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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Native serotonin transporter in complex with 15B8 Fab antibody in the presence of cocaine | |||||||||
![]() | the sharpened map | |||||||||
![]() |
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![]() | native membrane protein / serotonin transporter / cocaine / pig brain / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() serotonin:sodium:chloride symporter activity / presynapse / endosome membrane / focal adhesion / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
![]() | Yang D / Gouaux E | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Native serotonin transporter in complex with 15B8 Fab antibody in the presence of cocaine 著者: Yang D / Gouaux E | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 230.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19 KB 19 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 121.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 121.7 MB 226.4 MB 226.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 830.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 829.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8de3MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | the sharpened map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.831 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: the unsharpened map
ファイル | emd_27383_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | the unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map A
ファイル | emd_27383_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map B
ファイル | emd_27383_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Native serotonin transporter in complex with 15B8 Fab antibody in...
全体 | 名称: Native serotonin transporter in complex with 15B8 Fab antibody in the presence of cocaine |
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要素 |
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-超分子 #1: Native serotonin transporter in complex with 15B8 Fab antibody in...
超分子 | 名称: Native serotonin transporter in complex with 15B8 Fab antibody in the presence of cocaine タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Transporter
分子 | 名称: Transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 60.778879 KDa |
配列 | 文字列: RETWGKKVDF LLSVIGYAVD LGNVWRFPYI CYQNGGGAFL LPYTIMAIFG GIPLFYMELA LGQYHRNGCI SIWRKICPIF KGIGFAICV IAFYIASYYN TIMAWALYYL ISSFTDQLPW TSCKNSWNTG NCTNYFSEDN VTWMLHSTSP AEEFYTRHVL Q IHRSKGLQ ...文字列: RETWGKKVDF LLSVIGYAVD LGNVWRFPYI CYQNGGGAFL LPYTIMAIFG GIPLFYMELA LGQYHRNGCI SIWRKICPIF KGIGFAICV IAFYIASYYN TIMAWALYYL ISSFTDQLPW TSCKNSWNTG NCTNYFSEDN VTWMLHSTSP AEEFYTRHVL Q IHRSKGLQ DLGGISWQLA LCIMLIFTII YFSIWKGVKT SGKVVWVTAT FPYIILSILL VRGATLPGAW RGVLFYLKPN WQ KLLETGV WVDAAAQIFF SLGPGFGVLL AFASYNKFNN NCYQDALVTS VVNCMTSFVS GFVIFTVLGY MAEMRNEDVS EVA KDAGPS LLFITYAEAI ANMPASTFFA IIFFLMLITL GLDSTFAGLE GVITAVLDEF PHFWSKRREW LALGVVITCF LGSL ITLTF GGAYVVKLLE EFATGPAVLT VALIEAVAVF WFYGITQFCS DVKEMLGFSP GWFWRICWVA ISPLFLVFII CSFLM SPPQ LWLFQYNYPQ WSIILGYCIG TSSFICIPTY ITYRLIITPG TLKERIVKGI TPETP |
-分子 #2: 15B8 Fab heavy chain variable domain
分子 | 名称: 15B8 Fab heavy chain variable domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 12.980533 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QVQLQQSGPE LVKLGASVRI SCKASGYRFS YSWMNWVKQR PGKGLEWIGR IYPGDGDTKY SGKFKGKATL TADKSSSTVY MQLSSLTSE DSAVYFCARS AYGSEGFAMD YWGQGTSVT |
-分子 #3: 15B8 Fab light chain variable domain
分子 | 名称: 15B8 Fab light chain variable domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 11.776065 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: DIVLTQSPAS LAVSLGQRAT ISCRASESVD NYGISFLNWF QQKPGQPPKL LIYAASNQGS GVPARFSGSG SGTYFSLNIH PMEEDDTAV YFCQQTKGVS WTFGGGTKVE I |
-分子 #5: CHLORIDE ION
分子 | 名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: CL |
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分子量 | 理論値: 35.453 Da |
-分子 #6: SODIUM ION
分子 | 名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 |
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分子量 | 理論値: 22.99 Da |
-分子 #7: COCAINE
分子 | 名称: COCAINE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: COC |
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分子量 | 理論値: 303.353 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-COC: |
-分子 #8: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子 | 名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: Y01 |
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分子量 | 理論値: 486.726 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-Y01: |
-分子 #9: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子 | 名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: LMT |
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分子量 | 理論値: 510.615 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-LMT: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 243207 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |