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万見
- EMDB-20181: human Neurotensin Receptor 1 (hNTSR1) - Gi1 Protein Complex in no... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20181
タイトルhuman Neurotensin Receptor 1 (hNTSR1) - Gi1 Protein Complex in non-canonical conformation (NC state)
マップデータhuman neurotensin receptor 1 (hNTSR1) - Gi1 complex in non-canonical conformation (NC state)
試料
  • 複合体: hNTSR1-Gi1 complex in non-canonical conformation (NC state)
    • タンパク質・ペプチド: Neurotensin receptor type 1
    • タンパク質・ペプチド: JMV449
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
キーワードGPCR / G-protein / complex / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


G protein-coupled neurotensin receptor activity / inositol phosphate catabolic process / symmetric synapse / positive regulation of locomotion / regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / D-aspartate import across plasma membrane / positive regulation of arachidonate secretion / L-glutamate import across plasma membrane / vocalization behavior ...G protein-coupled neurotensin receptor activity / inositol phosphate catabolic process / symmetric synapse / positive regulation of locomotion / regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / D-aspartate import across plasma membrane / positive regulation of arachidonate secretion / L-glutamate import across plasma membrane / vocalization behavior / regulation of behavioral fear response / regulation of respiratory gaseous exchange / cAMP biosynthetic process / positive regulation of inhibitory postsynaptic potential / negative regulation of systemic arterial blood pressure / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of glutamate secretion / response to food / regulation of membrane depolarization / response to lipid / temperature homeostasis / positive regulation of inositol phosphate biosynthetic process / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / response to stress / conditioned place preference / adenylate cyclase inhibitor activity / positive regulation of protein localization to cell cortex / T cell migration / positive regulation of relaxation of smooth muscle / Adenylate cyclase inhibitory pathway / D2 dopamine receptor binding / adenylate cyclase-inhibiting serotonin receptor signaling pathway / G protein-coupled serotonin receptor binding / cellular response to forskolin / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / regulation of mitotic spindle organization / chemokine-mediated signaling pathway / dendritic shaft / adult locomotory behavior / Regulation of insulin secretion / neuropeptide signaling pathway / response to prostaglandin E / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / negative regulation of insulin secretion / G protein-coupled receptor binding / response to peptide hormone / G protein-coupled receptor activity / cytoplasmic side of plasma membrane / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / centriolar satellite / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / terminal bouton / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / photoreceptor disc membrane / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / GDP binding / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / heterotrimeric G-protein complex / G-protein beta-subunit binding / G alpha (12/13) signalling events / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / extracellular vesicle / sensory perception of taste / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / sperm principal piece / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / signaling receptor complex adaptor activity / retina development in camera-type eye / GTPase binding / G protein activity / fibroblast proliferation / Ca2+ pathway
類似検索 - 分子機能
Neurotensin receptor / Neurotensin type 1 receptor / G-protein alpha subunit, group I / G protein alpha subunit, helical insertion / G protein alpha subunit / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. ...Neurotensin receptor / Neurotensin type 1 receptor / G-protein alpha subunit, group I / G protein alpha subunit, helical insertion / G protein alpha subunit / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Neurotensin receptor type 1 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Kato HE / Zhang Y
資金援助 日本, デンマーク, 米国, 6件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)19H03163 日本
Novo Nordisk FoundationNNF15OC0015268 デンマーク
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R01GM127359 米国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP17gm5910013 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP17gm0010004 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)17K08264 日本
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Conformational transitions of a neurotensin receptor 1-G complex.
著者: Hideaki E Kato / Yan Zhang / Hongli Hu / Carl-Mikael Suomivuori / Francois Marie Ngako Kadji / Junken Aoki / Kaavya Krishna Kumar / Rasmus Fonseca / Daniel Hilger / Weijiao Huang / Naomi R ...著者: Hideaki E Kato / Yan Zhang / Hongli Hu / Carl-Mikael Suomivuori / Francois Marie Ngako Kadji / Junken Aoki / Kaavya Krishna Kumar / Rasmus Fonseca / Daniel Hilger / Weijiao Huang / Naomi R Latorraca / Asuka Inoue / Ron O Dror / Brian K Kobilka / Georgios Skiniotis /
要旨: Neurotensin receptor 1 (NTSR1) is a G-protein-coupled receptor (GPCR) that engages multiple subtypes of G protein, and is involved in the regulation of blood pressure, body temperature, weight and ...Neurotensin receptor 1 (NTSR1) is a G-protein-coupled receptor (GPCR) that engages multiple subtypes of G protein, and is involved in the regulation of blood pressure, body temperature, weight and the response to pain. Here we present structures of human NTSR1 in complex with the agonist JMV449 and the heterotrimeric G protein, at a resolution of 3 Å. We identify two conformations: a canonical-state complex that is similar to recently reported GPCR-G complexes (in which the nucleotide-binding pocket adopts more flexible conformations that may facilitate nucleotide exchange), and a non-canonical state in which the G protein is rotated by about 45 degrees relative to the receptor and exhibits a more rigid nucleotide-binding pocket. In the non-canonical state, NTSR1 exhibits features of both active and inactive conformations, which suggests that the structure may represent an intermediate form along the activation pathway of G proteins. This structural information, complemented by molecular dynamics simulations and functional studies, provides insights into the complex process of G-protein activation.
履歴
登録2019年5月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月10日-
マップ公開2019年7月10日-
更新2025年6月4日-
現状2025年6月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6osa
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20181.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20181.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈human neurotensin receptor 1 (hNTSR1) - Gi1 complex in non-canonical conformation (NC state)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 240 pix.
= 254.4 Å		1.06 Å/pix.
x 240 pix.
= 254.4 Å		1.06 Å/pix.
x 240 pix.
= 254.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.24982679 - 0.41312334
平均 (標準偏差)-0.0003549454 (±0.010895068)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 254.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z254.400254.400254.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.2500.413-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : hNTSR1-Gi1 complex in non-canonical conformation (NC state)

全体名称: hNTSR1-Gi1 complex in non-canonical conformation (NC state)
要素
  • 複合体: hNTSR1-Gi1 complex in non-canonical conformation (NC state)
    • タンパク質・ペプチド: Neurotensin receptor type 1
    • タンパク質・ペプチド: JMV449
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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超分子 #1: hNTSR1-Gi1 complex in non-canonical conformation (NC state)

超分子名称: hNTSR1-Gi1 complex in non-canonical conformation (NC state)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Neurotensin receptor type 1

分子名称: Neurotensin receptor type 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 48.396734 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: DYKDDDDAMG QPGNGSAFLL APNRSHAPDH DVENLYFQGQ RAQAGLEEAL LAPGFGNASG NASERVLAAP SSELDVNTDI YSKVLVTAV YLALFVVGTV GNTVTLFTLA RKKSLQSLQS TVHYHLGSLA LSDLLTLLLA MPVELYNFIW VHHPWAFGDA G CRGYYFLR ...文字列:
DYKDDDDAMG QPGNGSAFLL APNRSHAPDH DVENLYFQGQ RAQAGLEEAL LAPGFGNASG NASERVLAAP SSELDVNTDI YSKVLVTAV YLALFVVGTV GNTVTLFTLA RKKSLQSLQS TVHYHLGSLA LSDLLTLLLA MPVELYNFIW VHHPWAFGDA G CRGYYFLR DACTYATALN VASLSVERYL AICHPFKAKT LMSRSRTKKF ISAIWLASAL LAVPMLFTMG EQNRSADGQH AG GLVCTPT IHTATVKVVI QVNTFMSFIF PMVVISVLNT IIANKLTVMV RQAAEQGQVC TVGGPGRVQA LRHGVRVLRA VVI AFVVCW LPYHVRRLMF CYISDEQWTP FLYDFYHYFY MVTNALFYVS STINPILYNL VSANFRHIFL ATLACLCPVW RRRR KRPAF SRKADSVSSN HTLSSNATRE TLYLEVLFQG

UniProtKB: Neurotensin receptor type 1

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分子 #2: JMV449

分子名称: JMV449 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: JMV449 from Tocris Bioscience. / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 762.979 Da
配列文字列:
KKPYIL

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.415031 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKSTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI ...文字列:
MGCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKSTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS IIAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL D RIAQPNYI PTQQDVLRTR VKTTGIVETH FTFKDLHFKM FDVGGQRSER KKWIHCFEGV TAIIFCVALS DYDLVLAEDE EM NRMHESM KLFDSICNNK WFTDTSIILF LNKKDLFEEK IKKSPLTICY PEYAGSNTYE EAAAYIQCQF EDLNKRKDTK EIY THFTCA TDTKNVQFVF DAVTDVIIKN NLKDCGLF

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

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分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.671102 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: PGSSGSELDQ LRQEAEQLKN QIRDARKACA DATLSQITNN IDPVGRIQMR TRRTLRGHLA KIYAMHWGTD SRLLVSASQD GKLIIWDSY TTNKVHAIPL RSSWVMTCAY APSGNYVACG GLDNICSIYN LKTREGNVRV SRELAGHTGY LSCCRFLDDN Q IVTSSGDT ...文字列:
PGSSGSELDQ LRQEAEQLKN QIRDARKACA DATLSQITNN IDPVGRIQMR TRRTLRGHLA KIYAMHWGTD SRLLVSASQD GKLIIWDSY TTNKVHAIPL RSSWVMTCAY APSGNYVACG GLDNICSIYN LKTREGNVRV SRELAGHTGY LSCCRFLDDN Q IVTSSGDT TCALWDIETG QQTTTFTGHT GDVMSLSLAP DTRLFVSGAC DASAKLWDVR EGMCRQTFTG HESDINAICF FP NGNAFAT GSDDATCRLF DLRADQELMT YSHDNIICGI TSVSFSKSGR LLLAGYDDFN CNVWDALKAD RAGVLAGHDN RVS CLGVTD DGMAVATGSW DSFLKIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #5: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 75.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4xee


詳細: 4XEE and 1GP2 were used.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 207119
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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