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- EMDB-15267: Complex of RecF-RecR-DNA from Thermus thermophilus. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15267
タイトルComplex of RecF-RecR-DNA from Thermus thermophilus.
マップデータSharpened Map
試料
  • 複合体: Complex of RecF-RecR-DNA from Thermus thermophilus.
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication and repair protein RecF
    • タンパク質・ペプチド: Recombination protein RecR
    • DNA: Oligo1
    • DNA: Oligo2
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードDNA binding protein / DNA Repair pathway / RecFOR pathway / Thermus thermophilus
機能・相同性
機能・相同性情報


SOS response / DNA synthesis involved in DNA repair / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA replication / DNA repair / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-binding, RecF / DNA-binding RecF, domain 2 / RecR, C-terminal / DNA recombination protein RecR / Recombination protein RecR, conserved site / Recombination protein RecR / RecR, TOPRIM domain / RecR, Cys4-zinc finger domain / RecR, helix-hairpin-helix / RecR protein signature. ...DNA-binding, RecF / DNA-binding RecF, domain 2 / RecR, C-terminal / DNA recombination protein RecR / Recombination protein RecR, conserved site / Recombination protein RecR / RecR, TOPRIM domain / RecR, Cys4-zinc finger domain / RecR, helix-hairpin-helix / RecR protein signature. / Toprim domain / TOPRIM / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Recombination protein RecR / DNA replication and repair protein RecF
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å
データ登録者Nirwal S / Czarnocki-Cieciura M / Chaudhary A / Zajko W / Skowronek K / Chamera S / Figiel M / Nowotny M
資金援助 ポーランド, 1件
OrganizationGrant number国
Polish National Science Centre2017/26/A/NZ1/01098 ポーランド
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Mechanism of RecF-RecO-RecR cooperation in bacterial homologous recombination.
著者: Shivlee Nirwal / Mariusz Czarnocki-Cieciura / Anuradha Chaudhary / Weronika Zajko / Krzysztof Skowronek / Sebastian Chamera / Małgorzata Figiel / Marcin Nowotny /
要旨: In bacteria, one type of homologous-recombination-based DNA-repair pathway involves RecFOR proteins that bind at the junction between single-stranded (ss) and double-stranded (ds) DNA. They ...In bacteria, one type of homologous-recombination-based DNA-repair pathway involves RecFOR proteins that bind at the junction between single-stranded (ss) and double-stranded (ds) DNA. They facilitate the replacement of SSB protein, which initially covers ssDNA, with RecA, which mediates the search for homologous sequences. However, the molecular mechanism of RecFOR cooperation remains largely unknown. We used Thermus thermophilus proteins to study this system. Here, we present a cryo-electron microscopy structure of the RecF-dsDNA complex, and another reconstruction that shows how RecF interacts with two different regions of the tetrameric RecR ring. Lower-resolution reconstructions of the RecR-RecO subcomplex and the RecFOR-DNA assembly explain how RecO is positioned to interact with ssDNA and SSB, which is proposed to lock the complex on a ssDNA-dsDNA junction. Our results integrate the biochemical data available for the RecFOR system and provide a framework for its complete understanding.
履歴
登録2022年6月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年4月26日-
マップ公開2023年4月26日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15267.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15267.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened Map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å		0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å		0.86 Å/pix.
x 400 pix.
= 344. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.35
最小 - 最大-0.5583377 - 1.4100634
平均 (標準偏差)0.0011550316 (±0.019808756)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 344.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15267_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Raw map

ファイルemd_15267_additional_1.map
注釈Raw map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15267_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15267_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of RecF-RecR-DNA from Thermus thermophilus.

全体名称: Complex of RecF-RecR-DNA from Thermus thermophilus.
要素
  • 複合体: Complex of RecF-RecR-DNA from Thermus thermophilus.
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication and repair protein RecF
    • タンパク質・ペプチド: Recombination protein RecR
    • DNA: Oligo1
    • DNA: Oligo2
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Complex of RecF-RecR-DNA from Thermus thermophilus.

超分子名称: Complex of RecF-RecR-DNA from Thermus thermophilus. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
分子量理論値: 180 KDa

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分子 #1: DNA replication and repair protein RecF

分子名称: DNA replication and repair protein RecF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: ATCC 27634 / DSM 579 / HB8
分子量理論値: 37.933715 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SMRLLLFRQR NFRNLALEAY RPPPGLSALV GANAQGKTSL LLGIHLALGG EVPLGLADLV RFGEEEAWLH AEVETELGAY RLEHRLGPG GREVLLNGKR VSLRTLWELP GSVLVSPLDL EAVLGPKEER RAYLDRLIAR FSRRYAALLS AYEKALRQRN A LLKAGGEG ...文字列:
SMRLLLFRQR NFRNLALEAY RPPPGLSALV GANAQGKTSL LLGIHLALGG EVPLGLADLV RFGEEEAWLH AEVETELGAY RLEHRLGPG GREVLLNGKR VSLRTLWELP GSVLVSPLDL EAVLGPKEER RAYLDRLIAR FSRRYAALLS AYEKALRQRN A LLKAGGEG LSAWDRELAR YGDEIVALRR RFLRRFAPIL REVHAALAAK EAGLRLEETA GEGVLRALEA SRAEERERGQ TL VGPHRDD LVFLLEGRPA HRFASRGEAK TLALALRLAE HRLLGEHHGE PPLLLVDEWG EELDEARRRA VLAYAQALPQ AIL AGLEAP PGVPVCSVVR GVVLCPGA

UniProtKB: DNA replication and repair protein RecF

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分子 #2: Recombination protein RecR

分子名称: Recombination protein RecR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: ATCC 27634 / DSM 579 / HB8
分子量理論値: 21.323467 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SMRYPESLLK LTRALSRLPG IGPKTAQRLA LHLAFHKEEA EALAEALEGI KRVRACRECG NLAEGELCPI CQDEDRDRSL LAVVESVAD LYALERSGEF RGLYHVLGGA LNPLEGIGPK ELNLEGLFRR LEGVEEVVLA TSMTVEGEAT ALYLAEELKK R GVRVTRPA ...文字列:
SMRYPESLLK LTRALSRLPG IGPKTAQRLA LHLAFHKEEA EALAEALEGI KRVRACRECG NLAEGELCPI CQDEDRDRSL LAVVESVAD LYALERSGEF RGLYHVLGGA LNPLEGIGPK ELNLEGLFRR LEGVEEVVLA TSMTVEGEAT ALYLAEELKK R GVRVTRPA YGLPVGGSLE YADEVTLGRA LEGRRPV

UniProtKB: Recombination protein RecR

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分子 #3: Oligo1

分子名称: Oligo1 / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 7.661912 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DT) (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC) (DC)(DG)(DC)(DG)(DC)

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分子 #4: Oligo2

分子名称: Oligo2 / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 12.395925 KDa
配列文字列:
(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DA)(DT)(DC)(DC) (DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DC) (DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT) (DT)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DG) (DA)

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分子 #5: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClSodium chloride
20.0 mMHEPESHEPES
10.0 mMMgCl2Magnesium chloride
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Sample fixed with 0.05% glutaraldehyde and concentrated prior to vitrification; exact concentration cannot be estimated accurately.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7217 / 平均電子線量: 41.71 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2381100
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab-initio reconstruction from cryoSPARC.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 318235
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8a93:
Complex of RecF-RecR-DNA from Thermus thermophilus.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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