EMDB-15280: RQT-bound 80S ribosome from S. cerevisiae (C1, raw consensus map RQT)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-15280

タイトル

RQT-bound 80S ribosome from S. cerevisiae (C1, raw consensus map RQT)

マップデータ

試料

複合体: ribosome with bound RQT components (Slh1, Cue3 and Rqt4)

キーワード

collision / splitting / RQC / RQT / RIBOSOME

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Best KM / Ikeuchi K / Kater L / Best DM / Musial J / Matsuo Y / Berninghausen O / Becker T / Inada T / Beckmann R

資金援助

European Union,

ドイツ, 3件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Clearing of ribosome collisions by the ribosome quality control trigger complex RQT
著者: Best KM / Ikeuchi K / Kater L / Best DM / Musial J / Matsuo Y / Berninghausen O / Becker T / Inada T / Beckmann R

履歴

登録	2022年6月28日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2023年7月12日	-
マップ公開	2023年7月12日	-
更新	2023年7月12日	-
現状	2023年7月12日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_15280.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_15280.map.gz	334.3 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-15280-v30.xml emd-15280.xml	12.3 KB 12.3 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_15280_fsc.xml	18.5 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_15280.png	85.3 KB
その他	emd_15280_half_map_1.map.gz emd_15280_half_map_2.map.gz	621.6 MB 621.7 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15280 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15280	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	14861 7zpq

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_15280.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 669.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.05 Å/pix. x 560 pix. = 585.2 Å	1.05 Å/pix. x 560 pix. = 585.2 Å	1.05 Å/pix. x 560 pix. = 585.2 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.045 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.3
最小 - 最大	-0.60644937 - 2.0646834
平均 (標準偏差)	0.00022162765 (±0.022993363)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_15280_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_15280_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : ribosome with bound RQT components (Slh1, Cue3 and Rqt4)

全体	名称: ribosome with bound RQT components (Slh1, Cue3 and Rqt4)
要素	複合体: ribosome with bound RQT components (Slh1, Cue3 and Rqt4)

-
超分子 #1: ribosome with bound RQT components (Slh1, Cue3 and Rqt4)

超分子	名称: ribosome with bound RQT components (Slh1, Cue3 and Rqt4) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)	生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.5
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 43.6 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 194186
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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