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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6203 | |||||||||
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タイトル | Electron cryo-microscopy of an RNA polymerase | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of ter | |||||||||
試料 |
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キーワード | Influenza RdRP / single particle reconstitution / replication (DNA複製) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / キャップスナッチング / viral transcription / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding ...symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / キャップスナッチング / viral transcription / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Chang S / Sun DP / Liang H / Wang J / Li J / Guo L / Wang X / Guan C / Boruah BM / Yuan L ...Chang S / Sun DP / Liang H / Wang J / Li J / Guo L / Wang X / Guan C / Boruah BM / Yuan L / Feng F / Yang M / Wojdyla J / Wang M / Wang HW / Liu Y | |||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2015 タイトル: Cryo-EM structure of influenza virus RNA polymerase complex at 4.3 Å resolution. 著者: Shenghai Chang / Dapeng Sun / Huanhuan Liang / Jia Wang / Jun Li / Lu Guo / Xiangli Wang / Chengcheng Guan / Bhargavi M Boruah / Lingmin Yuan / Feng Feng / Mingrui Yang / Lulan Wang / Yao ...著者: Shenghai Chang / Dapeng Sun / Huanhuan Liang / Jia Wang / Jun Li / Lu Guo / Xiangli Wang / Chengcheng Guan / Bhargavi M Boruah / Lingmin Yuan / Feng Feng / Mingrui Yang / Lulan Wang / Yao Wang / Justyna Wojdyla / Lanjuan Li / Jiawei Wang / Meitian Wang / Genhong Cheng / Hong-Wei Wang / Yingfang Liu / 要旨: Replication and transcription of influenza virus genome mainly depend on its RNA-dependent RNA polymerase (RdRP), composed of the PA, PB1, and PB2 subunits. Although extensively studied, the ...Replication and transcription of influenza virus genome mainly depend on its RNA-dependent RNA polymerase (RdRP), composed of the PA, PB1, and PB2 subunits. Although extensively studied, the underlying mechanism of the RdRP complex is still unclear. Here we report the biochemical characterization of influenza RdRP subcomplex comprising PA, PB1, and N terminus of PB2, which exist as dimer in solution and can assemble into a tetramer state, regulated by vRNA promoter. Using single-particle cryo-electron microscopy, we have reconstructed the RdRP tetramer complex at 4.3 Å, highlighting the assembly and interfaces between monomers within the tetrameric structure. The individual RdRP subcomplex contains all the characterized motifs and appears as a cage-like structure. High-throughput mutagenesis profiling revealed that residues involved in the oligomer state formation are critical for viral life cycle. Our results lay a solid base for understanding the mechanism of replication of influenza and other negative-stranded RNA viruses. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6203.map.gz | 7.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6203-v30.xml emd-6203.xml | 10 KB 10 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_6203.gif 80_6203.gif | 39.8 KB 3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6203 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6203 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6203.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of ter | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : tetrameric Influenza Virus RNA Polymerase
全体 | 名称: tetrameric Influenza Virus RNA Polymerase |
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要素 |
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-超分子 #1000: tetrameric Influenza Virus RNA Polymerase
超分子 | 名称: tetrameric Influenza Virus RNA Polymerase / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-分子 #1: Influenza Virus RNA Polymerase Complex
分子 | 名称: Influenza Virus RNA Polymerase Complex / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 集合状態: tetramer / 組換発現: Yes / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.8 / 詳細: 25 mM HEPES 200 mM NaCl and 1 mM EDTA |
グリッド | 詳細: Quantifoil Cu R2/1 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 手法: The grids were blotted for 6.5 s with 100% humidity and flash frozen in liquid ethane cooled at liquid nitrogen temperature using an FEI Vitrobot. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
日付 | 2014年10月2日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 (4k x 4k) / 平均電子線量: 50 e/Å2 詳細: Each image was fractionated into 32 sub-frames, with 0.25 s exposure time per frame. All dose-fractionated cryo-EM images were recorded using a semi-automated low-dose acquisition program UCSF-Image4 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, RELION / 使用した粒子像数: 67066 |
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-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: chimera |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |