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- EMDB-25754: ApexGT2 in complex with GT2-d42.16 and RM20A3 Fabs -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-25754
タイトルApexGT2 in complex with GT2-d42.16 and RM20A3 Fabs
マップデータ
試料
  • 複合体: HIV-1 Envelope ApexGT2 in complex with PCT64_LMCA.HL_GT2_d42.16 Fab and RM20A3 Fab
    • タンパク質・ペプチド: HIV Envelope ApexGT2 gp120
    • タンパク質・ペプチド: HIV Envelope ApexGT2 gp41
    • タンパク質・ペプチド: RM20A3 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: RM20A3 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: GT2-d42.16 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: GT2-d42.16 Fab Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHIV / germline targeting / vaccine / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell ...symbiont-mediated perturbation of host defense response / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Macaca mulatta (アカゲザル) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.54 Å
データ登録者Berndsen ZT / Ward AB
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1084519 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1196345 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 Al100663 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1 AI144462 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2022
タイトル: Priming HIV Envelope V2 Apex-directed broadly neutralizing antibody responses with protein or mRNA immunogens
著者: Melzi E / Willis J / Ma K / Lin Y / Kratochvil S / Berndsen ZT / Nair U / Warner J / Steichen J / Pecetta S / Perez M / Kirsch K / Ward AB / Schief W / Batista FD
履歴
登録2021年12月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月28日-
マップ公開2022年9月28日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_25754.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_25754.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 350 pix.
= 360.5 Å		1.03 Å/pix.
x 350 pix.
= 360.5 Å		1.03 Å/pix.
x 350 pix.
= 360.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.237
最小 - 最大-0.4525228 - 1.1551646
平均 (標準偏差)0.0011324293 (±0.032938212)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 360.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_25754_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_25754_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_25754_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1 Envelope ApexGT2 in complex with PCT64_LMCA.HL_GT2_d42.16 F...

全体名称: HIV-1 Envelope ApexGT2 in complex with PCT64_LMCA.HL_GT2_d42.16 Fab and RM20A3 Fab
要素
  • 複合体: HIV-1 Envelope ApexGT2 in complex with PCT64_LMCA.HL_GT2_d42.16 Fab and RM20A3 Fab
    • タンパク質・ペプチド: HIV Envelope ApexGT2 gp120
    • タンパク質・ペプチド: HIV Envelope ApexGT2 gp41
    • タンパク質・ペプチド: RM20A3 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: RM20A3 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: GT2-d42.16 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: GT2-d42.16 Fab Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: HIV-1 Envelope ApexGT2 in complex with PCT64_LMCA.HL_GT2_d42.16 F...

超分子名称: HIV-1 Envelope ApexGT2 in complex with PCT64_LMCA.HL_GT2_d42.16 Fab and RM20A3 Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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分子 #1: HIV Envelope ApexGT2 gp120

分子名称: HIV Envelope ApexGT2 gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 53.070258 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNATTELRN KRQKVYSLFY RLDIVPMGEN STNYRLINCN T SAITQACP ...文字列:
AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKHNVWA THACVPTDPN PQEIHLENVT EEFNMWKNNM VEQMHEDIIS LWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNNIT DDMRGELKNC SFNATTELRN KRQKVYSLFY RLDIVPMGEN STNYRLINCN T SAITQACP KVSFEPIPIH YCAPAGFAIL KCKDKKFNGT GPCPSVSTVQ CTHGIKPVVS TQLLLNGSLA EEEVIIRSEN IT NNAKNIL VQLNTPVQIN CTRPNNNTVK SIRIGPGQAF YYTGDIIGDI RQAHCNVSKA TWNETLGKVV KQLRKHFGNN TII RFAQSS GGDLEVTTHS FNCGGEFFYC NTSGLFNSTW ISNTSVQGSN STGSNDSITL PCRIKQIINM WQRIGQAMYA PPIQ GVIRC VSNITGLILT RDGGSTNSTT ETFRPGGGDM RDNWRSELYK YKVVKIEPLG VAPTRCKRRV VGRRRRRR

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分子 #2: HIV Envelope ApexGT2 gp41

分子名称: HIV Envelope ApexGT2 gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 18.250541 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVSLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEP QQHLLKDTHW GIKQLQARVL AVEHYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALDGTKHHH H HH

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #3: RM20A3 Fab Heavy Chain

分子名称: RM20A3 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 13.511111 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVETGGG LVQPGGSLKL SCRASGYTFS SFAMSWVRQA PGKGLEWVSL INDRGGLTFY VDSVKGRFTI SRDNSKNTLS LQMHSLRDG DTAVYYCATG GMSSALQSSK YYFDFWGQGA LVTVSS

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分子 #4: RM20A3 Fab Light Chain

分子名称: RM20A3 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Macaca mulatta (アカゲザル)
分子量理論値: 13.5088 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
ALTQPPSVSG SPGQSVTISC TGTSSDIGSY NYVSWYQQHP GKAPKLMIYD VTQRPSGVSD RFSGSKSGNT ASLTISGLQA DDEADYYCS AYAGRQTFYI FGGGTRLTVL GQPKASPTVT LFPPSSEEL

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分子 #5: GT2-d42.16 Fab Heavy Chain

分子名称: GT2-d42.16 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 15.138617 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EVQLVESGGD LVKPGGSLRL SCAASGFTFS DAWMSWVRQA PGKGLEWVGR IKSNIDGGTT DYVAPVKGRF TISRDDSKNT LYLQMNSLK TEDTAVYYCT TGVETYDFWS G(TYS)DDH(TYS)YDYY FRDVWGKGTT VTVSS

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分子 #6: GT2-d42.16 Fab Light Chain

分子名称: GT2-d42.16 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 11.479702 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
EIVLTQSPGT LSLSAGERAT LSCRASQSVS SSYLAWYQQK PGQAPRLLIY GASSRATGIP DRFSGSGSGT DFTLTISRLE PEDFAVYYC QQYGSSFTFG PGTKVDIK

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分子 #12: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 42 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.54 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 62971
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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