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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-19872 | |||||||||
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タイトル | Structure of Integrator subcomplex INTS5/8/15 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | RNA polymerase II transcription termination / Integrator complex assembly / transcription factors / TRANSCRIPTION | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 snRNA 3'-end processing / snRNA processing / integrator complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / nuclear membrane / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Razew M / Galej WP | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024 タイトル: Structural basis of the Integrator complex assembly and association with transcription factors. 著者: Michal Razew / Angelique Fraudeau / Moritz M Pfleiderer / Romain Linares / Wojciech P Galej / 要旨: Integrator is a multi-subunit protein complex responsible for premature transcription termination of coding and non-coding RNAs. This is achieved via two enzymatic activities, RNA endonuclease and ...Integrator is a multi-subunit protein complex responsible for premature transcription termination of coding and non-coding RNAs. This is achieved via two enzymatic activities, RNA endonuclease and protein phosphatase, acting on the promoter-proximally paused RNA polymerase Ⅱ (RNAPⅡ). Yet, it remains unclear how Integrator assembly and recruitment are regulated and what the functions of many of its core subunits are. Here, we report the structures of two human Integrator sub-complexes: INTS10/13/14/15 and INTS5/8/10/15, and an integrative model of the fully assembled Integrator bound to the RNAPⅡ paused elongating complex (PEC). An in silico protein-protein interaction screen of over 1,500 human transcription factors (TFs) identified ZNF655 as a direct interacting partner of INTS13 within the fully assembled Integrator. We propose a model wherein INTS13 acts as a platform for the recruitment of TFs that could modulate the stability of the Integrator's association at specific loci and regulate transcription attenuation of the target genes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_19872.map.gz | 8.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-19872-v30.xml emd-19872.xml | 17.3 KB 17.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_19872.png | 51.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-19872.cif.gz | 6.8 KB | ||
その他 | emd_19872_half_map_1.map.gz emd_19872_half_map_2.map.gz | 764.2 MB 764.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19872 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19872 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_19872_validation.pdf.gz | 786.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_19872_full_validation.pdf.gz | 786.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_19872_validation.xml.gz | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_19872_validation.cif.gz | 24.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19872 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19872 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_19872.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_19872_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_19872_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Integrator INTS5/8/15 subcomplex
全体 | 名称: Integrator INTS5/8/15 subcomplex |
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要素 |
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-超分子 #1: Integrator INTS5/8/15 subcomplex
超分子 | 名称: Integrator INTS5/8/15 subcomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Integrator complex subunit 8
分子 | 名称: Integrator complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 113.219859 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MSAEAADREA ATSSRPCTPP QTCWFEFLLE ESLLEKHLRK PCPDPAPVQL IVQFLEQASK PSVNEQNQVQ PPPDNKRNRI LKLLALKVA AHLKWDLDIL EKSLSVPVLN MLLNELLCIS KVPPGTKHVD MDLATLPPTT AMAVLLYNRW AIRTIVQSSF P VKQAKPGP ...文字列: MSAEAADREA ATSSRPCTPP QTCWFEFLLE ESLLEKHLRK PCPDPAPVQL IVQFLEQASK PSVNEQNQVQ PPPDNKRNRI LKLLALKVA AHLKWDLDIL EKSLSVPVLN MLLNELLCIS KVPPGTKHVD MDLATLPPTT AMAVLLYNRW AIRTIVQSSF P VKQAKPGP PQLSVMNQMQ QEKELTENIL KVLKEQAADS ILVLEAALKL NKDLYVHTMR TLDLLAMEPG MVNGETESST AG LKVKTEE MQCQVCYDLG AAYFQQGSTN SAVYENAREK FFRTKELIAE IGSLSLHCTI DEKRLAGYCQ ACDVLVPSSD STS QQLTPY SQVHICLRSG NYQEVIQIFI EDNLTLSLPV QFRQSVLREL FKKAQQGNEA LDEICFKVCA CNTVRDILEG RTIS VQFNQ LFLRPNKEKI DFLLEVCSRS VNLEKASESL KGNMAAFLKN VCLGLEDLQY VFMISSHELF ITLLKDEERK LLVDQ MRKR SPRVNLCIKP VTSFYDIPAS ASVNIGQLEH QLILSVDPWR IRQILIELHG MTSERQFWTV SNKWEVPSVY SGVILG IKD NLTRDLVYIL MAKGLHCSTV KDFSHAKQLF AACLELVTEF SPKLRQVMLN EMLLLDIHTH EAGTGQAGER PPSDLIS RV RGYLEMRLPD IPLRQVIAEE CVAFMLNWRE NEYLTLQVPA FLLQSNPYVK LGQLLAATCK ELPGPKESRR TAKDLWEV V VQICSVSSQH KRGNDGRVSL IKQRESTLGI MYRSELLSFI KKLREPLVLT IILSLFVKLH NVREDIVNDI TAEHISIWP SSIPNLQSVD FEAVAITVKE LVRYTLSINP NNHSWLIIQA DIYFATNQYS AALHYYLQAG AVCSDFFNKA VPPDVYTDQV IKRMIKCCS LLNCHTQVAI LCQFLREIDY KTAFKSLQEQ NSHDAMDSYY DYIWDVTILE YLTYLHHKRG ETDKRQIAIK A IGQTELNA SNPEEVLQLA AQRRKKKFLQ AMAKLYF UniProtKB: Integrator complex subunit 8 |
-分子 #2: Integrator complex subunit 5
分子 | 名称: Integrator complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 108.115227 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MSALCDPPGA PGPPGPAPAT HGPAPLSAQE LSQEIKAFLT GVDPILGHQL SAREHARCGL LLLRSLPPAR AAVLDHLRGV FDESVRAHL AALDETPVAG PPHLRPPPPS HVPAGGPGLE DVVQEVQQVL SEFIRANPKA WAPVISAWSI DLMGQLSSTY S GQHQRVPH ...文字列: MSALCDPPGA PGPPGPAPAT HGPAPLSAQE LSQEIKAFLT GVDPILGHQL SAREHARCGL LLLRSLPPAR AAVLDHLRGV FDESVRAHL AALDETPVAG PPHLRPPPPS HVPAGGPGLE DVVQEVQQVL SEFIRANPKA WAPVISAWSI DLMGQLSSTY S GQHQRVPH ATGALNELLQ LWMGCRATRT LMDIYVQCLS ALIGSCPDAC VDALLDTSVQ HSPHFDWVVA HIGSSFPGTI IS RVLSCGL KDFCVHGGAG GGAGSSGGSS SQTPSTDPFP GSPAIPAEKR VPKIASVVGI LGHLASRHGD SIRRELLRMF HDS LAGGSG GRSGDPSLQA TVPFLLQLAV MSPALLGTVS GELVDCLKPP AVLSQLQQHL QGFPREELDN MLNLAVHLVS QASG AGAYR LLQFLVDTAM PASVITTQGL AVPDTVREAC DRLIQLLLLH LQKLVHHRGG SPGEGVLGPP PPPRLVPFLD ALKNH VGEL CGETLRLERK RFLWQHQLLG LLSVYTRPSC GPEALGHLLS RARSPEELSL ATQLYAGLVV SLSGLLPLAF RSCLAR VHA GTLQPPFTAR FLRNLALLVG WEQQGGEGPA ALGAHFGESA SAHLSDLAPL LLHPEEEVAE AAASLLAICP FPSEALS PS QLLGLVRAGV HRFFASLRLH GPPGVASACQ LLTRLSQTSP AGLKAVLQLL VEGALHRGNT ELFGGQVDGD NETLSVVS A SLASASLLDT NRRHTAAVPG PGGIWSVFHA GVIGRGLKPP KFVQSRNQQE VIYNTQSLLS LLVHCCSAPG GTECGECWG APILSPEAAK AVAVTLVESV CPDAAGAELA WPPEEHARAT VERDLRIGRR FREQPLLFEL LKLVAAAPPA LCYCSVLLRG LLAALLGHW EASRHPDTTH SPWHLEASCT LVAVMAEGSL LPPALGNMHE VFSQLAPFEV RLLLLSVWGF LREHGPLPQK F IFQSERGR FIRDFSREGG GEGGPHLAVL HSVLHRNIDR LGLFSGRFQA PSPSTLLRQG T UniProtKB: Integrator complex subunit 5 |
-分子 #3: Integrator complex subunit 15
分子 | 名称: Integrator complex subunit 15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 50.102402 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MSDIRHSLLR RDALSAAKEV LYHLDIYFSS QLQSAPLPIV DKGPVELLEE FVFQVPKERS AQPKRLNSLQ ELQLLEIMCN YFQEQTKDS VRQIIFSSLF SPQGNKADDS RMSLLGKLVS MAVAVCRIPV LECAASWLQR TPVVYCVRLA KALVDDYCCL V PGSIQTLK ...文字列: MSDIRHSLLR RDALSAAKEV LYHLDIYFSS QLQSAPLPIV DKGPVELLEE FVFQVPKERS AQPKRLNSLQ ELQLLEIMCN YFQEQTKDS VRQIIFSSLF SPQGNKADDS RMSLLGKLVS MAVAVCRIPV LECAASWLQR TPVVYCVRLA KALVDDYCCL V PGSIQTLK QIFSASPRFC CQFITSVTAL YDLSSDDLIP PMDLLEMIVT WIFEDPRLIL ITFLNTPIAA NLPIGFLELT PL VGLIRWC VKAPLAYKRK KKPPLSNGHV SNKVTKDPGV GMDRDSHLLY SKLHLSVLQV LMTLQLHLTE KNLYGRLGLI LFD HMVPLV EEINRLADEL NPLNASQEIE LSLDRLAQAL QVAMASGALL CTRDDLRTLC SRLPHNNLLQ LVISGPVQQS PHAA LPPGF YPHIHTPPLG YGAVPAHPAA HPALPTHPGH TFISGVTFPF RPIR UniProtKB: Integrator complex subunit 15 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 95992 |
初期 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |