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- EMDB-28208: CryoEM map of myosin thick filament from Bombus ignitus asynchron... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-28208
タイトルCryoEM map of myosin thick filament from Bombus ignitus asynchronous flight muscle
マップデータIt is the sharpened map of Bombus thick filament with helical imposing. It is the final map we used for segmentation and analysis.
試料
  • 複合体: Bombus ignitus flight muscle thick filament
キーワードcoiled coil / striated muscle / ATPase / actin-binding protein / CONTRACTILE PROTEIN
生物種Bombus ignitus (クロマルハナバチ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.0 Å
データ登録者Li J / Rahmani H / Abbasi Yeganeh F / Rastegarpouyani H / Taylor DW / Wood NB / Previs MJ / Iwamoto H / Taylor KA
資金援助 日本, 米国, 7件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19K06777 日本
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM030598 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM139616 米国
National Institutes of Health/National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases (NIH/NIAMS)R21 AR077802 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01 HL157487 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U24 GM116788 米国
American Heart Association20PRE35120273 米国
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Structure of the Flight Muscle Thick Filament from the Bumble Bee, , at 6 Å Resolution.
著者: Jiawei Li / Hamidreza Rahmani / Fatemeh Abbasi Yeganeh / Hosna Rastegarpouyani / Dianne W Taylor / Neil B Wood / Michael J Previs / Hiroyuki Iwamoto / Kenneth A Taylor /
要旨: Four insect orders have flight muscles that are both asynchronous and indirect; they are asynchronous in that the wingbeat frequency is decoupled from the frequency of nervous stimulation and ...Four insect orders have flight muscles that are both asynchronous and indirect; they are asynchronous in that the wingbeat frequency is decoupled from the frequency of nervous stimulation and indirect in that the muscles attach to the thoracic exoskeleton instead of directly to the wing. Flight muscle thick filaments from two orders, Hemiptera and Diptera, have been imaged at a subnanometer resolution, both of which revealed a myosin tail arrangement referred to as “curved molecular crystalline layers”. Here, we report a thick filament structure from the indirect flight muscles of a third insect order, Hymenoptera, the Asian bumble bee Bombus ignitus. The myosin tails are in general agreement with previous determinations from Lethocerus indicus and Drosophila melanogaster. The Skip 2 region has the same unusual structure as found in Lethocerus indicus thick filaments, an α-helix discontinuity is also seen at Skip 4, but the orientation of the Skip 1 region on the surface of the backbone is less angled with respect to the filament axis than in the other two species. The heads are disordered as in Drosophila, but we observe no non-myosin proteins on the backbone surface that might prohibit the ordering of myosin heads onto the thick filament backbone. There are strong structural similarities among the three species in their non-myosin proteins within the backbone that suggest how one previously unassigned density in Lethocerus might be assigned. Overall, the structure conforms to the previously observed pattern of high similarity in the myosin tail arrangement, but differences in the non-myosin proteins.
履歴
登録2022年9月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年1月4日-
マップ公開2023年1月4日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_28208.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_28208.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈It is the sharpened map of Bombus thick filament with helical imposing. It is the final map we used for segmentation and analysis.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 768 pix.
= 829.44 Å		1.08 Å/pix.
x 768 pix.
= 829.44 Å		1.08 Å/pix.
x 768 pix.
= 829.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6
最小 - 最大-0.7690356 - 19.365390000000001
平均 (標準偏差)0.026866268 (±0.50294507)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ768768768
Spacing768768768
セルA=B=C: 829.44006 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: This is a segment map of non-myosin protein...

ファイルemd_28208_additional_1.map
注釈This is a segment map of non-myosin protein - flightin, from the primary Bombus thick filament map, the corresponding model will be deposited in another entry.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: It is the first half map of Bombus...

ファイルemd_28208_half_map_1.map
注釈It is the first half map of Bombus thick filament without any post-processing.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: It is the second half map of Bombus...

ファイルemd_28208_half_map_2.map
注釈It is the second half map of Bombus thick filament without any post-processing.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Bombus ignitus flight muscle thick filament

全体名称: Bombus ignitus flight muscle thick filament
要素
  • 複合体: Bombus ignitus flight muscle thick filament

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超分子 #1: Bombus ignitus flight muscle thick filament

超分子名称: Bombus ignitus flight muscle thick filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Bombus ignitus (クロマルハナバチ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 6.8
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 11000
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: low-pass filtered Lethocerus myosin thick filament map
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用した粒子像数: 11000
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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