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- EMDB-17461: Cytochrome bc1 complex (Bos taurus) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17461
タイトルCytochrome bc1 complex (Bos taurus)
マップデータModel-based sharpened map of cytochrome bc1 complex purified natively from bovine heart tissue.
試料
  • 複合体: Cytochrome bc1 complex (bos taurus)
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
  • リガンド: x 3種
キーワードElectron Transport Chain / Complex III / Respiratory Complex / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex III assembly / subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / Respiratory electron transport / pyramidal neuron development / thalamus development / Mitochondrial translation termination / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase ...Complex III assembly / subthalamus development / pons development / cerebellar Purkinje cell layer development / Respiratory electron transport / pyramidal neuron development / thalamus development / Mitochondrial translation termination / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / quinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / Mitochondrial protein degradation / hypothalamus development / midbrain development / ubiquinone binding / respiratory electron transport chain / hippocampus development / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial membrane / oxidoreductase activity / mitochondrial inner membrane / heme binding / protein-containing complex / mitochondrion / proteolysis / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily ...Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / : / Cytochrome b / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Phillips BP / Barra IMCC / Meier TK / Rimle L / von Ballmoos C
資金援助 スイス, 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation176154 スイス
Wellcome TrustWT110068/Z/15/Z 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: A splendid molecular factory: De- and reconstruction of the mammalian respiratory chain.
著者: Lukas Rimle / Ben P Phillips / Isabela M Codo Costa Barra / Noëlle Arnold / Charlie Hennebert / Thomas Meier / Christoph von Ballmoos /
要旨: Mitochondrial respiratory complexes I to IV and the FF-ATP synthase (complex V) are large protein assemblies producing the universal cellular energy currency adenosine triphosphate (ATP). Individual ...Mitochondrial respiratory complexes I to IV and the FF-ATP synthase (complex V) are large protein assemblies producing the universal cellular energy currency adenosine triphosphate (ATP). Individual complexes have been extensively studied in vitro, but functional co-reconstitution of several mammalian complexes into proteoliposomes, in particular, the combination of a primary pump with the ATP synthase, is less well understood. Here, we present a generic and scalable strategy to purify mammalian respiratory complexes I, III and the ATP synthase from enriched mitochondria in enzymatically fully active form, and procedures to reassemble the complexes into liposomes. A robust functionality can be shown by in situ monitoring of ATP synthesis rates and by using selected inhibitors of the respiratory chain complexes. By inclusion of cytochrome oxidase, our procedures allowed us to reconstruct the entire mitochondrial respiratory chain (complexes I, III, IV, and V) in ubiquinone Q containing liposomes, demonstrating oxidative phosphorylation by nicotinamide adenine dinucleotide hydrogen driven ATP synthesis. The system was fully coupled at all levels and was used to probe cardiolipin as an essential component to activate the mammalian respiratory chain. Structural characterization using electron cryomicroscopy allowed us to resolve apo-state complex III and complex V at high and medium resolution, respectively, using in silico particle sorting, confirming the presence of all protein subunits and cofactors in native stoichiometry and conformation. The reported findings will facilitate future endeavors to characterize or modulate these key bioenergetic processes.
履歴
登録2023年5月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月3日-
マップ公開2024年7月3日-
更新2025年4月30日-
現状2025年4月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17461.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17461.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Model-based sharpened map of cytochrome bc1 complex purified natively from bovine heart tissue.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.46 Å/pix.
x 300 pix.
= 438.6 Å		1.46 Å/pix.
x 300 pix.
= 438.6 Å		1.46 Å/pix.
x 300 pix.
= 438.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.462 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.5
最小 - 最大-22.986205999999999 - 44.526221999999997
平均 (標準偏差)0.000000000001944 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 438.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A of locally filtered bovine cytochrome...

ファイルemd_17461_half_map_1.map
注釈Half map A of locally filtered bovine cytochrome bc1 complex, produced in CryoSPARC.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B of locally filtered bovine cytochrome...

ファイルemd_17461_half_map_2.map
注釈Half map B of locally filtered bovine cytochrome bc1 complex, produced in CryoSPARC.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cytochrome bc1 complex (bos taurus)

全体名称: Cytochrome bc1 complex (bos taurus)
要素
  • 複合体: Cytochrome bc1 complex (bos taurus)
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 10
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
超分子 #1: Cytochrome bc1 complex (bos taurus)

超分子名称: Cytochrome bc1 complex (bos taurus) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11
詳細: Cytochrome bc1 complex purified natively from bovine heart tissue
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 486 KDa

+
分子 #1: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: Heart
分子量理論値: 49.266254 KDa
配列文字列: TATYAQALQS VPETQVSQLD NGLRVASEQS SQPTCTVGVW IDAGSRYESE KNNGAGYFVE HLAFKGTKNR PGNALEKEVE SMGAHLNAY STREHTAYYI KALSKDLPKA VELLADIVQN CSLEDSQIEK ERDVILQELQ ENDTSMRDVV FNYLHATAFQ G TPLAQSVE ...文字列:
TATYAQALQS VPETQVSQLD NGLRVASEQS SQPTCTVGVW IDAGSRYESE KNNGAGYFVE HLAFKGTKNR PGNALEKEVE SMGAHLNAY STREHTAYYI KALSKDLPKA VELLADIVQN CSLEDSQIEK ERDVILQELQ ENDTSMRDVV FNYLHATAFQ G TPLAQSVE GPSENVRKLS RADLTEYLSR HYKAPRMVLA AAGGLEHRQL LDLAQKHFSG LSGTYDEDAV PTLSPCRFTG SQ ICHREDG LPLAHVAIAV EGPGWAHPDN VALQVANAII GHYDCTYGGG AHLSSPLASI AATNKLCQSF QTFNICYADT GLL GAHFVC DHMSIDDMMF VLQGQWMRLC TSATESEVLR GKNLLRNALV SHLDGTTPVC EDIGRSLLTY GRRIPLAEWE SRIA EVDAR VVREVCSKYF YDQCPAVAGF GPIEQLPDYN RIRSGMFWLR F

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial

+
分子 #2: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: Heart
分子量理論値: 46.576453 KDa
配列文字列: SLKVAPKVKA TEAPAGVPPH PQDLEFTRLP NGLVIASLEN YAPASRIGLF IKAGSRYENS NNLGTSHLLR LASSLTTKGA SSFKITRGI EAVGGKLSVT STRENMAYTV ECLRDDVDIL MEFLLNVTTA PEFRRWEVAA LQPQLRIDKA VALQNPQAHV I ENLHAAAY ...文字列:
SLKVAPKVKA TEAPAGVPPH PQDLEFTRLP NGLVIASLEN YAPASRIGLF IKAGSRYENS NNLGTSHLLR LASSLTTKGA SSFKITRGI EAVGGKLSVT STRENMAYTV ECLRDDVDIL MEFLLNVTTA PEFRRWEVAA LQPQLRIDKA VALQNPQAHV I ENLHAAAY RNALANSLYC PDYRIGKVTP VELHDYVQNH FTSARMALIG LGVSHPVLKQ VAEQFLNIRG GLGLSGAKAK YH GGEIREQ NGDSLVHAAL VAESAAIGSA EANAFSVLQH VLGAGPHVKR GSNATSSLYQ AVAKGVHEPF DVSAFNASYS DSG LFGFYT ISQAASAGDV IKAAYNQVKT IAQGNLSNPD VQAAKNKLKA GYLMSVESSE GFLDEVGSQA LAAGSYTPPS TVLQ QIDAV ADADVINAAK KFVSGRKSMA ASGNLGHTPF IDEL

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

+
分子 #3: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: Heart
分子量理論値: 42.62034 KDa
配列文字列: MTNIRKSHPL MKIVNNAFID LPAPSNISSW WNFGSLLGIC LILQILTGLF LAMHYTSDTT TAFSSVTHIC RDVNYGWIIR YMHANGASM FFICLYMHVG RGLYYGSYTF LETWNIGVIL LLTVMATAFM GYVLPWGQMS FWGATVITNL LSAIPYIGTN L VEWIWGGF ...文字列:
MTNIRKSHPL MKIVNNAFID LPAPSNISSW WNFGSLLGIC LILQILTGLF LAMHYTSDTT TAFSSVTHIC RDVNYGWIIR YMHANGASM FFICLYMHVG RGLYYGSYTF LETWNIGVIL LLTVMATAFM GYVLPWGQMS FWGATVITNL LSAIPYIGTN L VEWIWGGF SVDKATLTRF FAFHFILPFI IMAIAMVHLL FLHETGSNNP TGISSDVDKI PFHPYYTIKD ILGALLLILA LM LLVLFAP DLLGDPDNYT PANPLNTPPH IKPEWYFLFA YAILRSIPNK LGGVLALAFS ILILALIPLL HTSKQRSMMF RPL SQCLFW ALVADLLTLT WIGGQPVEHP YITIGQLASV LYFLLILVLM PTAGTIENKL LKW

