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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-8182 | |||||||||
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タイトル | Broadly neutralizing antibody PGDM21 in complex with BG505 SOSIP.664 Env trimer | |||||||||
マップデータ | Broadly neutralizing antibody PGDM21 in complex with BG505 SOSIP.664 Env trimer | |||||||||
試料 |
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生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Lee JH / Ward AB | |||||||||
引用 | ジャーナル: Immunity / 年: 2016 タイトル: A Prominent Site of Antibody Vulnerability on HIV Envelope Incorporates a Motif Associated with CCR5 Binding and Its Camouflaging Glycans. 著者: Devin Sok / Matthias Pauthner / Bryan Briney / Jeong Hyun Lee / Karen L Saye-Francisco / Jessica Hsueh / Alejandra Ramos / Khoa M Le / Meaghan Jones / Joseph G Jardine / Raiza Bastidas / ...著者: Devin Sok / Matthias Pauthner / Bryan Briney / Jeong Hyun Lee / Karen L Saye-Francisco / Jessica Hsueh / Alejandra Ramos / Khoa M Le / Meaghan Jones / Joseph G Jardine / Raiza Bastidas / Anita Sarkar / Chi-Hui Liang / Sachin S Shivatare / Chung-Yi Wu / William R Schief / Chi-Huey Wong / Ian A Wilson / Andrew B Ward / Jiang Zhu / Pascal Poignard / Dennis R Burton / 要旨: The dense patch of high-mannose-type glycans surrounding the N332 glycan on the HIV envelope glycoprotein (Env) is targeted by multiple broadly neutralizing antibodies (bnAbs). This region is ...The dense patch of high-mannose-type glycans surrounding the N332 glycan on the HIV envelope glycoprotein (Env) is targeted by multiple broadly neutralizing antibodies (bnAbs). This region is relatively conserved, implying functional importance, the origins of which are not well understood. Here we describe the isolation of new bnAbs targeting this region. Examination of these and previously described antibodies to Env revealed that four different bnAb families targeted the (324)GDIR(327) peptide stretch at the base of the gp120 V3 loop and its nearby glycans. We found that this peptide stretch constitutes part of the CCR5 co-receptor binding site, with the high-mannose patch glycans serving to camouflage it from most antibodies. GDIR-glycan bnAbs, in contrast, bound both (324)GDIR(327) peptide residues and high-mannose patch glycans, which enabled broad reactivity against diverse HIV isolates. Thus, as for the CD4 binding site, bnAb effectiveness relies on circumventing the defenses of a critical functional region on Env. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_8182.map.gz | 13.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-8182-v30.xml emd-8182.xml | 15.2 KB 15.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_8182.png | 32.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8182 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-8182 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_8182.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Broadly neutralizing antibody PGDM21 in complex with BG505 SOSIP.664 Env trimer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : BG505 SOSIP.664 trimer in complex with PGDM21 Fab
全体 | 名称: BG505 SOSIP.664 trimer in complex with PGDM21 Fab |
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要素 |
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-超分子 #1: BG505 SOSIP.664 trimer in complex with PGDM21 Fab
超分子 | 名称: BG505 SOSIP.664 trimer in complex with PGDM21 Fab / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: BG505 |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F / 組換プラスミド: pPPI4 |
-分子 #1: BG505 SOSIP.664 Trimer
