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万見
- PDB-8jw0: PSI-AcpPCI supercomplex from Amphidinium carterae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8jw0
タイトルPSI-AcpPCI supercomplex from Amphidinium carterae
要素
  • (Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I- ...) x 17
  • (Photosystem I ...光化学系I) x 11
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / Photosysrem I / Dinoflagellate
機能・相同性
機能・相同性情報


Β-カロテン / クロロフィルa / Chem-DD6 / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chlorophyll c1 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / ペリジニン / フィロキノン / 鉄・硫黄クラスター ...Β-カロテン / クロロフィルa / Chem-DD6 / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG) / Chlorophyll c1 / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE / ペリジニン / フィロキノン / 鉄・硫黄クラスター / Chem-SQD / :
類似検索 - 構成要素
生物種Amphidinium carterae (真核生物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Li, Z.H. / Li, X.Y. / Wang, W.D.
資金援助 中国, 8件
組織認可番号国
Chinese Academy of Sciences2021YFA1300403 中国
Chinese Academy of Sciences2019YFA0906300 中国
Chinese Academy of SciencesXDA26050402 中国
Chinese Academy of SciencesXDB17000000 中国
Chinese Academy of Sciences2020081 中国
Chinese Academy of SciencesJCTD-2020-06 中国
Chinese Academy of Sciences31970260 中国
Chinese Academy of Sciences32222007 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2024
タイトル: Structures and organizations of PSI-AcpPCI supercomplexes from red tidal and coral symbiotic photosynthetic dinoflagellates.
著者: Xiaoyi Li / Zhenhua Li / Fangfang Wang / Songhao Zhao / Caizhe Xu / Zhiyuan Mao / Jialin Duan / Yue Feng / Yang Yang / Lili Shen / Guanglei Wang / Yanyan Yang / Long-Jiang Yu / Min Sang / ...著者: Xiaoyi Li / Zhenhua Li / Fangfang Wang / Songhao Zhao / Caizhe Xu / Zhiyuan Mao / Jialin Duan / Yue Feng / Yang Yang / Lili Shen / Guanglei Wang / Yanyan Yang / Long-Jiang Yu / Min Sang / Guangye Han / Xuchu Wang / Tingyun Kuang / Jian-Ren Shen / Wenda Wang /
要旨: Marine photosynthetic dinoflagellates are a group of successful phytoplankton that can form red tides in the ocean and also symbiosis with corals. These features are closely related to the ...Marine photosynthetic dinoflagellates are a group of successful phytoplankton that can form red tides in the ocean and also symbiosis with corals. These features are closely related to the photosynthetic properties of dinoflagellates. We report here three structures of photosystem I (PSI)-chlorophylls (Chls) /-peridinin protein complex (PSI-AcpPCI) from two species of dinoflagellates by single-particle cryoelectron microscopy. The crucial PsaA/B subunits of a red tidal dinoflagellate are remarkably smaller and hence losing over 20 pigment-binding sites, whereas its PsaD/F/I/J/L/M/R subunits are larger and coordinate some additional pigment sites compared to other eukaryotic photosynthetic organisms, which may compensate for the smaller PsaA/B subunits. Similar modifications are observed in a coral symbiotic dinoflagellate species, where two additional core proteins and fewer AcpPCIs are identified in the PSI-AcpPCI supercomplex. The antenna proteins AcpPCIs in dinoflagellates developed some loops and pigment sites as a result to accommodate the changed PSI core, therefore the structures of PSI-AcpPCI supercomplex of dinoflagellates reveal an unusual protein assembly pattern. A huge pigment network comprising Chls and and various carotenoids is revealed from the structural analysis, which provides the basis for our deeper understanding of the energy transfer and dissipation within the PSI-AcpPCI supercomplex, as well as the evolution of photosynthetic organisms.
履歴
登録2023年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02024年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
a: Photosystem I PsaA
b: Photosystem I PsaB
c: Photosystem I PsaC
d: Photosystem I PsaD
e: Photosystem I PsaE
f: Photosystem I PsaF
h: Photosystem I PsaR
i: Photosystem I PsaI
j: Photosystem I PsaJ
l: Photosystem I PsaL
m: Photosystem I PsaM
A: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-10, acpPCI-10
G: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-8, acpPCI-8
I: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-7, acpPCI-7
K: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-6, acpPCI-6
F: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-2, acpPCI-2
J: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-3, acpPCI-3
M: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-4, acpPCI-4
L: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-5, acpPCI-5
D: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-9, acpPCI-9
B: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-11, acpPCI-11
H: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-12, acpPCI-12
N: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-13, acpPCI-13
O: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-15, acpPCI-15
T: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-16, acpPCI-16
Q: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-17, acpPCI-17
C: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-16, acpPCI-16
P: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-14, acpPCI-14
E: Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-1, acpPCI-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)931,225440
ポリマ－614,00129
非ポリマー317,224411
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Photosystem I ... , 11種, 11分子 abcdefhijlm

#1: タンパク質 Photosystem I PsaA / 光化学系I


分子量: 70529.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amphidinium carterae (真核生物)
#2: タンパク質 Photosystem I PsaB / 光化学系I


分子量: 67962.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amphidinium carterae (真核生物)
#3: タンパク質 Photosystem I PsaC / 光化学系I


分子量: 9409.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amphidinium carterae (真核生物)
#4: タンパク質 Photosystem I PsaD / 光化学系I


分子量: 28754.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amphidinium carterae (真核生物)
#5: タンパク質 Photosystem I PsaE / 光化学系I


