanodiscs with 2:1:1 POPC:POPE:POPG |
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要素 |
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-超分子 #1: ELIC with Propylamine in saposin nanodiscs with 2:1:1 POPC:POPE:POPG
超分子 | 名称: ELIC with Propylamine in saposin nanodiscs with 2:1:1 POPC:POPE:POPG タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Dickeya dadantii (バクテリア) |
-分子 #1: Erwinia chrysanthemi ligand-gated ion channel
分子 | 名称: Erwinia chrysanthemi ligand-gated ion channel / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Dickeya dadantii (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 36.879 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: APADNAADAR PVDVSVSIFI NKIYGVNTLE QTYKVDGYIV AQWTGKPRKT PGDKPLIVEN TQIERWINNG LWVPALEFIN VVGSPDTGN KRLMLFPDGR VIYNARFLGS FSNDMDFRLF PFDRQQFVLE LEPFSYNNQQ LRFSDIQVYT ENIDNEEIDE W WIRGKAST ...文字列: APADNAADAR PVDVSVSIFI NKIYGVNTLE QTYKVDGYIV AQWTGKPRKT PGDKPLIVEN TQIERWINNG LWVPALEFIN VVGSPDTGN KRLMLFPDGR VIYNARFLGS FSNDMDFRLF PFDRQQFVLE LEPFSYNNQQ LRFSDIQVYT ENIDNEEIDE W WIRGKAST HISDIRYDHL SSVQPNQNEF SRITVRIDAV RNPSYYLWSF ILPLGLIIAA SWSVFWLESF SERLQTSFTL ML TVVAYAF YTSNILPRLP YTTVIDQMII AGYGSIFAAI LLIIFAHHRQ ANGVEDDLLI QRCRLAFPLG FLAIGCVLVI RGI TL UniProtKB: Gamma-aminobutyric-acid receptor subunit beta-1 |
-分子 #2: 3-AMINOPROPANE
分子 | 名称: 3-AMINOPROPANE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: 3CN |
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分子量 | 理論値: 59.11 Da |
Chemical component information | ChemComp-3CN: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 9.332 kPa / 詳細: O2 27.5 sccm H2 6.4 sccm |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 2 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率(補正後): 96000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 96000 |
特殊光学系 | 球面収差補正装置: Microscope was equipped with a Cs corrector |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 4.28 sec. / 平均電子線量: 47.55 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-8f33: |