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万見
- EMDB-16808: Human MUC5B amino acids 26-1435 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16808
タイトルHuman MUC5B amino acids 26-1435
マップデータ
試料
  • 複合体: MUC5B amino acids 26-1435
    • タンパク質・ペプチド: MUC5B
キーワードMucin (ムチン) / Filament / D assemblies / disulfide bonds (ジスルフィド) / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / Dectin-2 family / 細胞外マトリックス / Golgi lumen / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular space ...Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / Dectin-2 family / 細胞外マトリックス / Golgi lumen / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
WxxW domain / Mucin-2 protein WxxW repeating region / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / C-terminal cystine knot signature. ...WxxW domain / Mucin-2 protein WxxW repeating region / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / C-terminal cystine knot signature. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Khmelnitsky L / Javitt G / Elad N / Fass D
資金援助 イスラエル, 1件
OrganizationGrant number国
Israel Science Foundation2660/20 イスラエル
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Pulmonary Fibrosis Mutation impairs Mucin 5B Supramolecular Assembly
著者: Khmelnitsky L / Javitt G / Reznik N / Yeshaya N / Elad N / Anikster Y / Shalva N / Barel O / Pode-Shakked B / Greenberg LJ / Segel MJ / Fass D
履歴
登録2023年3月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月27日-
マップ公開2024年3月27日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16808.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16808.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 700 pix.
= 578.48 Å		0.83 Å/pix.
x 700 pix.
= 578.48 Å		0.83 Å/pix.
x 700 pix.
= 578.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8264 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.056
最小 - 最大-0.4877545 - 0.7096858
平均 (標準偏差)0.00017814223 (±0.014285275)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ700700700
Spacing700700700
セルA=B=C: 578.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16808_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16808_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MUC5B amino acids 26-1435

全体名称: MUC5B amino acids 26-1435
要素
  • 複合体: MUC5B amino acids 26-1435
    • タンパク質・ペプチド: MUC5B

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超分子 #1: MUC5B amino acids 26-1435

超分子名称: MUC5B amino acids 26-1435 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: MUC5B

分子名称: MUC5B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QGPVEPSWEN AGHTMDGGAP TSSPTRRVSF VPPVTVFPSL SPLNPAHNGR VCSTWGDFHY KTFDGDVFRF PGLCNYVFSE HCRAAYEDFN VQLRRGLVGS RPVVTRVVIK AQGLVLEASN GSVLINGQRE ELPYSRTGLL VEQSGDYIKV SIRLVLTFLW NGEDSALLEL ...文字列:
QGPVEPSWEN AGHTMDGGAP TSSPTRRVSF VPPVTVFPSL SPLNPAHNGR VCSTWGDFHY KTFDGDVFRF PGLCNYVFSE HCRAAYEDFN VQLRRGLVGS RPVVTRVVIK AQGLVLEASN GSVLINGQRE ELPYSRTGLL VEQSGDYIKV SIRLVLTFLW NGEDSALLEL DPKYANQTCG LCGDFNGLPA FNEFYAHNAR LTPLQFGNLQ KLDGPTEQCP DPLPLPAGNC TDEEGICHRT LLGPAFAECH ALVDSTAYLA ACAQDLCRCP TCPCATFVEY SRQCAHAGGQ PRNWRCPELC PRTCPLNMQH QECGSPCTDT CSNPQRAQLC EDHCVDGCFC PPGTVLDDIT HSGCLPLGQC PCTHGGRTYS PGTSFNTTCS SCTCSGGLWQ CQDLPCPGTC SVQGGAHIST YDEKLYDLHG DCSYVLSKKC ADSSFTVLAE LRKCGLTDNE NCLKAVTLSL DGGDTAIRVQ ADGGVFLNSI YTQLPLSAAN ITLFTPSSFF IVVQTGLGLQ LLVQLVPLMQ VFVRLDPAHQ GQMCGLCGNF NQNQADDFTA LSGVVEATGA AFANTWKAQA ACANARNSFE DPCSLSVENE NYARHWCSRL TDPNSAFSRC HSIINPKPFH SNCMFDTCNC ERSEDCLCAA LSSYVHACAA KGVQLSDWRD GVCTKYMQNC PKSQRYAYVV DACQPTCRGL SEADVTCSVS FVPVDGCTCP AGTFLNDAGA CVPAQECPCY AHGTVLAPGE VVHDEGAVCS CTGGKLSCLG ASLQKSTGCA APMVYLDCSN SSAGTPGAEC LRSCHTLDVG CFSTHCVSGC VCPPGLVSDG SGGCIAEEDC PCVHNEATYK PGETIRVDCN TCTCRNRRWE CSHRLCLGTC VAYGDGHFIT FDGDRYSFEG SCEYILAQDY CGDNTTHGTF RIVTENIPCG TTGTTCSKAI KLFVESYELI LQEGTFKAVA RGPGGDPPYK IRYMGIFLVI ETHGMAVSWD RKTSVFIRLH QDYKGRVCGL CGNFDDNAIN DFATRSRSVV GDALEFGNSW KLSPSCPDAL APKDPCTANP FRKSWAQKQC SILHGPTFAA CRSQVDSTKY YEACVNDACA CDSGGDCECF CTAVAAYAQA CHDAGLCVSW RTPDTCPLFC DFYNPHGGCE WHYQPCGAPC LKTCRNPSGH CLVDLPGLEG CYPKCPPSQP FFNEDQMKCV AQCGCYDKDG NYYDVGARVP TAENCQSCNC TPSGIQCAHS LEACTCTYED RTYSYQDVIY NTTDGLGACL IAICGSNGTI IRKAVACPGT PATTPFTFTT AWVPHSTTSP ALPVSTVCVR EVCRWSSWYN GHRPEPGLGG GDFETFENLR QRGYQVCPVL ADIECRAAQL PDMPLEELGQ QVDCDRMRGL MCANSQQSPP LCHDYELRVL CCEYVPCGPS HHHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.45 mg/mL
緩衝液pH: 5.2 / 構成要素 - 濃度: 100.0 mM / 構成要素 - 式: C6H13NO4S / 構成要素 - 名称: MES
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 48.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 88708

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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