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- PDB-8qcq: B. subtilis ApdA-stalled ribosomal complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qcq
タイトルB. subtilis ApdA-stalled ribosomal complex
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 14
  • (50S ribosomal protein ...) x 21
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 6
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 2
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA23SリボソームRNA
  • 5S rRNA5SリボソームRNA
  • ApdA nascent chain
  • Pro-tRNA
  • mRNA伝令RNA
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Stalling / Nascent chain / elongation arrest / regulation (規制)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of rRNA processing / 核様体 / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / rRNA processing / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation ...positive regulation of rRNA processing / 核様体 / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / rRNA processing / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : ...Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / : / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein L23/L25, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
: / プロリン / : / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) ...: / プロリン / : / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL31
類似検索 - 構成要素
生物種Amycolatopsis japonica (バクテリア)
Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Morici, M. / Wilson, D.N.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: RAPP-containing arrest peptides induce translational stalling by short circuiting the ribosomal peptidyltransferase activity.
著者: Martino Morici / Sara Gabrielli / Keigo Fujiwara / Helge Paternoga / Bertrand Beckert / Lars V Bock / Shinobu Chiba / Daniel N Wilson /
要旨: Arrest peptides containing RAPP (ArgAlaProPro) motifs have been discovered in both Gram-positive and Gram-negative bacteria, where they are thought to regulate expression of important protein ...Arrest peptides containing RAPP (ArgAlaProPro) motifs have been discovered in both Gram-positive and Gram-negative bacteria, where they are thought to regulate expression of important protein localization machinery components. Here we determine cryo-EM structures of ribosomes stalled on RAPP arrest motifs in both Bacillus subtilis and Escherichia coli. Together with molecular dynamics simulations, our structures reveal that the RAPP motifs allow full accommodation of the A-site tRNA, but prevent the subsequent peptide bond from forming. Our data support a model where the RAP in the P-site interacts and stabilizes a single hydrogen atom on the Pro-tRNA in the A-site, thereby preventing an optimal geometry for the nucleophilic attack required for peptide bond formation to occur. This mechanism to short circuit the ribosomal peptidyltransferase activity is likely to operate for the majority of other RAPP-like arrest peptides found across diverse bacterial phylogenies.
履歴
登録2023年8月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
0: 50S ribosomal protein L32
1: 50S ribosomal protein L33 1
2: 50S ribosomal protein L34
3: 50S ribosomal protein L35
4: 50S ribosomal protein L36
6: Large ribosomal subunit protein bL31-A
A: 23S rRNA
B: 5S rRNA
C: 50S ribosomal protein L2
D: 50S ribosomal protein L3
E: 50S ribosomal protein L4
F: 50S ribosomal protein L5
G: Large ribosomal subunit protein uL6
J: 50S ribosomal protein L13
K: 50S ribosomal protein L14
L: 50S ribosomal protein L15
M: 50S ribosomal protein L16
N: 50S ribosomal protein L17
O: 50S ribosomal protein L18
P: 50S ribosomal protein L19
Q: Large ribosomal subunit protein bL20
R: 50S ribosomal protein L21
S: 50S ribosomal protein L22
T: Large ribosomal subunit protein uL23
U: 50S ribosomal protein L24
W: Large ribosomal subunit protein bL27
X: 50S ribosomal protein L28
Y: 50S ribosomal protein L29
Z: Large ribosomal subunit protein uL30
a: 16S rRNA
e: 30S ribosomal protein S5
k: 30S ribosomal protein S11
l: 30S ribosomal protein S12
o: 30S ribosomal protein S15
q: 30S ribosomal protein S17
t: 30S ribosomal protein S20
y: Pro-tRNA
w: Pro-tRNA
8: mRNA
c: Small ribosomal subunit protein uS3
g: Small ribosomal subunit protein uS7
i: 30S ribosomal protein S9
j: 30S ribosomal protein S10
m: 30S ribosomal protein S13
n: 30S ribosomal protein S14
s: 30S ribosomal protein S19
h: 30S ribosomal protein S8
r: 30S ribosomal protein S18
f: 30S ribosomal protein S6
7: ApdA nascent chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,105,870298
ポリマ－2,098,91050
非ポリマー6,960248
水18,4111022
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

+
50S ribosomal protein ... , 21種, 21分子 01234CDEFJKLMNOPRSUXY

#1: タンパク質 50S ribosomal protein L32 /


分子量: 6745.073 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: O34687
#2: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33 1 / リボソーム


分子量: 5915.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P56849
#3: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34 /


分子量: 5271.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P05647
#4: タンパク質 50S ribosomal protein L35 /


分子量: 7581.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P55874
#5: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / / BL38 / Ribosomal protein B / Ribosomal protein II


分子量: 4318.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P20278
#9: タンパク質 50S ribosomal protein L2 / / BL2


分子量: 30335.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P42919
#10: タンパク質 50S ribosomal protein L3 / / BL3


