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- PDB-8qbt: E. coli ApdP-stalled ribosomal complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8qbt
タイトルE. coli ApdP-stalled ribosomal complex
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 6
  • (50S ribosomal protein ...) x 4
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 24
  • (Small ribosomal subunit protein ...) x 10
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA23SリボソームRNA
  • 5S rRNA5SリボソームRNA
  • Ala-tRNA
  • ApdP nascent chain
  • Pro-tRNA
  • mRNA伝令RNA
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / Stalling / nascent chain / translation arrest / regulation (規制)
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation ...mRNA base-pairing translational repressor activity / ornithine decarboxylase inhibitor activity / transcriptional attenuation / endoribonuclease inhibitor activity / RNA-binding transcription regulator activity / positive regulation of ribosome biogenesis / negative regulation of cytoplasmic translation / DnaA-L2 complex / translation repressor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / regulation of mRNA stability / ribosome assembly / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / response to reactive oxygen species / cytosolic ribosome assembly / regulation of cell growth / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / response to radiation / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / large ribosomal subunit / regulation of translation / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / molecular adaptor activity / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. ...Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L33 superfamily / : / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / プロリン / : / : / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) ...: / プロリン / : / : / : / : / : / リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein uL3 / : / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL36A / Large ribosomal subunit protein bL9 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Large ribosomal subunit protein bL25
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium medicae (根粒菌)
Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Morici, M. / Wilson, D.N.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: RAPP-containing arrest peptides induce translational stalling by short circuiting the ribosomal peptidyltransferase activity.
著者: Martino Morici / Sara Gabrielli / Keigo Fujiwara / Helge Paternoga / Bertrand Beckert / Lars V Bock / Shinobu Chiba / Daniel N Wilson /
要旨: Arrest peptides containing RAPP (ArgAlaProPro) motifs have been discovered in both Gram-positive and Gram-negative bacteria, where they are thought to regulate expression of important protein ...Arrest peptides containing RAPP (ArgAlaProPro) motifs have been discovered in both Gram-positive and Gram-negative bacteria, where they are thought to regulate expression of important protein localization machinery components. Here we determine cryo-EM structures of ribosomes stalled on RAPP arrest motifs in both Bacillus subtilis and Escherichia coli. Together with molecular dynamics simulations, our structures reveal that the RAPP motifs allow full accommodation of the A-site tRNA, but prevent the subsequent peptide bond from forming. Our data support a model where the RAP in the P-site interacts and stabilizes a single hydrogen atom on the Pro-tRNA in the A-site, thereby preventing an optimal geometry for the nucleophilic attack required for peptide bond formation to occur. This mechanism to short circuit the ribosomal peptidyltransferase activity is likely to operate for the majority of other RAPP-like arrest peptides found across diverse bacterial phylogenies.
履歴
登録2023年8月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 23S rRNA
B: 5S rRNA
C: Large ribosomal subunit protein uL2
D: 50S ribosomal protein L3
E: Large ribosomal subunit protein uL4
F: Large ribosomal subunit protein uL5
G: Large ribosomal subunit protein uL6
H: Large ribosomal subunit protein bL9
J: Large ribosomal subunit protein uL13
K: Large ribosomal subunit protein uL14
L: 50S ribosomal protein L15
M: 50S ribosomal protein L16
N: Large ribosomal subunit protein bL17
O: Large ribosomal subunit protein uL18
P: Large ribosomal subunit protein bL19
Q: Large ribosomal subunit protein bL20
R: Large ribosomal subunit protein bL21
S: Large ribosomal subunit protein uL22
T: Large ribosomal subunit protein uL23
U: Large ribosomal subunit protein uL24
V: 50S ribosomal protein L25
W: Large ribosomal subunit protein bL27
X: Large ribosomal subunit protein bL28
Y: Large ribosomal subunit protein uL29
Z: Large ribosomal subunit protein uL30
a: Large ribosomal subunit protein bL32
b: Large ribosomal subunit protein bL33
c: Large ribosomal subunit protein bL34
d: Large ribosomal subunit protein bL35
i: 16S rRNA
j: 30S ribosomal protein S2
m: Small ribosomal subunit protein uS5
n: 30S ribosomal protein S6, fully modified isoform
o: 30S ribosomal protein S7
p: Small ribosomal subunit protein uS8
q: Small ribosomal subunit protein uS9
s: 30S ribosomal protein S11
t: 30S ribosomal protein S12
u: Small ribosomal subunit protein uS13
v: Small ribosomal subunit protein uS14
w: Small ribosomal subunit protein uS15
y: Small ribosomal subunit protein uS17
z: Small ribosomal subunit protein bS18
1: Small ribosomal subunit protein uS19
2: 30S ribosomal protein S20
3: Small ribosomal subunit protein bS21
4: mRNA
5: Pro-tRNA
6: Pro-tRNA
7: Ala-tRNA
e: Large ribosomal subunit protein bL36A
f: ApdP nascent chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,149,990429
ポリマ－2,138,81652
非ポリマー11,174377
水22,3211239
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area297730 Å2
ΔGint-4556 kcal/mol
Surface area743140 Å2

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 7分子 ABi4567

#1: RNA鎖 23S rRNA / 23SリボソームRNA


分子量: 941320.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: GenBank: 991970073
#2: RNA鎖 5S rRNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38790.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: GenBank: 1845258627
#30: RNA鎖 16S rRNA /


分子量: 499054.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: GenBank: 1789840096
#47: RNA鎖 mRNA / 伝令RNA


分子量: 3190.981 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium medicae (根粒菌) / 発現宿主: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
#48: RNA鎖 Pro-tRNA


分子量: 24862.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: GenBank: 1848934315
#49: RNA鎖 Ala-tRNA


分子量: 24476.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: GenBank: 1847302804

+
Large ribosomal subunit protein ... , 24種, 24分子 CEFGHJKNOPQRSTUWXYZabcde

#3: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL2 / 50S ribosomal protein L2


分子量: 29923.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P60422
#5: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL4 / 50S ribosomal protein L4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P60723
#6: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL5 / 50S ribosomal protein L5


分子量: 20333.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P62399
#7: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL6 / 50S ribosomal protein L6


分子量: 18932.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG55
#8: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL9 / 50S ribosomal protein L9


分子量: 15789.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7R1
#9: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL13 / 50S ribosomal protein L13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AA10
#10: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL14 / 50S ribosomal protein L14


分子量: 13565.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADY3
#13: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL17 / 50S ribosomal protein L17


分子量: 14393.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG44
#14: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL18 / 50S ribosomal protein L18


分子量: 12794.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0C018
#15: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL19 / 50S ribosomal protein L19


分子量: 13159.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7K6
#16: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL20 / 50S ribosomal protein L20


分子量: 13528.024 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L3
#17: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL21 / 50S ribosomal protein L21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG48
#18: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL22 / 50S ribosomal protein L22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P61175
#19: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL23 / 50S ribosomal protein L23


分子量: 11222.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ0
#20: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL24 / 50S ribosomal protein L24


分子量: 11339.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P60624
#22: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL27 / 50S ribosomal protein L27


分子量: 9146.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7L8
#23: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL28 / 50S ribosomal protein L28


分子量: 9027.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M2
#24: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL29 / 50S ribosomal protein L29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7M6
#25: タンパク質 Large ribosomal subunit protein uL30 / 50S ribosomal protein L30


分子量: 6554.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG51
#26: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL32 / 50S ribosomal protein L32


分子量: 6463.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7N4
#27: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL33 / 50S ribosomal protein L33


分子量: 6388.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7N9
#28: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL34 / 50S ribosomal protein L34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7P5
#29: タンパク質 Large ribosomal subunit protein bL35 / 50S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein A


分子量: 7313.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Q1
#50: タンパク質・ペプチド Large ribosomal subunit protein bL36A / 50S ribosomal protein L36 / Ribosomal protein B


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Q6

-
50S ribosomal protein ... , 4種, 4分子 DLMV

#4: タンパク質 50S ribosomal protein L3 /


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SQU2
#11: タンパク質 50S ribosomal protein L15 / / Large ribosomal subunit protein uL15


分子量: 15008.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02413
#12: タンパク質 50S ribosomal protein L16 /


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H3EMH6
#21: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / / Large ribosomal subunit protein bL25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P68919

-
30S ribosomal protein ... , 6種, 6分子 jnost2

#31: タンパク質 30S ribosomal protein S2 / / Small ribosomal subunit protein uS2


分子量: 26781.670 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7V0
#33: タンパク質 30S ribosomal protein S6, fully modified isoform / リボソーム


分子量: 15727.512 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02358
#34: タンパク質 30S ribosomal protein S7 / / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 20055.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P02359
#37: タンパク質 30S ribosomal protein S11 /


分子量: 13870.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: D7Y3B9
#38: タンパク質 30S ribosomal protein S12 /


分子量: 13768.157 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0K0HEP7
#45: タンパク質 30S ribosomal protein S20 / / Small ribosomal subunit protein bS20


分子量: 9708.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U7

-
Small ribosomal subunit protein ... , 10種, 10分子 mpquvwyz13

#32: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS5 / 30S ribosomal protein S5


分子量: 17629.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W1
#35: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS8 / 30S ribosomal protein S8


分子量: 14146.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7W7
#36: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS9 / 30S ribosomal protein S9


分子量: 14886.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7X3
#39: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS13 / 30S ribosomal protein S13


分子量: 13128.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7S9
#40: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS14 / 30S ribosomal protein S14


分子量: 11606.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG59
#41: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS15 / 30S ribosomal protein S15


分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADZ4
#42: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS17 / 30S ribosomal protein S17


分子量: 9724.491 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AG63
#43: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS18 / 30S ribosomal protein S18


分子量: 9005.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7T7
#44: タンパク質 Small ribosomal subunit protein uS19 / 30S ribosomal protein S19


分子量: 10455.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7U3
#46: タンパク質 Small ribosomal subunit protein bS21 / 30S ribosomal protein S21


分子量: 8524.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 参照: UniProt: P68679

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 f

#51: タンパク質・ペプチド ApdP nascent chain


分子量: 688.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium medicae (根粒菌) / 発現宿主: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)

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非ポリマー , 5種, 1616分子

#52: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#53: 化合物...
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 127 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#54: 化合物 ChemComp-PRO / PROLINE / プロリン / プロリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO2
#55: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#56: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: E. coli ApdP-stalled ribosomal complex / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#51 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Sinorhizobium medicae (根粒菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm
撮影電子線照射量: 75.6 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0405 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 205838 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 2.2→273.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.904 / SU B: 4.825 / SU ML: 0.109 / ESU R: 0.131
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.25976 --
obs0.25976 3255382 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 77.934 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 141132
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0060.011152987
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0010.01885563
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.4411.8229003
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.571.627202343
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg7.1254794
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg9.0645.011463
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg14.318107387
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0610.234170
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0110.02102658
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0020.0227123
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it5.9296.9919338
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other5.9296.9919337
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it9.32912.59724078
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other9.32912.59724079
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it6.088.208133649
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other6.088.208133649
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other9.6914.963204926
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined14.07390.1196070
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other14.08190.23195620
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork0.604 241134 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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