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- EMDB-28378: Structure of the C3bB proconvertase in complex with lufaxin and f... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28378
タイトルStructure of the C3bB proconvertase in complex with lufaxin and factor Xa
マップデータ
試料
  • 複合体: The C3 proconvertase from the alternative pathway of complement in complex with lufaxin, a complement/coagulation inhibitor and coagulation factor Xa
    • タンパク質・ペプチド: Complement C3 beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Complement C3b alpha' chain
    • タンパク質・ペプチド: Complement factor B
    • タンパク質・ペプチド: Factor X light chain
    • タンパク質・ペプチド: Activated factor Xa heavy chain
  • タンパク質・ペプチド: Lufaxin
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードComplement / Alternative pathway / inhibitor / sand fly / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


alternative-complement-pathway C3/C5 convertase / complement binding / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / Alternative complement activation / complement-mediated synapse pruning ...alternative-complement-pathway C3/C5 convertase / complement binding / C5L2 anaphylatoxin chemotactic receptor binding / oviduct epithelium development / regulation of triglyceride biosynthetic process / positive regulation of activation of membrane attack complex / vertebrate eye-specific patterning / positive regulation of apoptotic cell clearance / Alternative complement activation / complement-mediated synapse pruning / coagulation factor Xa / positive regulation of type IIa hypersensitivity / Activation of C3 and C5 / positive regulation of lipid storage / positive regulation of phagocytosis, engulfment / complement activation, GZMK pathway / positive regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / symbiont cell surface / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / complement-dependent cytotoxicity / positive regulation of D-glucose transmembrane transport / complement receptor mediated signaling pathway / complement activation, alternative pathway / complement activation / : / neuron remodeling / endopeptidase inhibitor activity / amyloid-beta clearance / B cell activation / complement activation, classical pathway / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of TOR signaling / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / : / Gamma-carboxylation of protein precursors / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / : / Regulation of Complement cascade / Peptide ligand-binding receptors / Post-translational protein phosphorylation / response to bacterium / fatty acid metabolic process / positive regulation of protein phosphorylation / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / phospholipid binding / Golgi lumen / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / blood coagulation / positive regulation of angiogenesis / azurophil granule lumen / toxin activity / secretory granule lumen / blood microparticle / G alpha (i) signalling events / immune response / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / inflammatory response / receptor ligand activity / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / external side of plasma membrane / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / cell surface / signal transduction / protein-containing complex / proteolysis / : / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Complement factor B / Complement B/C2 / Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Alpha-2-macroglobulin, conserved site ...Complement factor B / Complement B/C2 / Complement C3-like, NTR domain / : / : / Complement component 3, CUB domain, second segment / Complement component 3, CUB domain, first segment / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Alpha-2-macroglobulin, conserved site / Alpha-2-macroglobulin family thiolester region signature. / Anaphylatoxin, complement system domain / : / Alpha-macro-globulin thiol-ester bond-forming region / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG4 / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG3 / : / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Sushi repeat (SCR repeat) / Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / von Willebrand factor type A domain / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / VWFA domain profile. / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / von Willebrand factor (vWF) type A domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / von Willebrand factor, type A / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Immunoglobulin-like fold / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
Coagulation factor X / Complement factor B / Complement C3 / Lufaxin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lutzomyia longipalpis (昆虫)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.53 Å
データ登録者Andersen JF / Lei H
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: Blood / 年: 2023
タイトル: A bispecific inhibitor of complement and coagulation blocks activation in complementopathy models via a novel mechanism.
著者: John F Andersen / Haotian Lei / Ethan C Strayer / Tapan Kanai / Van Pham / Xiang-Zuo Pan / Patricia Hessab Alvarenga / Gloria F Gerber / Oluwatoyin A Asojo / Ivo M B Francischetti / Robert A ...著者: John F Andersen / Haotian Lei / Ethan C Strayer / Tapan Kanai / Van Pham / Xiang-Zuo Pan / Patricia Hessab Alvarenga / Gloria F Gerber / Oluwatoyin A Asojo / Ivo M B Francischetti / Robert A Brodsky / Jesus G Valenzuela / José M C Ribeiro /
要旨: Inhibitors of complement and coagulation are present in the saliva of a variety of blood-feeding arthropods that transmit parasitic and viral pathogens. Here, we describe the structure and mechanism ...Inhibitors of complement and coagulation are present in the saliva of a variety of blood-feeding arthropods that transmit parasitic and viral pathogens. Here, we describe the structure and mechanism of action of the sand fly salivary protein lufaxin, which inhibits the formation of the central alternative C3 convertase (C3bBb) and inhibits coagulation factor Xa (fXa). Surface plasmon resonance experiments show that lufaxin stabilizes the binding of serine protease factor B (FB) to C3b but does not detectably bind either C3b or FB alone. The crystal structure of the inhibitor reveals a novel all β-sheet fold containing 2 domains. A structure of the lufaxin-C3bB complex obtained via cryo-electron microscopy (EM) shows that lufaxin binds via its N-terminal domain at an interface containing elements of both C3b and FB. By occupying this spot, the inhibitor locks FB into a closed conformation in which proteolytic activation of FB by FD cannot occur. C3bB-bound lufaxin binds fXa at a separate site in its C-terminal domain. In the cryo-EM structure of a C3bB-lufaxin-fXa complex, the inhibitor binds to both targets simultaneously, and lufaxin inhibits fXa through substrate-like binding of a C-terminal peptide at the active site as well as other interactions in this region. Lufaxin inhibits complement activation in ex vivo models of atypical hemolytic uremic syndrome (aHUS) and paroxysmal nocturnal hemoglobinuria (PNH) as well as thrombin generation in plasma, providing a rationale for the development of a bispecific inhibitor to treat complement-related diseases in which thrombosis is a prominent manifestation.
履歴
登録2022年10月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月30日-
マップ公開2023年8月30日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28378.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28378.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.92 Å/pix.
x 300 pix.
= 276. Å		0.92 Å/pix.
x 300 pix.
= 276. Å		0.92 Å/pix.
x 300 pix.
= 276. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.92 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00963
最小 - 最大-0.03867553 - 0.078063436
平均 (標準偏差)0.000025522824 (±0.0023968962)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 276.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_28378_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_28378_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : The C3 proconvertase from the alternative pathway of complement i...

全体名称: The C3 proconvertase from the alternative pathway of complement in complex with lufaxin, a complement/coagulation inhibitor and coagulation factor Xa
要素
  • 複合体: The C3 proconvertase from the alternative pathway of complement in complex with lufaxin, a complement/coagulation inhibitor and coagulation factor Xa
    • タンパク質・ペプチド: Complement C3 beta chain
    • タンパク質・ペプチド: Complement C3b alpha' chain
    • タンパク質・ペプチド: Complement factor B
    • タンパク質・ペプチド: Factor X light chain
    • タンパク質・ペプチド: Activated factor Xa heavy chain
  • タンパク質・ペプチド: Lufaxin
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: The C3 proconvertase from the alternative pathway of complement i...

超分子名称: The C3 proconvertase from the alternative pathway of complement in complex with lufaxin, a complement/coagulation inhibitor and coagulation factor Xa
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3, #5-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 348.3 KDa

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分子 #1: Complement C3 beta chain

分子名称: Complement C3 beta chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 71.39332 KDa
配列文字列: SPMYSIITPN ILRLESEETM VLEAHDAQGD VPVTVTVHDF PGKKLVLSSE KTVLTPATNH MGNVTFTIPA NREFKSEKGR NKFVTVQAT FGTQVVEKVV LVSLQSGYLF IQTDKTIYTP GSTVLYRIFT VNHKLLPVGR TVMVNIENPE GIPVKQDSLS S QNQLGVLP ...文字列:
SPMYSIITPN ILRLESEETM VLEAHDAQGD VPVTVTVHDF PGKKLVLSSE KTVLTPATNH MGNVTFTIPA NREFKSEKGR NKFVTVQAT FGTQVVEKVV LVSLQSGYLF IQTDKTIYTP GSTVLYRIFT VNHKLLPVGR TVMVNIENPE GIPVKQDSLS S QNQLGVLP LSWDIPELVN MGQWKIRAYY ENSPQQVFST EFEVKEYVLP SFEVIVEPTE KFYYIYNEKG LEVTITARFL YG KKVEGTA FVIFGIQDGE QRISLPESLK RIPIEDGSGE VVLSRKVLLD GVQNPRAEDL VGKSLYVSAT VILHSGSDMV QAE RSGIPI VTSPYQIHFT KTPKYFKPGM PFDLMVFVTN PDGSPAYRVP VAVQGEDTVQ SLTQGDGVAK LSINTHPSQK PLSI TVRTK KQELSEAEQA TRTMQALPYS TVGNSNNYLH LSVLRTELRP GETLNVNFLL RMDRAHEAKI RYYTYLIMNK GRLLK AGRQ VREPGQDLVV LPLSITTDFI PSFRLVAYYT LIGASGQREV VADSVWVDVK DSCVGSLVVK SGQSEDRQPV PGQQMT LKI EGDHGARVVL VAVDKGVFVL NKKNKLTQSK IWDVVEKADI GCTPGSGKDY AGVFSDAGLT FTSSSGQQTA QRAELQC PQ PAA