UniProtKB: Cytochrome b

+
分子 #4: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: Heart
分子量理論値: 27.323277 KDa
配列文字列: SDLELHPPSY PWSHRGLLSS LDHTSIRRGF QVYKQVCSSC HSMDYVAYRH LVGVCYTEDE AKALAEEVEV QDGPNEDGEM FMRPGKLSD YFPKPYPNPE AARAANNGAL PPDLSYIVRA RHGGEDYVFS LLTGYCEPPT GVSLREGLYF NPYFPGQAIG M APPIYNEV ...文字列:
SDLELHPPSY PWSHRGLLSS LDHTSIRRGF QVYKQVCSSC HSMDYVAYRH LVGVCYTEDE AKALAEEVEV QDGPNEDGEM FMRPGKLSD YFPKPYPNPE AARAANNGAL PPDLSYIVRA RHGGEDYVFS LLTGYCEPPT GVSLREGLYF NPYFPGQAIG M APPIYNEV LEFDDGTPAT MSQVAKDVCT FLRWAAEPEH DHRKRMGLKM LLMMGLLLPL VYAMKRHKWS VLKSRKLAYR PP K

UniProtKB: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

+
分子 #5: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: Heart
分子量理論値: 21.64058 KDa
配列文字列: SHTDIKVPDF SDYRRPEVLD STKSSKESSE ARKGFSYLVT ATTTVGVAYA AKNVVSQFVS SMSASADVLA MSKIEIKLSD IPEGKNMAF KWRGKPLFVR HRTKKEIDQE AAVEVSQLRD PQHDLERVKK PEWVILIGVC THLGCVPIAN AGDFGGYYCP C HGSHYDAS ...文字列:
SHTDIKVPDF SDYRRPEVLD STKSSKESSE ARKGFSYLVT ATTTVGVAYA AKNVVSQFVS SMSASADVLA MSKIEIKLSD IPEGKNMAF KWRGKPLFVR HRTKKEIDQE AAVEVSQLRD PQHDLERVKK PEWVILIGVC THLGCVPIAN AGDFGGYYCP C HGSHYDAS GRIRKGPAPL NLEVPSYEFT SDDMVIVG

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

+
分子 #6: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: Heart
分子量理論値: 13.502387 KDa
配列文字列:
MAGRPAVSAS SRWLEGIRKW YYNAAGFNKL GLMRDDTIHE NDDVKEAIRR LPENLYDDRV FRIKRALDLS MRQQILPKEQ WTKYEEDKS YLEPYLKEVI RERKEREEWA KK

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

+
分子 #7: Cytochrome b-c1 complex subunit 8

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 9.737223 KDa
配列文字列:
MGRQFGHLTR VRHVITYSLS PFEQRAFPHY FSKGIPNVLR RTRACILRVA PPFVAFYLVY TWGTQEFEKS KRKNPAAYEN DR

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 8

+
分子 #8: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 9.189116 KDa
配列文字列:
GDPKEEEEEE EELVDPLTTV REQCEQLEKC VKARERLELC DERVSSRSQT EEDCTEELLD FLHARDHCVA HKLFNSLK

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial

+
分子 #9: Cytochrome b-c1 complex subunit 9

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 5.497398 KDa
配列文字列:
MLSVAARSGP FAPVLSATSR GVAGALRPLV QAAVPATSES PVLDLKRSVL CRES

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

+
分子 #10: Cytochrome b-c1 complex subunit 9

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: Heart
分子量理論値: 7.469621 KDa
配列文字列:
MVAPTLTARL YSLLFRRTST FALTIVVGAL FFERAFDQGA DAIYEHINEG KLWKHIKHKY ENKE

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 9

+
分子 #11: Cytochrome b-c1 complex subunit 10

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ) / 組織: Heart
分子量理論値: 5.705664 KDa
配列文字列:
MLTRFLGPRY RQLARNWVPT ASLWGAVGAV GLVWATDWRL ILDWVPYIN

UniProtKB: Cytochrome b-c1 complex subunit 10

+
分子 #12: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #13: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 2 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #14: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: PELCO Ultrathin Carbon with Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 50 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot time of 4s with blot force of -3.
詳細Monodisperse sample was purified un-tagged from bovine heart tissue and reconstituted into peptidiscs before freezing.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
温度最低: 80.0 K / 最高: 90.5 K
アライメント法Coma free - Residual tilt: 10.0 mrad
特殊光学系位相板: OTHER / エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV / 詳細: Tuned using TFS Sherpa Software
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / 実像数: 3947 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.75 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.5 µm / 倍率（補正後）: 85000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.75 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 85000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 154469
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.0) / 詳細: FSC calculated in PDB server. / 使用した粒子像数: 140138
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.0) / 詳細: Non-uniform refinement in CryoSPARC v4.0.0
最終 3次元分類クラス数: 10 / 平均メンバー数/クラス: 20100 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6fo2


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 96.9
得られたモデル

PDB-8p65:
Cytochrome bc1 complex (Bos taurus)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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