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万見
- EMDB-19759: Small circular RNA dimer - Class 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19759
タイトルSmall circular RNA dimer - Class 3
マップデータDimer map C2 symmetry
試料
  • 複合体: Dimer composed of two small circular RNAs and two complimentary RNAs
    • RNA: RNA (36-MER)
    • RNA: RNA (36-MER)
キーワードsmall RNA circles / dimer / RNA crossover / RNA
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.3 Å
データ登録者McRae EK / Kristoffersen EL / Holliger P / Andersen ES
資金援助 デンマーク, 1件
OrganizationGrant number国
Novo Nordisk FoundationNNF21OC0070452 デンマーク
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2025
タイトル: Roles of dimeric intermediates in RNA-catalyzed rolling circle synthesis.
著者: Emil L Kristoffersen / Ewan K S McRae / Niels R Sørensen / Philipp Holliger / Ebbe S Andersen /
要旨: The RNA world hypothesis is supported by the discovery of RNA polymerase ribozymes that can perform RNA-catalyzed RNA replication processes on different RNA templates. Recently, RNA-catalyzed rolling ...The RNA world hypothesis is supported by the discovery of RNA polymerase ribozymes that can perform RNA-catalyzed RNA replication processes on different RNA templates. Recently, RNA-catalyzed rolling circle synthesis (RCS) on small circular RNA (scRNA) templates has been demonstrated. However, the structural and dynamic properties of scRNA replication and its products and intermediates have not been explored. Here, we have used cryogenic electron microscopy (cryo-EM) to characterize products and intermediates relevant for RCS replication. We find that these form an unexpectedly diverse group of RNA nanostructures. The main structural motif observed is a fully hybridized dimeric complex composed of two scRNAs and their complement strands resolved to 5.3 Å. Cryo-EM also reveals higher-order dimer filaments and dimer assembly intermediates, suggesting an assembly mechanism for the observed complexes. We show that the dimer complexes are stable and inhibit RNA-catalyzed RCS but can be reactivated by addition of more scRNA templates. We propose dimer formation as a general property of RCS replication and speculate that dimers might have benefited a primordial RNA genetic system by providing a stable ''storage'' form for RNA replication products and by coordinated RNA replication on both scRNA template strands.
履歴
登録2024年2月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月29日-
マップ公開2025年1月29日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19759.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19759.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 38.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Dimer map C2 symmetry
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.29 Å/pix.
x 216 pix.
= 279.504 Å		1.29 Å/pix.
x 216 pix.
= 279.504 Å		1.29 Å/pix.
x 216 pix.
= 279.504 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.294 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.22866164 - 0.58293086
平均 (標準偏差)0.00020265997 (±0.014107473)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ216216216
Spacing216216216
セルA=B=C: 279.504 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_19759_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_19759_half_map_2.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dimer composed of two small circular RNAs and two complimentary RNAs

全体名称: Dimer composed of two small circular RNAs and two complimentary RNAs
要素
  • 複合体: Dimer composed of two small circular RNAs and two complimentary RNAs
    • RNA: RNA (36-MER)
    • RNA: RNA (36-MER)

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超分子 #1: Dimer composed of two small circular RNAs and two complimentary RNAs

超分子名称: Dimer composed of two small circular RNAs and two complimentary RNAs
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Dimer prepared by annealing
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: RNA (36-MER)

分子名称: RNA (36-MER) / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 11.817235 KDa
配列文字列:
UGGAAGAAAU CGAAGAAGAU GAAGAACGCG AAGAAC

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分子 #2: RNA (36-MER)

分子名称: RNA (36-MER) / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 11.191466 KDa
配列文字列:
AUCUUCUUCG AUUUCUUCCA GUUCUUCGCG UUCUUC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッド材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 10 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 6820 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 116769
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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