UniProtKB: Complement C3

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分子 #2: Complement C3b alpha' chain

分子名称: Complement C3b alpha' chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 104.073164 KDa
配列文字列: SNLDEDIIAE ENIVSRSEFP ESWLWNVEDL KEPPKNGIST KLMNIFLKDS ITTWEILAVS MSDKKGICVA DPFEVTVMQD FFIDLRLPY SVVRNEQVEI RAVLYNYRQN QELKVRVELL HNPAFCSLAT TKRRHQQTVT IPPKSSLSVP YVIVPLKTGL Q EVEVKAAV ...文字列:
SNLDEDIIAE ENIVSRSEFP ESWLWNVEDL KEPPKNGIST KLMNIFLKDS ITTWEILAVS MSDKKGICVA DPFEVTVMQD FFIDLRLPY SVVRNEQVEI RAVLYNYRQN QELKVRVELL HNPAFCSLAT TKRRHQQTVT IPPKSSLSVP YVIVPLKTGL Q EVEVKAAV YHHFISDGVR KSLKVVPEGI RMNKTVAVRT LDPERLGREG VQKEDIPPAD LSDQVPDTES ETRILLQGTP VA QMTEDAV DAERLKHLIV TPSGCGEQNM IGMTPTVIAV HYLDETEQWE KFGLEKRQGA LELIKKGYTQ QLAFRQPSSA FAA FVKRAP STWLTAYVVK VFSLAVNLIA IDSQVLCGAV KWLILEKQKP DGVFQEDAPV IHQEMIGGLR NNNEKDMALT AFVL ISLQE AKDICEEQVN SLPGSITKAG DFLEANYMNL QRSYTVAIAG YALAQMGRLK GPLLNKFLTT AKDKNRWEDP GKQLY NVEA TSYALLALLQ LKDFDFVPPV VRWLNEQRYY GGGYGSTQAT FMVFQALAQY QKDAPDHQEL NLDVSLQLPS RSSKIT HRI HWESASLLRS EETKENEGFT VTAEGKGQGT LSVVTMYHAK AKDQLTCNKF DLKVTIKPAP ETEKRPQDAK NTMILEI CT RYRGDQDATM SILDISMMTG FAPDTDDLKQ LANGVDRYIS KYELDKAFSD RNTLIIYLDK VSHSEDDCLA FKVHQYFN V ELIQPGAVKV YAYYNLEESC TRFYHPEKED GKLNKLCRDE LCRCAEENCF IQKSDDKVTL EERLDKACEP GVDYVYKTR LVKVQLSNDF DEYIMAIEQT IKSGSDEVQV GQQRTFISPI KCREALKLEE KKHYLMWGLS SDFWGEKPNL SYIIGKDTWV EHWPEEDEC QDEENQKQCQ DLGAFTESMV VFGCPN

