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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pk3 | ||||||
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タイトル | CryoEM reconstruction of hemagglutinin HK68 of Influenza A virus bound to an Affimer reagent | ||||||
要素 |
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キーワード | ANTIVIRAL PROTEIN / Complex / Inhibitor / CryoEM (低温電子顕微鏡法) / Antiviral (抗ウイルス薬) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
データ登録者 | Debski-Antoniak, O. / Flynn, A. / Klebl, D.P. / Tiede, C. / Muench, S. / Tomlinson, D. / Fontana, J. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Exploiting the Affimer platform against influenza A virus 著者: Debski-Antoniak, O. / Flynn, A. / Klebl, D.P. / Tiede, C. / Muench, S. / Tomlinson, D. / Fontana, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pk3.cif.gz | 315.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pk3.ent.gz | 260.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pk3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/8pk3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/8pk3 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 17724MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Hemagglutinin ... , 2種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 35349.754 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: HA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q91MA7 #2: タンパク質 | 分子量: 20212.350 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: HA / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P03437 |
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-タンパク質 , 1種, 3分子 GHI
#3: タンパク質 | 分子量: 10491.819 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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-糖 , 3種, 12分子
#4: 多糖 | #5: 多糖 | #6: 糖 | ChemComp-NAG / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: CryoEM reconstruction of hemagglutinin HK68 of Influenza A virus bound to an Affimer reagent タイプ: COMPLEX / Entity ID: #2-#3 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 4000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 56.2 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING ONLY | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 104544 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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