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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8soa | ||||||
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タイトル | Phosphoinositide phosphate 3 kinase gamma bound with ATP | ||||||
要素 |
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キーワード | SIGNALING PROTEIN / Phosphoinositide 3-Kinase (PI3キナーゼ) / Chemotaxis (走化性) / Cancer (悪性腫瘍) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 1-phosphatidylinositol-3-kinase regulator activity / phosphatidylinositol 3-kinase complex, class IB / phosphatidylinositol-mediated signaling / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / kinase activity / リン酸化 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Sus scrofa (ブタ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å | ||||||
データ登録者 | Chen, C.-L. / Tesmer, J.J.G. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024 タイトル: Molecular basis for Gβγ-mediated activation of phosphoinositide 3-kinase γ. 著者: Chun-Liang Chen / Ramizah Syahirah / Sandeep K Ravala / Yu-Chen Yen / Thomas Klose / Qing Deng / John J G Tesmer / 要旨: The conversion of phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate to phosphatidylinositol 3,4,5-triphosphate by phosphoinositide 3-kinase γ (PI3Kγ) is critical for neutrophil chemotaxis and cancer metastasis. ...The conversion of phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate to phosphatidylinositol 3,4,5-triphosphate by phosphoinositide 3-kinase γ (PI3Kγ) is critical for neutrophil chemotaxis and cancer metastasis. PI3Kγ is activated by Gβγ heterodimers released from G protein-coupled receptors responding to extracellular signals. Here we determined cryo-electron microscopy structures of Sus scrofa PI3Kγ-human Gβγ complexes in the presence of substrates/analogs, revealing two Gβγ binding sites: one on the p110γ helical domain and another on the p101 C-terminal domain. Comparison with PI3Kγ alone reveals conformational changes in the kinase domain upon Gβγ binding that are similar to Ras·GTP-induced changes. Assays of variants perturbing the Gβγ binding sites and interdomain contacts altered by Gβγ binding suggest that Gβγ recruits the enzyme to membranes and allosterically regulates activity via both sites. Studies of zebrafish neutrophil migration align with these findings, paving the way for in-depth investigation of Gβγ-mediated activation mechanisms in this enzyme family and drug development for PI3Kγ. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8soa.cif.gz | 587 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8soa.ent.gz | 476.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8soa.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/so/8soa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/so/8soa | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 40651MC 8so9C 8sobC 8socC 8sodC 8soeC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 127573.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0A8D1WUA4 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 98497.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: A0A8D0T2D6 |
#3: 化合物 | ChemComp-ATP / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: PI3K-gamma-ATP / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 210 kDa/nm / 実験値: NO | |||||||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) | |||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 細胞: Sf9 / プラスミド: pfastbacdual | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 0.1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | |||||||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: Glow discharge for 60s / グリッドの材料: GOLD / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3 | |||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: Blot force 2 |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 81000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 100 µm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER Residual tilt: 0.01 mradians |
撮影 | 平均露光時間: 3.12 sec. / 電子線照射量: 55 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 詳細: Images were collected in movie-mode at 40 frames per second |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: GIF Quantum ER / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
画像スキャン | 横: 11520 / 縦: 8184 / 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20_4459: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 200533 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 |
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拘束条件 |
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