UniProtKB: Complement C3

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分子 #3: Complement factor B

分子名称: Complement factor B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: alternative-complement-pathway C3/C5 convertase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 85.510617 KDa
配列文字列: GSNLSPQLCL MPFILGLLSG GVTTTPWSLA RPQGSCSLEG VEIKGGSFRL LQEGQALEYV CPSGFYPYPV QTRTCRSTGS WSTLKTQDQ KTVRKAECRA IHCPRPHDFE NGEYWPRSPY YNVSDEISFH CYDGYTLRGS ANRTCQVNGR WSGQTAICDN G AGYCSNPG ...文字列:
GSNLSPQLCL MPFILGLLSG GVTTTPWSLA RPQGSCSLEG VEIKGGSFRL LQEGQALEYV CPSGFYPYPV QTRTCRSTGS WSTLKTQDQ KTVRKAECRA IHCPRPHDFE NGEYWPRSPY YNVSDEISFH CYDGYTLRGS ANRTCQVNGR WSGQTAICDN G AGYCSNPG IPIGTRKVGS QYRLEDSVTY HCSRGLTLRG SQRRTCQEGG SWSGTEPSCQ DSFMYDTPQE VAEAFLSSLT ET IEGVDAE DGHGPGEQQK RKIVLDPSGS MNIYLVLDGS DSIGASNFTG AKKCLVNLIE KVASYGVKPR YGLVTYATYP KIW VKVSEA DSSNADWVTK QLNEINYEDH KLKSGTNTKK ALQAVYSMMS WPDDVPPEGW NRTRHVIILM TDGLHNMGGD PITV IDEIR DLLYIGKDRK NPREDYLDVY VFGVGPLVNQ VNINALASKK DNEQHVFKVK DMENLEDVFY QMIDESQSLS LCGMV WEHR KGTDYHKQPW QAKISVIRPS KGHESCMGAV VSEYFVLTAA HCFTVDDKEH SIKVSVGGEK RDLEIEVVLF HPNYNI NGK KEAGIPEFYD YDVALIKLKN KLKYGQTIRP ICLPCTEGTT RALRLPPTTT CQQQKEELLP AQDIKALFVS EEEKKLT RK EVYIKNGDKK GSCERDAQYA PGYDKVKDIS EVVTPRFLCT GGVSPYADPN TCRGDSGGPL IVHKRSRFIQ VGVISWGV V DVCKNQKRQK QVPAHARDFH INLFQVLPWL KEKLQDEDLG FL

UniProtKB: Complement factor B

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分子 #4: Lufaxin

分子名称: Lufaxin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lutzomyia longipalpis (昆虫)
分子量理論値: 33.354586 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DGDEYFIGKY KEKDETLFFA SYGLKRDPCQ IVLGYKCSNN QTHFVLNFKT NKKSCISAIK LTSYPKINQN SDLTRNLYCQ TGGIGTDNC KLVFKKRKRQ IAANIEIYGI PAKKCSFKDR YIGADPLHVD SYGLSYQFDQ EHGWNLERNN IFKDTRFSTE V FYHKNGLF ...文字列:
DGDEYFIGKY KEKDETLFFA SYGLKRDPCQ IVLGYKCSNN QTHFVLNFKT NKKSCISAIK LTSYPKINQN SDLTRNLYCQ TGGIGTDNC KLVFKKRKRQ IAANIEIYGI PAKKCSFKDR YIGADPLHVD SYGLSYQFDQ EHGWNLERNN IFKDTRFSTE V FYHKNGLF NTQITYLAEE DSFSEAREIT AKDIKKKFSI ILPNEEYKRI SFLDVYWFQE TMRKKPKYPY IHYNGECSNE NK TCELVFD TDELMTYALV KVFTNPESDG SRLKEEDLGR GHHHHHH

UniProtKB: Lufaxin

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分子 #5: Factor X light chain

分子名称: Factor X light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.210793 KDa
配列文字列:
EEMKKGHLER ECMEETCSYE EAREVFEDSD KTNEFWNKYK DGDQCETSPC QNQGKCKDGL GEYTCTCLEG FEGKNCELFT RKLCSLDNG DCDQFCHEEQ NSVVCSCARG YTLADNGKAC IPTGPYPCGK QTLER

UniProtKB: Coagulation factor X

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分子 #6: Activated factor Xa heavy chain

分子名称: Activated factor Xa heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.550596 KDa
配列文字列: IVGGQECKDG ECPWQALLIN EENEGFCGGT ILSEFYILTA AHCLYQAKRF KVRVGDRNTE QEEGGEAVHE VEVVIKHNRF TKETYDFDI AVLRLKTPIT FRMNVAPACL PERDWAESTL MTQKTGIVSG FGRTHEKGRQ STRLKMLEVP YVDRNSCKLS S SFIITQNM ...文字列:
IVGGQECKDG ECPWQALLIN EENEGFCGGT ILSEFYILTA AHCLYQAKRF KVRVGDRNTE QEEGGEAVHE VEVVIKHNRF TKETYDFDI AVLRLKTPIT FRMNVAPACL PERDWAESTL MTQKTGIVSG FGRTHEKGRQ STRLKMLEVP YVDRNSCKLS S SFIITQNM FCAGYDTKQE DACQGDSGGP HVTRFKDTYF VTGIVSWGEG CARKGKYGIY TKVTAFLKWI DRSMKTRGLP KA KSHAPEV ITSSPLK

UniProtKB: Coagulation factor X

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分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClSodium Chloride
5.0 mMMgCl2Magnesium Chloride
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE
詳細The sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 58.31 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm / 倍率（公称値）: 45000

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画像解析

粒子像選択選択した数: 713201
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.0) / 使用した粒子像数: 248281
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0.0)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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