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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14866 | |||||||||||||||
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タイトル | VelcroVax tandem HBcAg with SUMO-Affimer inserted at MIR (T=4 VLP) | |||||||||||||||
マップデータ | Density map filtered by local resolution. | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | VelcroVax / Hepatitis B virus / Hepatitis B core antigen / Affimer / Vaccine / Recombinant / VLP / Antigen display / VIRUS LIKE PARTICLE | |||||||||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Kingston NJ / Grehan K / Snowden JS / Alzahrani J / Ranson NA / Rowlands DJ / Stonehouse NJ | |||||||||||||||
資金援助 | 英国, 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: mSphere / 年: 2023 タイトル: VelcroVax: a "Bolt-On" Vaccine Platform for Glycoprotein Display. 著者: Natalie J Kingston / Keith Grehan / Joseph S Snowden / Mark Hassall / Jehad Alzahrani / Guido C Paesen / Lee Sherry / Connor Hayward / Amy Roe / Sam Stephen / Darren Tomlinson / Antra Zeltina ...著者: Natalie J Kingston / Keith Grehan / Joseph S Snowden / Mark Hassall / Jehad Alzahrani / Guido C Paesen / Lee Sherry / Connor Hayward / Amy Roe / Sam Stephen / Darren Tomlinson / Antra Zeltina / Katie J Doores / Neil A Ranson / Martin Stacey / Mark Page / Nicola J Rose / Thomas A Bowden / David J Rowlands / Nicola J Stonehouse / 要旨: Having varied approaches to the design and manufacture of vaccines is critical in being able to respond to worldwide needs and newly emerging pathogens. Virus-like particles (VLPs) form the basis of ...Having varied approaches to the design and manufacture of vaccines is critical in being able to respond to worldwide needs and newly emerging pathogens. Virus-like particles (VLPs) form the basis of two of the most successful licensed vaccines (against hepatitis B virus [HBV] and human papillomavirus). They are produced by recombinant expression of viral structural proteins, which assemble into immunogenic nanoparticles. VLPs can be modified to present unrelated antigens, and here we describe a universal "bolt-on" platform (termed VelcroVax) where the capturing VLP and the target antigen are produced separately. We utilize a modified HBV core (HBcAg) VLP with surface expression of a high-affinity binding sequence (Affimer) directed against a SUMO tag and use this to capture SUMO-tagged gp1 glycoprotein from the arenavirus Junín virus (JUNV). Using this model system, we have solved the first high-resolution structures of VelcroVax VLPs and shown that the VelcroVax-JUNV gp1 complex induces superior humoral immune responses compared to the noncomplexed viral protein. We propose that this system could be modified to present a range of antigens and therefore form the foundation of future rapid-response vaccination strategies. The hepatitis B core protein (HBc) forms noninfectious virus-like particles, which can be modified to present a capturing molecule, allowing suitably tagged antigens to be bound on their surface. This system can be adapted and provides the foundation for a universal "bolt-on" vaccine platform (termed VelcroVax) that can be easily and rapidly modified to generate nanoparticle vaccine candidates. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14866.map.gz | 209.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14866-v30.xml emd-14866.xml | 22.1 KB 22.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_14866_fsc.xml | 16.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_14866.png | 186.8 KB | ||
マスクデータ | emd_14866_msk_1.map | 371.3 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-14866.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_14866_additional_1.map.gz emd_14866_additional_2.map.gz emd_14866_additional_3.map.gz emd_14866_half_map_1.map.gz emd_14866_half_map_2.map.gz | 291.4 MB 340.1 MB 67.1 MB 292.9 MB 292.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14866 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14866 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14866_validation.pdf.gz | 937.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_14866_full_validation.pdf.gz | 937.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14866_validation.xml.gz | 23.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14866_validation.cif.gz | 31.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14866 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14866 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14866.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 371.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Density map filtered by local resolution. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.065 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_14866_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened density map derived from 3D refinement.
ファイル | emd_14866_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened density map derived from 3D refinement. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened density map.
ファイル | emd_14866_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened density map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened density map with mask applied to remove solvent.
ファイル | emd_14866_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened density map with mask applied to remove solvent. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1.
ファイル | emd_14866_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2.
ファイル | emd_14866_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : T=4 virus-like particle for VelcroVax tandem HBcAg with SUMO-Affi...
全体 | 名称: T=4 virus-like particle for VelcroVax tandem HBcAg with SUMO-Affimer inserted at MIR |
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要素 |
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-超分子 #1: T=4 virus-like particle for VelcroVax tandem HBcAg with SUMO-Affi...
超分子 | 名称: T=4 virus-like particle for VelcroVax tandem HBcAg with SUMO-Affimer inserted at MIR タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-分子 #1: VelcroVax tandem HBcAg with SUMO-Affimer inserted at MIR
分子 | 名称: VelcroVax tandem HBcAg with SUMO-Affimer inserted at MIR タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 52.79277 KDa |
組換発現 | 生物種: Komagataella phaffii (菌類) |
配列 | 文字列: MDIDPYKEFG ATVELLSFLP SDFFPSVRDL LDTASALYRE ALESPEHCSP HHTALRQAIL CWGELMTLAT WVGNNLEGSM ASAATGVRA VPGNENSLEI EELARFAVDE HNKKENALLE FVRVVKAKEQ IIIHENDADT MYYLTLEAKD GGKKKLYEAK V WVKGIMDG ...文字列: MDIDPYKEFG ATVELLSFLP SDFFPSVRDL LDTASALYRE ALESPEHCSP HHTALRQAIL CWGELMTLAT WVGNNLEGSM ASAATGVRA VPGNENSLEI EELARFAVDE HNKKENALLE FVRVVKAKEQ IIIHENDADT MYYLTLEAKD GGKKKLYEAK V WVKGIMDG LNKYNFKELQ EFKPVGDAGG RDPASRDLVV NYVNTNMGLK IRQLLWFHIS CLTFGRETVL EYLVSFGVWI RT PPAYRPP NAPILSTLPE TTVVGGSSGG SGGSGGSGGS GGSGGSTMDI DPYKEFGATV ELLSFLPSDF FPSVRDLLDT ASA LYREAL ESPEHCSPHH TALRQAILCW GELMTLATWV GNNLEFAGAS DPASRDLVVN YVNTNMGLKI RQLLWFHISC LTFG RETVL EYLVSFGVWI RTPPAYRPPN APILSTLPET TVVRRRDRGR SPRRRTPSPR RRRSQSPRRR RSQSRESQC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 60.1 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |