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- PDB-8ovw: Cryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to centromeric DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ovw
タイトルCryo-EM structure of CBF1-CCAN bound topologically to centromeric DNA
要素
  • (C0N3 DNA) x 2
  • (Inner kinetochore subunit ...) x 13
  • Centromere-binding protein 1
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / kinetochore (動原体) / point centromere / CENP-A nucleosome / topological entrapment / centromeric DNA
機能・相同性
機能・相同性情報


Cbf1-Met4-Met28 complex / regulation of sulfur metabolic process / negative regulation of kinetochore assembly / negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / COMA complex / maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / meiotic sister chromatid segregation / Mis6-Sim4 complex / centromere complex assembly / establishment of meiotic sister chromatid cohesion ...Cbf1-Met4-Met28 complex / regulation of sulfur metabolic process / negative regulation of kinetochore assembly / negative regulation of meiotic DNA double-strand break formation involved in reciprocal meiotic recombination / COMA complex / maintenance of meiotic sister chromatid cohesion / meiotic sister chromatid segregation / Mis6-Sim4 complex / centromere complex assembly / establishment of meiotic sister chromatid cohesion / ascospore formation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / centromeric DNA binding / CENP-A containing chromatin assembly / outer kinetochore / protein localization to chromosome, centromeric region / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / kinetochore assembly / spindle pole body / protein localization to kinetochore / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / chromosome, centromeric region / DNA replication initiation / meiotic cell cycle / chromosome segregation / 動原体 / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / protein dimerization activity / クロマチンリモデリング / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / 細胞分裂 / protein-containing complex binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / structural molecule activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
: / Kinetochore subunit Nkp2/Cnl2 / Cnl2/NKP2 family protein / : / : / CENPH protein / CENPU protein / Centromere protein O / Cenp-O kinetochore centromere component / Centromere protein Chl4/mis15/CENP-N ...: / Kinetochore subunit Nkp2/Cnl2 / Cnl2/NKP2 family protein / : / : / CENPH protein / CENPU protein / Centromere protein O / Cenp-O kinetochore centromere component / Centromere protein Chl4/mis15/CENP-N / Kinetochore protein CHL4 like / Helix-loop-helix DNA-binding domain / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Centromere-binding protein 1 / Inner kinetochore subunit IML3 / Inner kinetochore subunit AME1 / Inner kinetochore subunit CHL4 / Inner kinetochore subunit CNN1 / Inner kinetochore subunit MCM22 / Inner kinetochore subunit OKP1 ...デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Centromere-binding protein 1 / Inner kinetochore subunit IML3 / Inner kinetochore subunit AME1 / Inner kinetochore subunit CHL4 / Inner kinetochore subunit CNN1 / Inner kinetochore subunit MCM22 / Inner kinetochore subunit OKP1 / Inner kinetochore subunit CTF19 / Inner kinetochore subunit NKP2 / Inner kinetochore subunit MCM21 / Inner kinetochore subunit MCM16 / Inner kinetochore subunit NKP1 / Inner kinetochore subunit CTF3 / Inner kinetochore subunit WIP1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Dendooven, T.D. / Zhang, Z. / Yang, J. / McLaughlin, S. / Schwabb, J. / Scheres, S. / Yatskevich, S. / Barford, D.
資金援助 英国, ドイツ, 4件
組織認可番号国
UK Research and Innovation (UKRI)MC_UP_1201/6 英国
Cancer Research UKC576/A14109 英国
UK Research and Innovation (UKRI)MC_UP_ A025_1013 英国
Boehringer Ingelheim Fonds (BIF) ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the complete inner kinetochore of the budding yeast point centromere.
著者: Tom Dendooven / Ziguo Zhang / Jing Yang / Stephen H McLaughlin / Johannes Schwab / Sjors H W Scheres / Stanislau Yatskevich / David Barford /
要旨: The point centromere of budding yeast specifies assembly of the large kinetochore complex to mediate chromatid segregation. Kinetochores comprise the centromere-associated inner kinetochore (CCAN) ...The point centromere of budding yeast specifies assembly of the large kinetochore complex to mediate chromatid segregation. Kinetochores comprise the centromere-associated inner kinetochore (CCAN) complex and the microtubule-binding outer kinetochore KNL1-MIS12-NDC80 (KMN) network. The budding yeast inner kinetochore also contains the DNA binding centromere-binding factor 1 (CBF1) and CBF3 complexes. We determined the cryo-electron microscopy structure of the yeast inner kinetochore assembled onto the centromere-specific centromere protein A nucleosomes (CENP-A). This revealed a central CENP-A with extensively unwrapped DNA ends. These free DNA duplexes bind two CCAN protomers, one of which entraps DNA topologically, positioned on the centromere DNA element I (CDEI) motif by CBF1. The two CCAN protomers are linked through CBF3 forming an arch-like configuration. With a structural mechanism for how CENP-A can also be linked to KMN involving only CENP-QU, we present a model for inner kinetochore assembly onto a point centromere and how it organizes the outer kinetochore for chromosome attachment to the mitotic spindle.
履歴
登録2023年4月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centromere-binding protein 1
B: Centromere-binding protein 1
D: C0N3 DNA
H: Inner kinetochore subunit MCM16
I: Inner kinetochore subunit CTF3
K: Inner kinetochore subunit MCM22
L: Inner kinetochore subunit IML3
N: Inner kinetochore subunit CHL4
O: Inner kinetochore subunit MCM21
P: Inner kinetochore subunit CTF19
Q: Inner kinetochore subunit OKP1
T: Inner kinetochore subunit CNN1
U: Inner kinetochore subunit AME1
W: Inner kinetochore subunit WIP1
Y: Inner kinetochore subunit NKP1
Z: Inner kinetochore subunit NKP2
E: C0N3 DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)654,57717
ポリマ－654,57717
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area98070 Å2
ΔGint-640 kcal/mol
Surface area157540 Å2
手法PISA

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Centromere-binding protein 1 / CBP-1 / Centromere promoter factor 1 / Centromere-binding factor 1


分子量: 39444.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CBF1, CEP1, CP1, CPF1, YJR060W, J1730 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P17106

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DNA鎖 , 2種, 2分子 DE

#2: DNA鎖 C0N3 DNA


分子量: 47194.199 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
#16: DNA鎖 C0N3 DNA


分子量: 47239.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
Inner kinetochore subunit ... , 13種, 13分子 HIKLNOPQTUWYZ

#3: タンパク質 Inner kinetochore subunit MCM16 / CENP-H homolog / Constitutive centromere-associated network protein MCM16 / Minichromosome ...CENP-H homolog / Constitutive centromere-associated network protein MCM16 / Minichromosome maintenance protein 16


分子量: 21166.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM16, YPR046W / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12262
#4: タンパク質 Inner kinetochore subunit CTF3 / CENP-I homolog / Chromosome loss protein 3 / Chromosome transmission fidelity protein 3 / ...CENP-I homolog / Chromosome loss protein 3 / Chromosome transmission fidelity protein 3 / Constitutive centromere-associated network protein CTF3


分子量: 84345.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CTF3, CHL3, YLR381W / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12748
#5: タンパク質 Inner kinetochore subunit MCM22 / CENP-K homolog / Constitutive centromere-associated network protein MCM22 / Minichromosome ...CENP-K homolog / Constitutive centromere-associated network protein MCM22 / Minichromosome maintenance protein 22


分子量: 27602.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM22, YJR135C, J2122 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P47167
#6: タンパク質 Inner kinetochore subunit IML3 / CENP-L homolog / Constitutive centromere-associated network protein IML3 / Increased minichromosome ...CENP-L homolog / Constitutive centromere-associated network protein IML3 / Increased minichromosome loss protein 3 / Minichromosome maintenance protein 19


分子量: 28093.223 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: IML3, MCM19, YBR107C, YBR0836 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P38265
#7: タンパク質 Inner kinetochore subunit CHL4 / CENP-N homolog / Chromosome loss protein 4 / Chromosome transmission fidelity protein 17 / ...CENP-N homolog / Chromosome loss protein 4 / Chromosome transmission fidelity protein 17 / Constitutive centromere-associated network protein CHL4 / Minichromosome maintenance protein 17


分子量: 52743.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CHL4, CTF17, MCM17, YDR254W, YD9320A.04 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P38907
#8: タンパク質 Inner kinetochore subunit MCM21 / CENP-O homolog / Chromosome transmission fidelity protein 5 / Constitutive centromere-associated ...CENP-O homolog / Chromosome transmission fidelity protein 5 / Constitutive centromere-associated network protein MCM21 / Minichromosome maintenance protein 21


分子量: 43028.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM21, CTF5, YDR318W / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q06675
#9: タンパク質 Inner kinetochore subunit CTF19 / CENP-P homolog / Chromosome transmission fidelity protein 19 / Constitutive centromere-associated ...CENP-P homolog / Chromosome transmission fidelity protein 19 / Constitutive centromere-associated network protein CTF19 / Minichromosome maintenance protein 18


分子量: 42841.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CTF19, MCM18, YPL018W, LPB13W / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q02732
#10: タンパク質 Inner kinetochore subunit OKP1 / CENP-Q homolog / Constitutive centromere-associated network protein OKP1 / Outer kinetochore protein 1


分子量: 47427.246 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: OKP1, YGR179C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P53298
#11: タンパク質 Inner kinetochore subunit CNN1 / CENP-T homolog / Co-purified with NNF1 protein 1 / Constitutive centromere-associated network protein CNN1


分子量: 41359.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CNN1, YFR046C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P43618
#12: タンパク質 Inner kinetochore subunit AME1 / Associated with microtubules and essential protein 1 / CENP-U homolog / Constitutive centromere- ...Associated with microtubules and essential protein 1 / CENP-U homolog / Constitutive centromere-associated network protein AME1


分子量: 37506.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: AME1, ARP100, YBR211C, YBR1458 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P38313
#13: タンパク質 Inner kinetochore subunit WIP1 / CENP-W homolog / Constitutive centromere-associated network protein WIP1 / W-like protein 1


分子量: 10255.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: WIP1, YDR374W-A / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q2V2P8
#14: タンパク質 Inner kinetochore subunit NKP1 / Constitutive centromere-associated network protein NKP1 / Non-essential kinetochore protein 1


分子量: 27006.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NKP1, YDR383C / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q12493
#15: タンパク質 Inner kinetochore subunit NKP2 / Constitutive centromere-associated network protein NKP2 / Non-essential kinetochore protein 2


分子量: 17877.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NKP2, YLR315W / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q06162

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: A complex of CBF1-CCAN bound to centromeric C0N3 DNA
タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.18.2_3874: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 43467 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00429063
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.75139445
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d18.5894183
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0454533
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0054819

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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