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万見
- PDB-9avl: Structure of human calcium-sensing receptor in complex with Gi3 p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9avl
タイトルStructure of human calcium-sensing receptor in complex with Gi3 protein in nanodiscs
要素
  • (Guanine nucleotide-binding protein ...) x 3
  • Isoform 1 of Extracellular calcium-sensing receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / Calcium-sensing receptor (カルシウム感知受容体) / G-protein-coupled receptor (Gタンパク質共役受容体) / G protein (Gタンパク質) / signal transduction (シグナル伝達)
機能・相同性
機能・相同性情報


bile acid secretion / chemosensory behavior / cellular response to peptide / response to fibroblast growth factor / cellular response to vitamin D / phosphatidylinositol phospholipase C activity / negative regulation of adenylate cyclase activity / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / regulation of potassium ion transmembrane transport / calcium ion import ...bile acid secretion / chemosensory behavior / cellular response to peptide / response to fibroblast growth factor / cellular response to vitamin D / phosphatidylinositol phospholipase C activity / negative regulation of adenylate cyclase activity / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / regulation of potassium ion transmembrane transport / calcium ion import / GTP metabolic process / positive regulation of positive chemotaxis / fat pad development / dopamine receptor signaling pathway / amino acid binding / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / branching morphogenesis of an epithelial tube / positive regulation of calcium ion import / regulation of calcium ion transport / positive regulation of macroautophagy / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / detection of calcium ion / Adenylate cyclase inhibitory pathway / anatomical structure morphogenesis / axon terminus / JNK cascade / positive regulation of vasoconstriction / chloride transmembrane transport / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / 骨化 / G protein-coupled receptor binding / response to ischemia / G protein-coupled receptor activity / cellular response to glucose stimulus / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / positive regulation of insulin secretion / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / G beta:gamma signalling through BTK / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Glucagon-type ligand receptors / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / intracellular calcium ion homeostasis / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / cellular response to prostaglandin E stimulus / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / vasodilation / GPER1 signaling / G-protein beta-subunit binding / GDP binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / integrin binding / GTPase binding / Ca2+ pathway / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / midbody / G alpha (i) signalling events / fibroblast proliferation / cellular response to hypoxia / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / basolateral plasma membrane / vesicle / transmembrane transporter binding / Extra-nuclear estrogen signaling / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / 細胞周期 / apical plasma membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway / lysosomal membrane / 細胞分裂 / focal adhesion / GTPase activity / 中心体 / neuronal cell body / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / positive regulation of gene expression / GTP binding / 核小体 / protein kinase binding
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 3, extracellular calcium-sensing receptor-related / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3 / GPCR family 3, C-terminal ...GPCR, family 3, extracellular calcium-sensing receptor-related / G-protein coupled receptors family 3 signature 1. / G-protein coupled receptors family 3 signature 2. / GPCR, family 3, nine cysteines domain / GPCR, family 3, nine cysteines domain superfamily / Nine Cysteines Domain of family 3 GPCR / GPCR, family 3, conserved site / G-protein coupled receptors family 3 signature 3. / GPCR, family 3 / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / G-protein coupled receptors family 3 profile. / G-protein alpha subunit, group I / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / G-alpha domain profile. / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G protein alpha subunit / Periplasmic binding protein-like I / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / GGL domain / G-protein gamma-like domain superfamily / G-protein gamma-like domain / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / WD40リピート / WD40リピート / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9IG / : / リン酸塩 / CYCLOMETHYLTRYPTOPHAN / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3 / Extracellular calcium-sensing receptor / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Zuo, H. / Park, J. / Frangaj, A. / Ye, J. / Lu, G. / Manning, J.J. / Asher, W.B. / Lu, Z. / Hu, G. / Wang, L. ...Zuo, H. / Park, J. / Frangaj, A. / Ye, J. / Lu, G. / Manning, J.J. / Asher, W.B. / Lu, Z. / Hu, G. / Wang, L. / Mendez, J. / Eng, E. / Zhang, Z. / Lin, X. / Grasucci, R. / Hendrickson, W.A. / Clarke, O.B. / Javitch, J.A. / Conigrave, A.D. / Fan, Q.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM141871 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Promiscuous G-protein activation by the calcium-sensing receptor.
著者: Hao Zuo / Jinseo Park / Aurel Frangaj / Jianxiang Ye / Guanqi Lu / Jamie J Manning / Wesley B Asher / Zhengyuan Lu / Guo-Bin Hu / Liguo Wang / Joshua Mendez / Edward Eng / Zhening Zhang / Xin ...著者: Hao Zuo / Jinseo Park / Aurel Frangaj / Jianxiang Ye / Guanqi Lu / Jamie J Manning / Wesley B Asher / Zhengyuan Lu / Guo-Bin Hu / Liguo Wang / Joshua Mendez / Edward Eng / Zhening Zhang / Xin Lin / Robert Grassucci / Wayne A Hendrickson / Oliver B Clarke / Jonathan A Javitch / Arthur D Conigrave / Qing R Fan /
要旨: The human calcium-sensing receptor (CaSR) detects fluctuations in the extracellular Ca concentration and maintains Ca homeostasis. It also mediates diverse cellular processes not associated with Ca ...The human calcium-sensing receptor (CaSR) detects fluctuations in the extracellular Ca concentration and maintains Ca homeostasis. It also mediates diverse cellular processes not associated with Ca balance. The functional pleiotropy of CaSR arises in part from its ability to signal through several G-protein subtypes. We determined structures of CaSR in complex with G proteins from three different subfamilies: G, G and G. We found that the homodimeric CaSR of each complex couples to a single G protein through a common mode. This involves the C-terminal helix of each Gα subunit binding to a shallow pocket that is formed in one CaSR subunit by all three intracellular loops (ICL1-ICL3), an extended transmembrane helix 3 and an ordered C-terminal region. G-protein binding expands the transmembrane dimer interface, which is further stabilized by phospholipid. The restraint imposed by the receptor dimer, in combination with ICL2, enables G-protein activation by facilitating conformational transition of Gα. We identified a single Gα residue that determines G and G versus G selectivity. The length and flexibility of ICL2 allows CaSR to bind all three Gα subtypes, thereby conferring capacity for promiscuous G-protein coupling.
履歴
登録2024年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年4月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
Q: Isoform 1 of Extracellular calcium-sensing receptor
R: Isoform 1 of Extracellular calcium-sensing receptor
A: Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-2
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)297,83127
ポリマ－292,5435
非ポリマー5,28922
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 QR

#1: タンパク質 Isoform 1 of Extracellular calcium-sensing receptor / CaR / CaSR / hCasR / Parathyroid cell calcium-sensing receptor 1 / PCaR1


分子量: 102864.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The CaSR construct consists of residues 1-903 and a Flag tag inserted after the signal peptide.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASR, GPRC2A, PCAR1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P41180

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Guanine nucleotide-binding protein ... , 3種, 3分子 ABG

#2: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-3 / G(i) alpha-3


分子量: 40584.156 Da / 分子数: 1 / Mutation: S47N, G203A, E245A, A326S / 由来タイプ: 組換発現
詳細: G(i3)alpha contains four dominant negative mutations, S47N, G203A, E245A, and A326S
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNAI3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08754
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-2 / G protein subunit beta-2 / Transducin beta chain 2


分子量: 38367.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: GNB2 has N-terminal Flag tag inserted after the initial Met.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNB2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62879
#4: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / G gamma-I


分子量: 7861.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GNG2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P59768

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糖 , 2種, 8分子

#5: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 6種, 14分子

#7: 化合物 ChemComp-TCR / CYCLOMETHYLTRYPTOPHAN / 1,2,3,4-テトラヒドロ-β-カルボリン-3α-カルボン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 216.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H12N2O2
#8: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#9: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#10: 化合物 ChemComp-9IG / 3-(2-chlorophenyl)-N-[(1R)-1-(3-methoxyphenyl)ethyl]propan-1-amine / NPS-R-568


分子量: 303.826 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H22ClNO
#11: 化合物 ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#12: 化合物 ChemComp-A1AF7 / (19R,22S,25R)-22,25,26-trihydroxy-16,22-dioxo-17,21,23-trioxa-22lambda~5~-phosphahexacosan-19-yl (9Z)-octadec-9-enoate


分子量: 749.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H77O10P

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human CaSR in complex with Gi3 protein / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.288 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293 GnTI-
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESC8H18N2O4S1
2100 mMSodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
32 mMMagnesium chlorideMgCl21
410 mMCalcium chlorideCaCl21
520 uMTNCAC12H12N2O21
620 uMR568 HClC18H22ClNOHCl1
試料濃度: 3.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R0.6/1
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: The sample was blotted for 6s before plunge-frozen.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 105000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 100 K
撮影平均露光時間: 2.5 sec. / 電子線照射量: 70.14 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 16504
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン横: 5760 / 縦: 4092

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.3.2粒子像選択
2Leginon3.6画像取得
4cryoSPARC3.3.2CTF補正
7Coot0.9.8.1モデルフィッティング
9cryoSPARC3.3.2初期オイラー角割当
10cryoSPARC3.3.2最終オイラー角割当
12cryoSPARC3.3.2３次元再構成
13PHENIX1.19.2_4158:モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2792317
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 55985 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB-IDPDB chain-IDAccession codeChain-IDInitial refinement model-ID
17SIL

7sil

Q7SILQ1
27SIL

7sil

R7SILR1
37S8M

7s8m

A7S8MA2
47S8M

7s8m

B7S8MB2
57S8M

7s8m

G7S8MG2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00418558
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.59525136
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.946665
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0432826
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0043171

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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