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- EMDB-15042: Icosahedral reconstruction of bacteriophage phiCjT23 capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15042
タイトルIcosahedral reconstruction of bacteriophage phiCjT23 capsid
マップデータ
試料
  • ウイルス: unidentified (未定義)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein P5
    • タンパク質・ペプチド: Spike protein P13 N-terminal, capsid internal domain
    • タンパク質・ペプチド: Unknown vertex protein
生物種Flavobacterium phage (ファージ) / unidentified (未定義)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Kejzar N / Abrishami V / Selvaraj M / Huiskonen JT
資金援助1件
OrganizationGrant number国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of ssDNA bacteriophage ΦCjT23 provides insight into early virus evolution.
著者: Nejc Kejzar / Elina Laanto / Ilona Rissanen / Vahid Abrishami / Muniyandi Selvaraj / Sylvain Moineau / Janne Ravantti / Lotta-Riina Sundberg / Juha T Huiskonen /
要旨: The origin of viruses remains an open question. While lack of detectable sequence similarity hampers the analysis of distantly related viruses, structural biology investigations of conserved capsid ...The origin of viruses remains an open question. While lack of detectable sequence similarity hampers the analysis of distantly related viruses, structural biology investigations of conserved capsid protein structures facilitate the study of distant evolutionary relationships. Here we characterize the lipid-containing ssDNA temperate bacteriophage ΦCjT23, which infects Flavobacterium sp. (Bacteroidetes). We report ΦCjT23-like sequences in the genome of strains belonging to several Flavobacterium species. The virion structure determined by cryogenic electron microscopy reveals similarities to members of the viral kingdom Bamfordvirae that currently consists solely of dsDNA viruses with a major capsid protein composed of two upright β-sandwiches. The minimalistic structure of ΦCjT23 suggests that this phage serves as a model for the last common ancestor between ssDNA and dsDNA viruses in the Bamfordvirae. Both ΦCjT23 and the related phage FLiP infect Flavobacterium species found in several environments, suggesting that these types of viruses have a global distribution and a shared evolutionary origin. Detailed comparisons to related, more complex viruses not only expand our knowledge about this group of viruses but also provide a rare glimpse into early virus evolution.
履歴
登録2022年5月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月14日-
マップ公開2022年12月14日-
更新2022年12月14日-
現状2022年12月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15042.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15042.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.24 Å/pix.
x 800 pix.
= 992. Å		1.24 Å/pix.
x 800 pix.
= 992. Å		1.24 Å/pix.
x 800 pix.
= 992. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.24 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.049650475 - 0.08105916
平均 (標準偏差)2.0743064e-06 (±0.004523323)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ800800800
Spacing800800800
セルA=B=C: 992.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15042_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_15042_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_15042_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : unidentified

全体名称: unidentified (未定義)
要素
  • ウイルス: unidentified (未定義)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein P5
    • タンパク質・ペプチド: Spike protein P13 N-terminal, capsid internal domain
    • タンパク質・ペプチド: Unknown vertex protein

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超分子 #1: unidentified

超分子名称: unidentified / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 32644 / 生物種: unidentified / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Flavobacterium johnsoniae UW101 (バクテリア)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 600.0 Å / T番号(三角分割数): 21

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分子 #1: Major capsid protein P5

分子名称: Major capsid protein P5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium phage (ファージ)
分子量理論値: 26.180783 KDa
配列文字列: MKIATITGVT KSPELQVTKA IGALILSSDV ALSALTTEKI SIYIERGNGS NVILANKVLL KDFILASTYG TENTQSDADN AMIALCELA DEGSIYLADK ESIKITLEDL ISDKRYDLHG IEEPQQTNNL FFFEQKSVAS EEFNKKIDVQ GFDLAIMTVD D SVSDLSYQ ...文字列:
MKIATITGVT KSPELQVTKA IGALILSSDV ALSALTTEKI SIYIERGNGS NVILANKVLL KDFILASTYG TENTQSDADN AMIALCELA DEGSIYLADK ESIKITLEDL ISDKRYDLHG IEEPQQTNNL FFFEQKSVAS EEFNKKIDVQ GFDLAIMTVD D SVSDLSYQ YSNGQVVKYL PFELQTLSRD IDPIQAVLSD GKVVQGLTDR LTLPLVAVVG IEINKSQGSI INFVVRCLKT V

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分子 #2: Spike protein P13 N-terminal, capsid internal domain

分子名称: Spike protein P13 N-terminal, capsid internal domain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Flavobacterium phage (ファージ)
分子量理論値: 10.438764 KDa
配列文字列:
MNFIQYIDDS YAVKVKEINS SEGFYINGIQ TPFFILSVFI GNKRVTGVEF NNYDSLPMLS VINDLGNIDL NVIPQNYFAT AFTEIYFNI PF

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分子 #3: Unknown vertex protein

分子名称: Unknown vertex protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
分子量理論値: 443.539 Da
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI ARCTICA
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 15.0 e/Å2
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3771

初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 6501
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7zzz:
Bacteriophage phiCjT23 capsid

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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