分子 | 名称: BG505 SOSIP.664 Trimer / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: This soluble Env sequence is derived from HIV-1 isolate BG505. It contains mutations to generate the N332 N-linked glycosylation site (T332N) and has stabilizing mutations A501C, I559P, and ...詳細: This soluble Env sequence is derived from HIV-1 isolate BG505. It contains mutations to generate the N332 N-linked glycosylation site (T332N) and has stabilizing mutations A501C, I559P, and T605C. The construct is truncated at residue 664 of GP41. 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: BG505 |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKH NVW ATHACVPTDP NPQEIHLENV TEEFNMWKNN MVEQMHTDII SLWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNN I TDDMRGELKN CSFNMTTELR DKKQKVYSLF YRLDVVQINE NQGNRSNNSN KEYRLINCNT ...文字列: AENLWVTVYY GVPVWKDAET TLFCASDAKA YETEKH NVW ATHACVPTDP NPQEIHLENV TEEFNMWKNN MVEQMHTDII SLWDQSLKPC VKLTPLCVTL QCTNVTNN I TDDMRGELKN CSFNMTTELR DKKQKVYSLF YRLDVVQINE NQGNRSNNSN KEYRLINCNT SAITQACPKV SFEPIPIHYC APAGFAILKC KDKKFNGTGP CPSVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEE EVMIRSENIT NNAKNILVQF NTPVQINCTR PNNNTRKSIR IGPGQAFYAT GDIIGDIRQA HCNVSKATWN ETLGKVVKQL RKHFGNNTII RFANSSGGDL EVTTHSFNCG GEFFYCNTSG LFNSTWISNT SVQGSNSTGS NDSITLPCRI KQIINMWQRI GQAMYAPPIQ GVIRCVSNIT GLILTRDGGS TNSTTETFRP GGGDMRDNWR SELYKYKVVK IEPLGVAPTR CKRRVVGRRR RRRAVGIGAV FLGFLGAAGS TMGAASMTLT VQARNLLSGI VQQQSNLLRA PEAQQHLLKL TVWGIKQLQA RVLAVERYLR DQQLLGIWGC SGKLICCTNV PWNSSWSNRN LSEIWDNMTW LQWDKEISNY TQIIYGLLEE SQNQQEKNEQ DLLALD |
-分子 #2: Heavy chain Fab of broadly neutralizing antibody PGDM21
分子 | 名称: Heavy chain Fab of broadly neutralizing antibody PGDM21 タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EVQLVEWGAR LVKPSETLSL TCGVSGGTLE AYFWTWLRQS PGRE LEWLG EVRFFDYGGT TTNVNPSFKS RFSASLDASK GHISLRLTSV TAADTAVYYC ARR TFWKSD YTGYYHFHMD VWSNGTSVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPV ...文字列: EVQLVEWGAR LVKPSETLSL TCGVSGGTLE AYFWTWLRQS PGRE LEWLG EVRFFDYGGT TTNVNPSFKS RFSASLDASK GHISLRLTSV TAADTAVYYC ARR TFWKSD YTGYYHFHMD VWSNGTSVTV SSASTKGPSV FPLAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPV TVSWNSGALT SGVHTFPAVL QSSGLYSLSS VVTVPSSSLG TQTYICNVNH KPSNTKVDKK VEPKSCD |
-分子 #3: Light chain of broadly neutralizing antibody PGDM21
分子 | 名称: Light chain of broadly neutralizing antibody PGDM21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: EIVLTQSPVS LSVSPGERAT LSCKTSQSLD NKHVAWYQRK PGLAPRLLIY GVSDRATGIP DRFSGSGSGT NFSLTIGRVE PEDLAVYVCQ QYSVSLITFG QGTRLDLKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS QESVTEQDS ...文字列: EIVLTQSPVS LSVSPGERAT LSCKTSQSLD NKHVAWYQRK PGLAPRLLIY GVSDRATGIP DRFSGSGSGT NFSLTIGRVE PEDLAVYVCQ QYSVSLITFG QGTRLDLKRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF YPREAKVQWK VDNALQSGNS QESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.03 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: 2% uranyl formate | |||||||||
グリッド | 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 12 |
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電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 倍率(補正後): 52000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.7 µm / 倍率(公称値): 52000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最高: 298.0 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 166 / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: Common lines model generated from reference-free 2D class averages |
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初期 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: SPARX / ソフトウェア - 詳細: sxali3d.py |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPARX / ソフトウェア - 詳細: sxali3d.py / 使用した粒子像数: 4378 |