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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23541 | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | KIF14[391-743] - ADP-AlFx closed state class in complex with a microtubule | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | Main map. Locally refined single unit. Not helically averaged. | |||||||||||||||||||||||||||
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![]() | KIF14 / kinesin / motility / microtubule / tubulin / MOTOR PROTEIN | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() cerebellar granular layer structural organization / regulation of cell maturation / cerebellar Purkinje cell layer structural organization / RHO GTPases activate CIT / RND2 GTPase cycle / negative regulation of integrin activation / RND1 GTPase cycle / cell proliferation in forebrain / regulation of Rap protein signal transduction / cerebellar cortex development ...cerebellar granular layer structural organization / regulation of cell maturation / cerebellar Purkinje cell layer structural organization / RHO GTPases activate CIT / RND2 GTPase cycle / negative regulation of integrin activation / RND1 GTPase cycle / cell proliferation in forebrain / regulation of Rap protein signal transduction / cerebellar cortex development / olfactory bulb development / Microtubule-dependent trafficking of connexons from Golgi to the plasma membrane / Hedgehog 'off' state / Cilium Assembly / Intraflagellar transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / Carboxyterminal post-translational modifications of tubulin / RHOH GTPase cycle / Sealing of the nuclear envelope (NE) by ESCRT-III / Kinesins / PKR-mediated signaling / The role of GTSE1 in G2/M progression after G2 checkpoint / Aggrephagy / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Separation of Sister Chromatids / Flemming body / plus-end-directed microtubule motor activity / RHO GTPases activate IQGAPs / RHO GTPases Activate Formins / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / MHC class II antigen presentation / COPI-mediated anterograde transport / regulation of myelination / microtubule motor activity / kinesin complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / mitotic metaphase chromosome alignment / activation of protein kinase activity / microtubule-based movement / positive regulation of cytokinesis / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / spindle midzone / regulation of cell adhesion / regulation of neuron apoptotic process / regulation of cell migration / tubulin binding / substrate adhesion-dependent cell spreading / PDZ domain binding / hippocampus development / regulation of cell growth / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / establishment of protein localization / structural constituent of cytoskeleton / cerebral cortex development / microtubule cytoskeleton organization / microtubule cytoskeleton / mitotic cell cycle / midbody / microtubule binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of neuron apoptotic process / microtubule / cell division / GTPase activity / positive regulation of cell population proliferation / negative regulation of apoptotic process / GTP binding / protein kinase binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | Benoit MPMH / Asenjo AB | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis of mechano-chemical coupling by the mitotic kinesin KIF14. 著者: Matthieu P M H Benoit / Ana B Asenjo / Mohammadjavad Paydar / Sabin Dhakal / Benjamin H Kwok / Hernando Sosa / ![]() ![]() 要旨: KIF14 is a mitotic kinesin whose malfunction is associated with cerebral and renal developmental defects and several cancers. Like other kinesins, KIF14 couples ATP hydrolysis and microtubule binding ...KIF14 is a mitotic kinesin whose malfunction is associated with cerebral and renal developmental defects and several cancers. Like other kinesins, KIF14 couples ATP hydrolysis and microtubule binding to the generation of mechanical work, but the coupling mechanism between these processes is still not fully clear. Here we report 20 high-resolution (2.7-3.9 Å) cryo-electron microscopy KIF14-microtubule structures with complementary functional assays. Analysis procedures were implemented to separate coexisting conformations of microtubule-bound monomeric and dimeric KIF14 constructs. The data provide a comprehensive view of the microtubule and nucleotide induced KIF14 conformational changes. It shows that: 1) microtubule binding, the nucleotide species, and the neck-linker domain govern the transition between three major conformations of the motor domain; 2) an undocked neck-linker prevents the nucleotide-binding pocket to fully close and dampens ATP hydrolysis; 3) 13 neck-linker residues are required to assume a stable docked conformation; 4) the neck-linker position controls the hydrolysis rather than the nucleotide binding step; 5) the two motor domains of KIF14 dimers adopt distinct conformations when bound to the microtubule; and 6) the formation of the two-heads-bound-state introduces structural changes in both motor domains of KIF14 dimers. These observations provide the structural basis for a coordinated chemo-mechanical kinesin translocation model. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 7.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 25.4 KB 25.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 154.8 KB | ||
マスクデータ | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | 274.6 MB 274.6 MB 274.6 MB 1.1 GB 1.1 GB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 8.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 219.1 MB 219 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7lvrMC ![]() 6wweC ![]() 6wwfC ![]() 6wwgC ![]() 6wwhC ![]() 6wwiC ![]() 6wwjC ![]() 6wwkC ![]() 6wwlC ![]() 6wwmC ![]() 6wwnC ![]() 6wwoC ![]() 6wwpC ![]() 6wwqC ![]() 6wwrC ![]() 6wwsC ![]() 6wwtC ![]() 6wwuC ![]() 6wwvC ![]() 7lvqC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Main map. Locally refined single unit. Not helically averaged. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.825 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #2
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #3
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #4
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-マスク #5
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1 (gold standard). Locally refined single...
ファイル | emd_23541_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 (gold standard). Locally refined single unit. Not helically averaged. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2 (gold standard). Locally refined single...
ファイル | emd_23541_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 (gold standard). Locally refined single unit. Not helically averaged. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : KIF14[391-743] closed state - ADP-AlFx in complex with a microtubule
+超分子 #1: KIF14[391-743] closed state - ADP-AlFx in complex with a microtubule
+超分子 #2: KIF14[391-743] - ADP-AlFx
+超分子 #3: Microtubule
+分子 #1: Tubulin alpha-1B chain
+分子 #2: Tubulin beta-2B chain
+分子 #3: Kinesin-like protein KIF14
+分子 #4: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
+分子 #5: MAGNESIUM ION
+分子 #6: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #7: TAXOL
+分子 #8: ALUMINUM FLUORIDE
+分子 #9: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
緩衝液 | pH: 6.8 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING | ||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 平均電子線量: 70.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 倍率(補正後): 60606 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+
画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | ![]() PDB-7lvr: |