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万見
- EMDB-1255: Structure of a hexameric RNA packaging motor in a viral polymeras... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1255
タイトルStructure of a hexameric RNA packaging motor in a viral polymerase complex.
マップデータBacteriophage phi8 hexameric packaging motor P4 reconstructed within the viral cores (icosahedral contribution of the core subtracted in the images), applying C6 symmetry
試料
  • 試料: Bacteriophage phi8 core
  • ウイルス: Pseudomonas phage phi8 (ファージ)
生物種Pseudomonas phage phi8 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.0 Å
データ登録者Huiskonen JT / Jaalinoja HT / Briggs JAG
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2007
タイトル: Structure of a hexameric RNA packaging motor in a viral polymerase complex.
著者: Juha T Huiskonen / Harri T Jäälinoja / John A G Briggs / Stephen D Fuller / Sarah J Butcher /
要旨: Packaging of the Cystovirus varphi8 genome into the polymerase complex is catalysed by the hexameric P4 packaging motor. The motor is located at the fivefold vertices of the icosahedrally symmetric ...Packaging of the Cystovirus varphi8 genome into the polymerase complex is catalysed by the hexameric P4 packaging motor. The motor is located at the fivefold vertices of the icosahedrally symmetric polymerase complex, and the symmetry mismatch between them may be critical for function. We have developed a novel image-processing approach for the analysis of symmetry-mismatched structures and applied it to cryo-electron microscopy images of P4 bound to the polymerase complex. This approach allowed us to solve the three-dimensional structure of the P4 in situ to 15-A resolution. The C-terminal face of P4 was observed to interact with the polymerase complex, supporting the current view on RNA translocation. We suggest that the symmetry mismatch between the two components may facilitate the ring opening required for RNA loading prior to its translocation.
履歴
登録2006年8月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2006年8月11日-
マップ公開2007年5月11日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.332550512
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.332550512
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1255.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1255.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Bacteriophage phi8 hexameric packaging motor P4 reconstructed within the viral cores (icosahedral contribution of the core subtracted in the images), applying C6 symmetry
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度
表面レベル1: 2.0 / ムービー #1: 3.3325505
最小 - 最大-8.63598 - 12.162599999999999
平均 (標準偏差)-0.0000000112738 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-50-50-50
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 280 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z280.000280.000280.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-60-60-60
NX/NY/NZ120120120
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-50-50-50
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-8.63612.163-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacteriophage phi8 core

全体名称: Bacteriophage phi8 core
要素
  • 試料: Bacteriophage phi8 core
  • ウイルス: Pseudomonas phage phi8 (ファージ)

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超分子 #1000: Bacteriophage phi8 core

超分子名称: Bacteriophage phi8 core / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1
分子量理論値: 33 MDa

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超分子 #1: Pseudomonas phage phi8

超分子名称: Pseudomonas phage phi8 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Bacteriophage phi8 / NCBI-ID: 120086 / 生物種: Pseudomonas phage phi8 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Bacteriophage phi8
宿主生物種: Pseudomonas syringae pv. phaseolicola (バクテリア)
別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
分子量実験値: 33 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
詳細: 10 mM potassium phosphate pH 7.5, 1 mM MgCl2, 50 mM NaCl
グリッド詳細: 200 mesh holey carbon coated copper grid
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.3 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.7 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: OTHER
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 66 / ビット/ピクセル: 12
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle, phases flipped
最終 2次元分類クラス数: 352
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C6 (6回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 3 SIGMA CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Imagic5

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1w4c

ソフトウェア名称: colores
詳細Protocol: rigid body
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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