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万見
- PDB-8q84: Outer kinetochore Dam1 protomer dimer Ndc80-Nuf2 coiled-coil complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q84
タイトルOuter kinetochore Dam1 protomer dimer Ndc80-Nuf2 coiled-coil complex
要素
  • (DASH complex subunit ...) x 10
  • (Kinetochore protein ...動原体) x 2
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / Kinetochore (動原体) / microtubule (微小管) / error correction / chromosome segregation
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic spindle polar microtubule / Ndc80 complex / DASH complex / protein transport along microtubule to mitotic spindle pole body / mitotic sister chromatid biorientation / kinetochore organization / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / mitotic spindle pole body / meiotic chromosome segregation / mitotic spindle midzone ...mitotic spindle polar microtubule / Ndc80 complex / DASH complex / protein transport along microtubule to mitotic spindle pole body / mitotic sister chromatid biorientation / kinetochore organization / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / mitotic spindle pole body / meiotic chromosome segregation / mitotic spindle midzone / attachment of spindle microtubules to kinetochore / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / condensed chromosome, centromeric region / spindle pole body / protein localization to kinetochore / positive regulation of microtubule polymerization / mitotic spindle organization / chromosome segregation / spindle microtubule / 紡錘体 / 動原体 / 紡錘体 / 微小管 / 細胞分裂 / protein-containing complex binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DASH complex subunit Duo1 / DASH complex subunit Spc34 / DASH complex subunit Hsk3 / DASH complex subunit Duo1 / DASH complex subunit Spc34 / DASH complex subunit Hsk3-like / DASH complex subunit Hsk3 like / DASH complex subunit Spc19 / DASH complex subunit Dad1 / DASH complex subunit Dad2 ...DASH complex subunit Duo1 / DASH complex subunit Spc34 / DASH complex subunit Hsk3 / DASH complex subunit Duo1 / DASH complex subunit Spc34 / DASH complex subunit Hsk3-like / DASH complex subunit Hsk3 like / DASH complex subunit Spc19 / DASH complex subunit Dad1 / DASH complex subunit Dad2 / DASH complex subunit Ask1 / DASH complex subunit Dad3 / Spc19 / DASH complex subunit Dad1 / DASH complex subunit Dad2 / DASH complex subunit Ask1 / DASH complex subunit Dad3 / DASH complex subunit Dam1 / DASH complex subunit Dam1 / Kinetochore protein Nuf2, N-terminal / Nuf2, N-terminal domain superfamily / Nuf2 family / Kinetochore protein Ndc80 / Ndc80 domain superfamily / Domain of unknown function DUF5595 / HEC/Ndc80p family / Domain of unknown function (DUF5595) / DASH complex subunit Dad4 / DASH complex subunit Dad4
類似検索 - ドメイン・相同性
Kinetochore protein NUF2 / DASH complex subunit ASK1 / DASH complex subunit SPC34 / DASH complex subunit DAD2 / Kinetochore protein NDC80 / DASH complex subunit DUO1 / DASH complex subunit DAM1 / DASH complex subunit DAD3 / DASH complex subunit DAD4 / DASH complex subunit HSK3 ...Kinetochore protein NUF2 / DASH complex subunit ASK1 / DASH complex subunit SPC34 / DASH complex subunit DAD2 / Kinetochore protein NDC80 / DASH complex subunit DUO1 / DASH complex subunit DAM1 / DASH complex subunit DAD3 / DASH complex subunit DAD4 / DASH complex subunit HSK3 / DASH complex subunit SPC19 / DASH complex subunit DAD1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Muir, K.W. / Barford, D.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
UK Research and Innovation (UKRI)MC_UP_1201/6 英国
Cancer Research UKC576/A14109 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Structural mechanism of outer kinetochore Dam1-Ndc80 complex assembly on microtubules.
著者: Kyle W Muir / Christopher Batters / Tom Dendooven / Jing Yang / Ziguo Zhang / Alister Burt / David Barford /
要旨: Kinetochores couple chromosomes to the mitotic spindle to segregate the genome during cell division. An error correction mechanism drives the turnover of kinetochore-microtubule attachments until ...Kinetochores couple chromosomes to the mitotic spindle to segregate the genome during cell division. An error correction mechanism drives the turnover of kinetochore-microtubule attachments until biorientation is achieved. The structural basis for how kinetochore-mediated chromosome segregation is accomplished and regulated remains an outstanding question. In this work, we describe the cryo-electron microscopy structure of the budding yeast outer kinetochore Ndc80 and Dam1 ring complexes assembled onto microtubules. Complex assembly occurs through multiple interfaces, and a staple within Dam1 aids ring assembly. Perturbation of key interfaces suppresses yeast viability. Force-rupture assays indicated that this is a consequence of impaired kinetochore-microtubule attachment. The presence of error correction phosphorylation sites at Ndc80-Dam1 ring complex interfaces and the Dam1 staple explains how kinetochore-microtubule attachments are destabilized and reset.
履歴
登録2023年8月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinetochore protein NDC80
B: Kinetochore protein NUF2
F: Kinetochore protein NDC80
G: Kinetochore protein NUF2
I: DASH complex subunit DAM1
J: DASH complex subunit DUO1
K: DASH complex subunit DAD2
L: DASH complex subunit DAD1
M: DASH complex subunit DAD4
N: DASH complex subunit DAD3
O: DASH complex subunit SPC34
P: DASH complex subunit ASK1
Q: DASH complex subunit HSK3
R: DASH complex subunit SPC19
U: DASH complex subunit DAM1
V: DASH complex subunit DUO1
W: DASH complex subunit DAD2
X: DASH complex subunit DAD1
Y: DASH complex subunit DAD4
Z: DASH complex subunit DAD3
a: DASH complex subunit SPC34
b: DASH complex subunit ASK1
c: DASH complex subunit HSK3
d: DASH complex subunit SPC19
e: DASH complex subunit DAM1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)713,54425
ポリマ－713,54425
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Kinetochore protein ... , 2種, 4分子 AFBG

#1: タンパク質 Kinetochore protein NDC80 / 動原体


分子量: 80609.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NDC80 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P40460
#2: タンパク質 Kinetochore protein NUF2 / 動原体


分子量: 53025.949 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NUF2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P33895

-
DASH complex subunit ... , 10種, 21分子 IUeJVKWLXMYNZOaPbQcRd

#3: タンパク質 DASH complex subunit DAM1


分子量: 38477.871 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: DAM1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P53267
#4: タンパク質 DASH complex subunit DUO1


分子量: 27515.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: DUO1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P53168
#5: タンパク質 DASH complex subunit DAD2


分子量: 15084.501 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: DAD2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P36162
#6: タンパク質 DASH complex subunit DAD1


分子量: 10522.616 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: DAD1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12248
#7: タンパク質 DASH complex subunit DAD4


分子量: 8164.255 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: DAD4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P69851
#8: タンパク質 DASH complex subunit DAD3


分子量: 10862.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: DAD3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P69850
#9: タンパク質 DASH complex subunit SPC34


分子量: 34131.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SPC34 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P36131
#10: タンパク質 DASH complex subunit ASK1


分子量: 32106.631 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: ASK1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P35734
#11: タンパク質 DASH complex subunit HSK3


分子量: 8097.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: HSK3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P69852
#12: タンパク質 DASH complex subunit SPC19


分子量: 18935.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SPC19 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q03954

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Outer kinetochore Dam1 protomer dimer with staple and Ndc80-Nuf2 coiled-coils
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 673772.36 / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 6.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
7UCSF Chimera1.12モデルフィッティング
8Coot0.9.3モデルフィッティング
10PHENIXdev-4620-000モデル精密化
11cryoSPARC3.3.2初期オイラー角割当
12RELION4.0-dev初期オイラー角割当
13cryoSPARC4.2最終オイラー角割当
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 248732 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 540.98 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL
詳細: Initial rigid body fitting was performed in chimera, with manual correction in coot and real-space refinement in PHENIX
原子モデル構築Source name: AlphaFold / タイプ: in silico model
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 540.98 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003226920
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.600836178
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0364189
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00414688
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d4.40183489

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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