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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gmk | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the Catalytic Step I spliceosome (C complex) at 3.4 angstrom resolution | |||||||||
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![]() | RNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA splicing / Spliceosome / Catalytic Step I / Intron lariat / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() post-spliceosomal complex / mRNA branch site recognition / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / cellular bud site selection / post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / splicing factor binding / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U4/U6 snRNP ...post-spliceosomal complex / mRNA branch site recognition / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / cellular bud site selection / post-mRNA release spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / splicing factor binding / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / pICln-Sm protein complex / U2-type catalytic step 1 spliceosome / pre-mRNA binding / snRNP binding / small nuclear ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / U2-type spliceosomal complex / commitment complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / U2 snRNP / poly(U) RNA binding / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / precatalytic spliceosome / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / spliceosomal complex assembly / mRNA 5'-splice site recognition / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA 3'-splice site recognition / DNA replication origin binding / Dual incision in TC-NER / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / Prp19 complex / protein K63-linked ubiquitination / U5 snRNA binding / DNA replication initiation / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / positive regulation of cell cycle / catalytic step 2 spliceosome / nuclear periphery / RNA splicing / positive regulation of RNA splicing / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / RING-type E3 ubiquitin transferase / metallopeptidase activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / DNA repair / GTPase activity / mRNA binding / chromatin binding / chromatin / GTP binding / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
![]() | Wan, R. / Yan, C. / Bai, R. / Huang, G. / Shi, Y. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a yeast catalytic step I spliceosome at 3.4 Å resolution. 著者: Ruixue Wan / Chuangye Yan / Rui Bai / Gaoxingyu Huang / Yigong Shi / ![]() 要旨: Each cycle of pre-messenger RNA splicing, carried out by the spliceosome, comprises two sequential transesterification reactions, which result in the removal of an intron and the joining of two exons. ...Each cycle of pre-messenger RNA splicing, carried out by the spliceosome, comprises two sequential transesterification reactions, which result in the removal of an intron and the joining of two exons. Here we report an atomic structure of a catalytic step I spliceosome (known as the C complex) from Saccharomyces cerevisiae, as determined by cryo-electron microscopy at an average resolution of 3.4 angstroms. In the structure, the 2'-OH of the invariant adenine nucleotide in the branch point sequence (BPS) is covalently joined to the phosphate at the 5' end of the 5' splice site (5'SS), forming an intron lariat. The freed 5' exon remains anchored to loop I of U5 small nuclear RNA (snRNA), and the 5'SS and BPS of the intron form duplexes with conserved U6 and U2 snRNA sequences, respectively. Specific placement of these RNA elements at the catalytic cavity of Prp8 is stabilized by 15 protein components, including Snu114 and the splicing factors Cwc21, Cwc22, Cwc25, and Yju2. These features, representing the conformation of the spliceosome after the first-step reaction, predict structural changes that are needed for the execution of the second-step transesterification reaction. | |||||||||
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その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | ![]() |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-Pre-mRNA-splicing factor ... , 16種, 16分子 ACJOQRSTZcdGHIvt
#1: タンパク質 | 分子量: 279867.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: P33334 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 114174.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: P36048 |
#9: タンパク質 | 分子量: 15793.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: Q03375 |
#10: タンパク質 | 分子量: 50771.289 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: Q12417 |
#12: タンパク質 | 分子量: 40988.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: P38241 |
#13: タンパク質 | 分子量: 38486.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: Q12046 |
#14: タンパク質 | 分子量: 19975.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03772 |
#15: タンパク質 | 分子量: 18484.502 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25337 |
#16: タンパク質 | 分子量: 67386.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: P53333 |
#17: タンパク質 | 分子量: 61057.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: Q03654 |
#18: タンパク質 | 分子量: 68044.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: Q12309 |
#20: タンパク質 | 分子量: 20412.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: P53854 |
#21: タンパク質 | 分子量: 28073.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: P21374 |
#22: タンパク質 | 分子量: 24850.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: P53277 |
#23: タンパク質 | 分子量: 78125.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: Q04048 |
#26: タンパク質 | 分子量: 20741.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: Q06091 |
-RNA鎖 , 6種, 6分子 DELMBN
#3: RNA鎖 | 分子量: 68643.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#4: RNA鎖 | 分子量: 35883.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
#5: RNA鎖 | 分子量: 376267.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
#6: RNA鎖 | 分子量: 9161.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
#7: RNA鎖 | 分子量: 4112.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
#8: RNA鎖 | 分子量: 4694.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() |
-タンパク質 , 3種, 4分子 PFks
#11: タンパク質 | 分子量: 42548.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: P28004 |
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#19: タンパク質 | 分子量: 32371.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P28320 |
#27: タンパク質 | 分子量: 22426.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: P40018 |
-Pre-mRNA-processing factor ... , 2種, 5分子 nopqr
#24: タンパク質 | 分子量: 52128.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: P40968 |
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#25: タンパク質 | 分子量: 56629.777 Da / 分子数: 4 / Mutation: Q315S, I317E / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c 参照: UniProt: P32523, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ(ペプチド合成) |
-Small nuclear ribonucleoprotein ... , 6種, 12分子 iuhwjxlymzge
#28: タンパク質 | 分子量: 10385.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: Q12330 #29: タンパク質 | 分子量: 9669.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: P54999 #30: タンパク質 | 分子量: 8490.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: P40204 #31: タンパク質 | 分子量: 11240.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: P43321 #32: タンパク質 | 分子量: 16296.798 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: Q02260 #33: タンパク質 | 分子量: 12876.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: Q06217 |
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-U2 small nuclear ribonucleoprotein ... , 2種, 2分子 ab
#34: タンパク質 | 分子量: 12850.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: P40567 |
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#35: タンパク質 | 分子量: 27232.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) ![]() ![]() 株: S288c / 参照: UniProt: Q08963 |
-非ポリマー , 3種, 14分子 




#36: 化合物 | ChemComp-GTP / | ||
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#37: 化合物 | ChemComp-MG / #38: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-詳細
配列の詳細 | EACH SEQUENCE OF THE c(LOWER-CASE)/d(lower-case)/v(lower-case) CHAINS CORRESPONDS TO EACH UNP ...EACH SEQUENCE OF THE c(LOWER-CASE)/d(lower-case)/v(lower-case) CHAINS CORRESPOND |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: Spliceosomal C Complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#35 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
緩衝液 | pH: 8 詳細: The CEB buffer (10 mM Tris-HCl, pH 8.0, 75 mM NaCl, 1 mM Mg(OAc)2, 1 mM imidazole, 0.01% NP40, 1 mM TCEP, 0.5 mM EGTA) |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 4.7 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
画像スキャン | Scanner model: OTHER |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 161066 / 対称性のタイプ: POINT |
精密化 | 最高解像度: 3.4 Å |