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- EMDB-27066: Characterisation of a Seneca Valley Virus Thermostable Mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-27066
タイトルCharacterisation of a Seneca Valley Virus Thermostable Mutant
マップデータSeneca Valley Virus Thermostable Mutant
試料
  • ウイルス: Senecavirus A (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
    • タンパク質・ペプチド: VP2
    • タンパク質・ペプチド: VP4
キーワードVirus / Picornavirus / SVV / Seneca Valley Virus / Oncolytic virus
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell nucleolus / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / symbiont entry into host cell ...host cell nucleolus / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / : / Picornavirus coat protein / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein ...Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / : / Picornavirus coat protein / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Senecavirus A (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.47 Å
データ登録者Jayawardena N / Bostina M / Strauss M
資金援助 ニュージーランド, 1件
OrganizationGrant number国
Not funded ニュージーランド
引用ジャーナル: Virology / 年: 2022
タイトル: Characterisation of a Seneca Valley virus thermostable mutant.
著者: Nadishka Jayawardena / Cormac McCarthy / Ivy Wang / Shakeel Waqqar / Laura N Burga / Mike Strauss / Mihnea Bostina /
要旨: Seneca Valley virus (SVV) is a newly discovered picornavirus in the Senecavirus genus. SVV-001 strain has shown promise as an oncolytic virus against tumors with neuroendocrine features. There is a ...Seneca Valley virus (SVV) is a newly discovered picornavirus in the Senecavirus genus. SVV-001 strain has shown promise as an oncolytic virus against tumors with neuroendocrine features. There is a need to use a structure-based approach to develop virus-like particles capable to mimicking the architecture of naturally occurring empty capsids that can be used as vaccines or as carriers for targeted cancer treatment. However, these empty capsids are inherently less stable, and tedious to purify. This warrants investigation into factors which confer the SVV capsid stability and into combining this knowledge to recombinantly express stable SVV VLPs. In this study, we isolated a thermostable mutant of SVV by thermal selection assays and we characterized a single mutation located in a capsid protein. The cryo-EM map of this mutant showed conformational shifts that facilitated the formation of additional hydrogen bonds and aromatic interactions, which could serve as capsid stabilizing factors.
履歴
登録2022年5月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月28日-
マップ公開2022年9月28日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_27066.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_27066.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Seneca Valley Virus Thermostable Mutant
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 640 pix.
= 533.12 Å		0.83 Å/pix.
x 640 pix.
= 533.12 Å		0.83 Å/pix.
x 640 pix.
= 533.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.833 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.204
最小 - 最大-0.7294473 - 1.1389424
平均 (標準偏差)-0.0093693705 (±0.066666804)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ640640640
Spacing640640640
セルA=B=C: 533.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map 1

ファイルemd_27066_half_map_1.map
注釈Half Map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 2

ファイルemd_27066_half_map_2.map
注釈Half Map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Senecavirus A

全体名称: Senecavirus A (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Senecavirus A (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP1
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein VP3
    • タンパク質・ペプチド: VP2
    • タンパク質・ペプチド: VP4

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超分子 #1: Senecavirus A

超分子名称: Senecavirus A / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 390157 / 生物種: Senecavirus A / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Sus scrofa (ブタ)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 150.0 Å

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分子 #1: Capsid protein VP1

分子名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Senecavirus A (ウイルス)
分子量理論値: 29.092826 KDa
配列文字列: STDNAETGVI EAGNTDTDFS GELAAPGSNH TNVKFLFDRS RLLNVIKVLE KDAVFPRPFP TQEGAQQDDG YFCLLTPRPT VASRPATRF GLYANPSGSG VLANTSLDFN FYSLACFTYF RSDLEVTVVS LEPDLEFAVG WFPSGSEYQA SSFVYDQLHV P FHFTGRTP ...文字列:
STDNAETGVI EAGNTDTDFS GELAAPGSNH TNVKFLFDRS RLLNVIKVLE KDAVFPRPFP TQEGAQQDDG YFCLLTPRPT VASRPATRF GLYANPSGSG VLANTSLDFN FYSLACFTYF RSDLEVTVVS LEPDLEFAVG WFPSGSEYQA SSFVYDQLHV P FHFTGRTP RAFASKGGKV SFVLPWNSVS SVLPVRWGGA SKLSSATRGL PAHADWGTIY AFVPRPNEKK STAVKHVAVY IR YKNARAW CPSMLPFRSY KQKMLM

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: Capsid protein VP3

分子名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Senecavirus A (ウイルス)
分子量理論値: 26.492084 KDa
配列文字列: GPIPTAPREN SLMFLSTLPD DTVPAYGNVR TPPVNYLPGE ITDLLQLARI PTLMAFERVP EPVPASDTYV PYVAVPTQFD DRPLISFPI TLSDPVYQNT LVGAISSNFA NYRGCIQITL TFCGPMMARG KFLLSYSPPN GTQPQTLSEA MQCTYSIWDI G LNSSWTFV ...文字列:
GPIPTAPREN SLMFLSTLPD DTVPAYGNVR TPPVNYLPGE ITDLLQLARI PTLMAFERVP EPVPASDTYV PYVAVPTQFD DRPLISFPI TLSDPVYQNT LVGAISSNFA NYRGCIQITL TFCGPMMARG KFLLSYSPPN GTQPQTLSEA MQCTYSIWDI G LNSSWTFV VPYISPSDYR ETRAITNSVY SADGWFSLHK LTKITLPPDC PQSPCILFFA SAGEDYTLRL PVDCNPSYVF H

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: VP2

分子名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Senecavirus A (ウイルス)
分子量理論値: 31.718062 KDa
配列文字列: DHNTEEMENS ADRVTTQTAG NTAINTQSSL GVLCAYVEDP TKSDPPSSST DQPTTTFTAI DRWYTGRLNS WTKAVKTFSF QAVPLPGAF LSRQGGLNGG AFTATLHRHF LMKCGWQVQV QCNLTQFHQG ALLVAMVPET TLDVKPDGKA KSLQELNEEQ W VEMSDDYR ...文字列:
DHNTEEMENS ADRVTTQTAG NTAINTQSSL GVLCAYVEDP TKSDPPSSST DQPTTTFTAI DRWYTGRLNS WTKAVKTFSF QAVPLPGAF LSRQGGLNGG AFTATLHRHF LMKCGWQVQV QCNLTQFHQG ALLVAMVPET TLDVKPDGKA KSLQELNEEQ W VEMSDDYR TGKNMPFQSL GTYYRPPNWT WGPNFINPYQ VTVFPHQILN ARTSTSVDVN VPYIGETPTQ SSETQNSWTL LV MVLVPLD YKEGATTDPE ITFSVRPTSP YFNGLRNRYT AGTDEEQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #4: VP4

分子名称: VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Senecavirus A (ウイルス)
分子量理論値: 7.393875 KDa
配列文字列:
GNVQTTSKND FDSRGNNGNM TFNYYANTYQ NSVDFSTSSS ASGAGPGNSR GGLAGLLTNF SGILNPLGYL K

UniProtKB: Genome polyprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.34 mg/mL
緩衝液pH: 7.3
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 68.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 211958
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3cji

最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 113052
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3cji


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8cxp:
Characterisation of a Seneca Valley Virus Thermostable Mutant

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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