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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Rat vesicular glutamate transporter 2 (VGLUT2) in low Cl condition | |||||||||
![]() | sharpened map for model building | |||||||||
![]() |
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![]() | synaptic vesicle / neurotransmitter / glutamate transport / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() sodium:phosphate symporter activity / sodium-dependent phosphate transport / phosphate ion uniporter activity / L-glutamate uniporter activity / pericellular basket / Organic anion transporters / neurotransmitter uptake / neurotransmitter loading into synaptic vesicle / hyaloid vascular plexus regression / L-glutamate import ...sodium:phosphate symporter activity / sodium-dependent phosphate transport / phosphate ion uniporter activity / L-glutamate uniporter activity / pericellular basket / Organic anion transporters / neurotransmitter uptake / neurotransmitter loading into synaptic vesicle / hyaloid vascular plexus regression / L-glutamate import / phosphate ion transport / potassium:proton antiporter activity / L-glutamate transmembrane transport / L-glutamate transmembrane transporter activity / neurotransmitter transmembrane transporter activity / phosphate ion homeostasis / neural retina development / regulation of synapse structure or activity / monoatomic anion transport / chloride channel activity / chloride channel complex / excitatory synapse / synaptic transmission, glutamatergic / hippocampus development / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / early endosome / neuron projection / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
![]() | Li F / Stroud RM | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Substrate Recognition, Directional Flux, and Allostery in a Synaptic Vesicle Glutamate Transporter 著者: Li F / Stroud RM | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 227.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 10.5 KB 10.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 83.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 534.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 533.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7t3oMC ![]() 7t3nC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened map for model building | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : complex of WT VGLUT2 with a Fab
全体 | 名称: complex of WT VGLUT2 with a Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: complex of WT VGLUT2 with a Fab
超分子 | 名称: complex of WT VGLUT2 with a Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Vesicular glutamate transporter 2
分子 | 名称: Vesicular glutamate transporter 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 64.63727 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MESVKQRILA PGKEGIKNFA GKSLGQIYRV LEKKQDNRET IELTEDGKPL EVPEKKAPLC DCTCFGLPRR YIIAIMSGLG FCISFGIRC NLGVAIVDMV NNSTIHRGGK VIKEKAKFNW DPETVGMIHG SFFWGYIITQ IPGGYIASRL AANRVFGAAI L LTSTLNML ...文字列: MESVKQRILA PGKEGIKNFA GKSLGQIYRV LEKKQDNRET IELTEDGKPL EVPEKKAPLC DCTCFGLPRR YIIAIMSGLG FCISFGIRC NLGVAIVDMV NNSTIHRGGK VIKEKAKFNW DPETVGMIHG SFFWGYIITQ IPGGYIASRL AANRVFGAAI L LTSTLNML IPSAARVHYG CVIFVRILQG LVEGVTYPAC HGIWSKWAPP LERSRLATTS FCGSYAGAVI AMPLAGILVQ YT GWSSVFY VYGSFGMVWY MFWLLVSYES PAKHPTITDE ERRYIEESIG ESANLLGAME KFKTPWRKFF TSMPVYAIIV ANF CRSWTF YLLLISQPAY FEEVFGFEIS KVGMLSAVPH LVMTIIVPIG GQIADFLRSK QILSTTTVRK IMNCGGFGME ATLL LVVGY SHTRGVAISF LVLAVGFSGF AISGFNVNHL DIAPRYASIL MGISNGVGTL SGMVCPIIVG AMTKNKSREE WQYVF LIAA LVHYGGVIFY ALFASGEKQP WADPEETSEE KCGFIHEDEL DEETGDITQN YINYGTTKSY GATSQENGGW PNGWEK KEE FVQESAQDAY SYKDRDDYS UniProtKB: Vesicular glutamate transporter 2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 20.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 5.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |