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- EMDB-20859: Cryo-EM map of human CPSF73-CPSF100-Symplekin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20859
タイトルCryo-EM map of human CPSF73-CPSF100-Symplekin complex
マップデータCryo-EM map of human CPSF73-CPSF100-Symplekin complex
試料
  • 複合体: The complex of human CPSF73-CPSF100-Symplekin
    • タンパク質・ペプチド: CPSF73
    • タンパク質・ペプチド: CPSF100
    • タンパク質・ペプチド: Symplekin
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.4 Å
データ登録者Sun Y / Zhang Y / Walz T / Tong L
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesR35GM118093 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Structural Insights into the Human Pre-mRNA 3'-End Processing Machinery.
著者: Yixiao Zhang / Yadong Sun / Yongsheng Shi / Thomas Walz / Liang Tong /
要旨: The mammalian pre-mRNA 3'-end-processing machinery consists of cleavage and polyadenylation specificity factor (CPSF), cleavage stimulation factor (CstF), and other proteins, but the overall ...The mammalian pre-mRNA 3'-end-processing machinery consists of cleavage and polyadenylation specificity factor (CPSF), cleavage stimulation factor (CstF), and other proteins, but the overall architecture of this machinery remains unclear. CPSF contains two functionally distinct modules: a cleavage factor (mCF) and a polyadenylation specificity factor (mPSF). Here, we have produced recombinant human CPSF and CstF and examined these factors by electron microscopy (EM). We find that mPSF is the organizational core of the machinery, while the conformations of mCF and CstF and the position of mCF relative to mPSF are highly variable. We have identified by cryo-EM a segment in CPSF100 that tethers mCF to mPSF, and we have named it the PSF interaction motif (PIM). Mutations in the PIM can abolish CPSF formation, indicating that it is a crucial contact in CPSF. We have also obtained reconstructions of mCF and CstF77 by cryo-EM, assembled around the mPSF core.
履歴
登録2019年10月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年11月27日-
マップ公開2019年11月27日-
更新2020年3月4日-
現状2020年3月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.011
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.011
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20859.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20859.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of human CPSF73-CPSF100-Symplekin complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.011 / ムービー #1: 0.011
最小 - 最大-0.029016882 - 0.05099807
平均 (標準偏差)0.0000652628 (±0.002344527)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 273.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z273.920273.920273.920
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ256256256
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0290.0510.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The complex of human CPSF73-CPSF100-Symplekin

全体名称: The complex of human CPSF73-CPSF100-Symplekin
要素
  • 複合体: The complex of human CPSF73-CPSF100-Symplekin
    • タンパク質・ペプチド: CPSF73
    • タンパク質・ペプチド: CPSF100
    • タンパク質・ペプチド: Symplekin

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超分子 #1: The complex of human CPSF73-CPSF100-Symplekin

超分子名称: The complex of human CPSF73-CPSF100-Symplekin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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分子 #1: CPSF73

分子名称: CPSF73 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSAIPAEESD QLLIRPLGAG QEVGRSCIIL EFKGRKIMLD CGIHPGLEGM DALPYIDLID PAEIDLLLIS HFHLDHCGAL PWFLQKTSFK GRTFMTHATK AIYRWLLSDY VKVSNISADD MLYTETDLEE SMDKIETINF HEVKEVAGIK FWCYHAGHVL GAAMFMIEIA ...文字列:
MSAIPAEESD QLLIRPLGAG QEVGRSCIIL EFKGRKIMLD CGIHPGLEGM DALPYIDLID PAEIDLLLIS HFHLDHCGAL PWFLQKTSFK GRTFMTHATK AIYRWLLSDY VKVSNISADD MLYTETDLEE SMDKIETINF HEVKEVAGIK FWCYHAGHVL GAAMFMIEIA GVKLLYTGDF SRQEDRHLMA AEIPNIKPDI LIIESTYGTH IHEKREEREA RFCNTVHDIV NRGGRGLIPV FALGRAQELL LILDEYWQNH PELHDIPIYY ASSLAKKCMA VYQTYVNAMN DKIRKQININ NPFVFKHISN LKSMDHFDDI GPSVVMASPG MMQSGLSREL FESWCTDKRN GVIIAGYCVE GTLAKHIMSE PEEITTMSGQ KLPLKMSVDY ISFSAHTDYQ QTSEFIRALK PPHVILVHGE QNEMARLKAA LIREYEDNDE VHIEVHNPRN TEAVTLNFRG EKLAKVMGFL ADKKPEQGQR VSGILVKRN FNYHILSPCD LSNYTDLAMS TVKQTQAIPY TGPFNLLCYQ LQKLTGDVEE LEIQEKPALK VFKNITVIQE PGMVVLEWLA NPSNDMYADT VTTVILEVQS NPKIRKGAVQ KVSKKLEMHV YSKRLEIMLQ DIFGEDCVSV KDDSILSVTV DGKTANLNLE TRTVECEEGS EDDESLREMV ELAAQRLYEA LTPVH

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分子 #2: CPSF100

分子名称: CPSF100 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MTSIIKLTTL SGVQEESALC YLLQVDEFRF LLDCGWDEHF SMDIIDSLRK HVHQIDAVLL SHPDPLHLGA LPYAVGKLGL NCAIYATIPV YKMGQMFMYD LYQSRHNTED FTLFTLDDVD AAFDKIQQLK FSQIVNLKGK GHGLSITPLP AGHMIGGTIW KIVKDGEEEI ...文字列:
MTSIIKLTTL SGVQEESALC YLLQVDEFRF LLDCGWDEHF SMDIIDSLRK HVHQIDAVLL SHPDPLHLGA LPYAVGKLGL NCAIYATIPV YKMGQMFMYD LYQSRHNTED FTLFTLDDVD AAFDKIQQLK FSQIVNLKGK GHGLSITPLP AGHMIGGTIW KIVKDGEEEI VYAVDFNHKR EIHLNGCSLE MLSRPSLLIT DSFNATYVQP RRKQRDEQLL TNVLETLRGD GNVLIAVDTA GRVLELAQLL DQIWRTKDAG LGVYSLALLN NVSYNVVEFS KSQVEWMSDK LMRCFEDKRN NPFQFRHLSL CHGLSDLARV PSPKVVLASQ PDLECGFSRD LFIQWCQDPK NSIILTYRTT PGTLARFLID NPSEKITEIE LRKRVKLEGK ELEEYLEKEK LKKEAAKKLE QSKEADIDSS DESDIEEDID QPSAHKTKHD LMMKGEGSRK GSFFKQAKKS YPMFPAPEER IKWDEYGEII KPEDFLVPEL QATEEEKSKL ESGLTNGDEP MDQDLSDVPT KCISTTESIE IKARVTYIDY EGRSDGDSIK KIINQMKPRQ LIIVHGPPEA SQDLAECCRA FGGKDIKVYM PKLHETVDAT SETHIYQVRL KDSLVSSLQF CKAKAELAWI DGVLDMRVSK VDTGVILEEG ELKDDGEDSE MQVEAPSDSS VIAQQKAMKS LFGDDEKETG EESEIIPTLE PLPPHEVPGH QSVFMNEPRL SDFKQVLLRE GIQAEFVGGV LVCNNQVAVR RTETGRIGLE GCLCQDFYRI RDLLYEQYAI V

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分子 #3: Symplekin

分子名称: Symplekin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SDSTLKKMKL EPNLGEDDED KDLEPGPSGT SKASAQISGQ SDTDITAEFL QPLLTPDNVA NLVLISMVYL PEAMPASFQA IYTPVESAGT EAQIKHLARL MATQMTAAGL GPGVEQTKQC KEEPKEEKVV KTESVLIKRR LSAQGQAISV VGSLSSMSPL EEEAPQAKRR ...文字列:
SDSTLKKMKL EPNLGEDDED KDLEPGPSGT SKASAQISGQ SDTDITAEFL QPLLTPDNVA NLVLISMVYL PEAMPASFQA IYTPVESAGT EAQIKHLARL MATQMTAAGL GPGVEQTKQC KEEPKEEKVV KTESVLIKRR LSAQGQAISV VGSLSSMSPL EEEAPQAKRR PEPIIPVTQP RLAGAGGRKK IFRLSDVLKP LTDAQVEAMK LGAVKRILRA EKAVACSGAA QVRIKILASL VTQFNSGLKA EVLSFILEDV RARLDLAFAW LYQEYNAYLA AGASGSLDKY EDCLIRLLSG LQEKPDQKDG IFTKVVLEAP LITESALEVV RKYCEDESRT YLGMSTLRDL IFKRPSRQFQ YLHVLLDLSS HEKDKVRSQA LLFIKRMYEK EQLREYVEKF ALNYLQLLVH PNPPSVLFGA DKDTEVAAPW TEETVKQCLY LYLALLPQNH KLIHELAAVY TEAIADIKRT VLRVIEQPIR GMGMNSPELL LLVENCPKGA ETLVTRCLHS LTDKVPPSPE LVKRVRDLYH KRLPDVRFLI PVLNGLEKKE VIQALPKLIK LNPIVVKEVF NRLLGTQHGE GNSALSPLNP GELLIALHNI DSVKCDMKSI IKATNLCFAE RNVYTSEVLA VVMQQLMEQS PLPMLLMRTV IQSLTMYPRL GGFVMNILSR LIMKQVWKYP KVWEGFIKCC QRTKPQSFQV ILQLPPQQLG AVFDKCPELR EPLLAHVRSF TPHQQAHIPN SIMTILEASG KQEPEAKE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 構成要素 - 濃度: 150.0 mM / 構成要素 - 式: NaCl / 構成要素 - 名称: sodium chloride / 詳細: 25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 150 mM NaCl, 5 mM DTT
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.8 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.9 µm / 倍率（補正後）: 46729 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 225000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 35040
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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