PDB-8wtz: potassium outward rectifier channel SKOR

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8wtz

タイトル

potassium outward rectifier channel SKOR

要素

Potassium channel SKOR

キーワード

METAL TRANSPORT / Potassium transport /

Cryo-EM (低温電子顕微鏡法) /

ion channel (イオンチャネル) /

tetramer (四量体)

機能・相同性

機能・相同性情報

outward rectifier potassium channel activity / potassium ion homeostasis / monoatomic ion channel complex / potassium ion transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

電子顕微鏡法 /

単粒子再構成法 /

クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Gao, X. / Sun, T. / Lu, Y. / Jia, Y. / Xu, X. / Zhang, Y. / Fu, P. / Yang, G.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Plant Commun / 年: 2024
タイトル: Structural changes in the conversion of an Arabidopsis outward-rectifying K channel into an inward-rectifying channel.
著者: Xudong Gao / Xia Xu / Tengfei Sun / Yuhan Lu / Yutian Jia / Jiaqi Zhou / Peng Fu / Yanming Zhang / Guanghui Yang /

履歴

登録	2023年10月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2024年4月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8wtz.cif.gz	401.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8wtz.ent.gz	305.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8wtz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/8wtz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/8wtz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	37847MC 37855C 8wuiC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (5) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (5) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (6) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #5 - 2000年5月シトクロムc酸化酵素 (Cytochrome c Oxidase) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#152 - 2012年8月
環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase)
類似性 (5)
#48 - 2003年12月
異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein)
類似性 (5)
#251 - 2020年11月
アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase)
類似性 (6)
#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#5 - 2000年5月
シトクロムc酸化酵素 (Cytochrome c Oxidase)
類似性 (1)

登録構造単位

C: Potassium channel SKOR

D: Potassium channel SKOR

A: Potassium channel SKOR

B: Potassium channel SKOR

ヘテロ分子

392 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: 電子顕微鏡法, not applicable

#1: タンパク質	Potassium channel SKOR 分子量: 95146.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: SKOR 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9M8S6
#2: 化合物	ChemComp-PC1 / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / 3-SN-PHOSPHATIDYLCHOLINE / ホスファチジルコリン分子量: 790.145 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₄H₈₈NO₈P / コメント: リン脂質*YM
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: 電子顕微鏡法
EM実験	試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素	名称: SKOR / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)	生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
由来(組換発現)	生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液	pH: 7.4
試料	包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡	モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃	電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズ	モード: DIFFRACTION回折 / 最大デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影	電子線照射量: 50 e/Å² / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

-
解析

EMソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化

CTF補正

タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION

3次元再構成

解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 153828 / 対称性のタイプ: POINT

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
ELECTRON MICROSCOPY	f_bond_d	0.002	15039
ELECTRON MICROSCOPY	f_angle_d	0.502	20338
ELECTRON MICROSCOPY	f_dihedral_angle_d	4.307	2006
ELECTRON MICROSCOPY	f_chiral_restr	0.039	2261
ELECTRON MICROSCOPY	f_plane_restr	0.004	2518

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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