分子量: 22723.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P42920
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L4 /


分子量: 22424.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P42921
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L5 / / BL6


分子量: 20177.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P12877
#14: タンパク質 50S ribosomal protein L13 /


分子量: 16407.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P70974
#15: タンパク質 50S ribosomal protein L14 /


分子量: 13175.288 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P12875
#16: タンパク質 50S ribosomal protein L15 /


分子量: 15410.694 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P19946
#17: タンパク質 50S ribosomal protein L16 /


分子量: 16223.049 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P14577
#18: タンパク質 50S ribosomal protein L17 / / BL15 / BL21


分子量: 13774.806 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P20277
#19: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / / BL16


分子量: 12993.829 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P46899
#20: タンパク質 50S ribosomal protein L19 /


分子量: 13416.853 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: O31742
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L21 / / BL20


分子量: 11296.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P26908
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L22 /


分子量: 12481.608 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P42060
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L24 / / 12 kDa DNA-binding protein / BL23 / HPB12


分子量: 11166.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P0CI78
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L28 /


分子量: 6826.144 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P37807
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L29 /


分子量: 7728.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P12873

-
Large ribosomal subunit protein ... , 6種, 6分子 6GQTWZ

#6: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL31-A


分子量: 7330.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: Q03223
#13: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6


分子量: 19543.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P46898
#21: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL20


分子量: 13669.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P55873
#24: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23


分子量: 10978.813 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P42924
#26: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL27


分子量: 10391.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P05657
#29: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30


分子量: 6650.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P19947

-
RNA鎖 , 5種, 6分子 ABayw8

#7: RNA鎖 23S rRNA / 23SリボソームRNA


分子量: 948733.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: GenBank: 728882887
#8: RNA鎖 5S rRNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38423.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: GenBank: 1430100595
#30: RNA鎖 16S rRNA /


分子量: 503369.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: GenBank: 225184640
#37: RNA鎖 Pro-tRNA


分子量: 24832.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: GenBank: 1837880844
#38: RNA鎖 mRNA / 伝令RNA


分子量: 1788.101 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Amycolatopsis japonica (バクテリア)
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

-
30S ribosomal protein ... , 14種, 14分子 ekloqtijmnshrf

#31: タンパク質 30S ribosomal protein S5 / / BS5


分子量: 17650.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21467
#32: タンパク質 30S ribosomal protein S11 / / BS11


分子量: 13952.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P04969
#33: タンパク質 30S ribosomal protein S12 / / BS12


分子量: 15248.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21472
#34: タンパク質 30S ribosomal protein S15 / / BS18


分子量: 10597.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21473
#35: タンパク質 30S ribosomal protein S17 / / BS16


分子量: 10220.979 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P12874
#36: タンパク質 30S ribosomal protein S20 / / BS20


分子量: 9622.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21477
#41: タンパク質 30S ribosomal protein S9 / / BS10


分子量: 14335.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21470
#42: タンパク質 30S ribosomal protein S10 / / BS13


分子量: 11687.661 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21471
#43: タンパク質 30S ribosomal protein S13 / / BS14


分子量: 13818.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P20282
#44: タンパク質 30S ribosomal protein S14 / / 30S ribosomal protein S14 type Z / 30S ribosomal protein S14-1 / BS-A


分子量: 7263.803 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P12878
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S19 / / BS19


分子量: 10607.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21476
#46: タンパク質 30S ribosomal protein S8 / / BS8


分子量: 14901.427 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P12879
#47: タンパク質 30S ribosomal protein S18 / / BS21


分子量: 8990.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21475
#48: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / / BS9


分子量: 11140.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21468

-
Small ribosomal subunit protein ... , 2種, 2分子 cg

#39: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS3


分子量: 23050.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21465
#40: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 17915.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
参照: UniProt: P21469

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 7

#49: タンパク質・ペプチド ApdA nascent chain


分子量: 970.128 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Amycolatopsis japonica (バクテリア)
発現宿主: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

-
非ポリマー , 5種, 1270分子

#50: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#51: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 199 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#52: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 43 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#53: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#54: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1022 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: B. subtilis ApdA-stalled ribosomal complex / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #3-#4, #8-#43, #45-#49 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Amycolatopsis japonica (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 75.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0405 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 142978 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 2.3→2.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / SU B: 5.999 / SU ML: 0.129 / ESU R: 0.138
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.26202 --
obs0.26202 3119422 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 83.844 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 136962
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0060.011148315
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0010.01883779
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.4161.799222326
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.5581.626198257
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg6.94154776
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg7.4655.011440
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg13.408107548
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0590.233105
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.010.02100188
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0020.0226180
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it7.0158.48119242
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other7.0158.48119242
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it11.56115.28723972
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other11.56115.28723973
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it6.4438.549129073
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other6.4438.549129072
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other10.40115.567198355
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined15.40493.75190132
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other15.4193.86189768
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.29→2.349 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.638 231056 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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