分子量: 8617.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amphidinium carterae (真核生物)
#6: タンパク質 Photosystem I PsaF / 光化学系I


分子量: 20761.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amphidinium carterae (真核生物)
#7: タンパク質 Photosystem I PsaR / 光化学系I


分子量: 14937.079 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amphidinium carterae (真核生物)
#8: タンパク質 Photosystem I PsaI / 光化学系I


分子量: 14184.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amphidinium carterae (真核生物)
#9: タンパク質 Photosystem I PsaJ / 光化学系I


分子量: 7757.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amphidinium carterae (真核生物)
#10: タンパク質 Photosystem I PsaL / 光化学系I


分子量: 27994.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amphidinium carterae (真核生物)
#11: タンパク質 Photosystem I PsaM / 光化学系I


分子量: 9634.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amphidinium carterae (真核生物)

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Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I- ... , 17種, 18分子 AGIKFJMLDBHNOTCQPE

#12: タンパク質 Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-10, acpPCI-10


分子量: 19554.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amphidinium carterae (真核生物)
#13: タンパク質 Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-8, acpPCI-8


分子量: 23780.170 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amphidinium carterae (真核生物)
#14: タンパク質 Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-7, acpPCI-7


分子量: 21347.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amphidinium carterae (真核生物)
#15: タンパク質 Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-6, acpPCI-6


分子量: 19171.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amphidinium carterae (真核生物)
#16: タンパク質 Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-2, acpPCI-2


分子量: 19335.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amphidinium carterae (真核生物)
#17: タンパク質 Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-3, acpPCI-3


分子量: 18231.799 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amphidinium carterae (真核生物)
#18: タンパク質 Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-4, acpPCI-4


分子量: 18956.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amphidinium carterae (真核生物)
#19: タンパク質 Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-5, acpPCI-5


分子量: 20585.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amphidinium carterae (真核生物)
#20: タンパク質 Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-9, acpPCI-9


分子量: 17068.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amphidinium carterae (真核生物)
#21: タンパク質 Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-11, acpPCI-11


分子量: 19562.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amphidinium carterae (真核生物)
#22: タンパク質 Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-12, acpPCI-12


分子量: 17109.432 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amphidinium carterae (真核生物)
#23: タンパク質 Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-13, acpPCI-13


分子量: 17119.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amphidinium carterae (真核生物)
#24: タンパク質 Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-15, acpPCI-15


分子量: 17422.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amphidinium carterae (真核生物)
#25: タンパク質 Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-16, acpPCI-16


分子量: 17109.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amphidinium carterae (真核生物)
#26: タンパク質 Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-17, acpPCI-17


分子量: 17357.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amphidinium carterae (真核生物)
#27: タンパク質 Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-14, acpPCI-14


分子量: 17355.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amphidinium carterae (真核生物)
#28: タンパク質 Chlorophyll a-chlorophyll c-peridinin-protein-complex I-1, acpPCI-1


分子量: 15280.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Amphidinium carterae (真核生物)

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糖 , 1種, 8分子

#35: 糖
ChemComp-DGD / DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)


タイプ: saccharide炭水化物 / 分子量: 949.299 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C51H96O15 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

-
非ポリマー , 11種, 403分子

#29: 化合物...
ChemComp-CLA / CHLOROPHYLL A / クロロフィルa


分子量: 893.489 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H72MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#30: 化合物 ChemComp-PQN / PHYLLOQUINONE / VITAMIN K1 / 2-METHYL-3-PHYTYL-1,4-NAPHTHOQUINONE / フィロキノン / フィロキノン


分子量: 450.696 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H46O2
#31: 化合物 ChemComp-LHG / 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE / ジパルミトイルホスファチジルグリセロ-ル / Phosphatidylglycerol


分子量: 722.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H75O10P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: リン脂質*YM
#32: 化合物
ChemComp-BCR / BETA-CAROTENE / β-カロチン / Β-カロテン


分子量: 536.873 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H56 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#33: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 351.640 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#34: 化合物
ChemComp-LMG / 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE


分子量: 787.158 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C45H86O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#36: 化合物...
ChemComp-DD6 / (3S,3'R,5R,6S,7cis)-7',8'-didehydro-5,6-dihydro-5,6-epoxy-beta,beta-carotene-3,3'-diol / Diadinoxanthin / ジアジノキサンチン


分子量: 582.855 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H54O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#37: 化合物...
ChemComp-PID / PERIDININ / ペリジニン


分子量: 630.810 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H50O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#38: 化合物
ChemComp-UIX / [(1~{S},5~{R})-3,3,5-trimethyl-5-oxidanyl-4-[(3~{E},5~{E},7~{E},9~{E},11~{E},13~{E},15~{E},17~{E})-3,7,12,16-tetramethyl-18-[(1~{S},4~{S},6~{R})-2,2,6-trimethyl-4-oxidanyl-7-oxabicyclo[4.1.0]heptan-1-yl]octadeca-1,3,5,7,9,11,13,15,17-nonaenylidene]cyclohexyl] ethanoate / Dinoxanthin


分子量: 642.907 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H58O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#39: 化合物...
ChemComp-KC1 / Chlorophyll c1 / Chlorophyll c


分子量: 610.941 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: C35H30MgN4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#40: 化合物 ChemComp-SQD / 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL / SULFOQUINOVOSYLDIACYLGLYCEROL / (2S)-1-O,2-O-ジパルミトイル-3-O-(6-スルホ-6-デオキシ-α-D-グルコピラノシル)グリセロ-ル


分子量: 795.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78O12S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: PSI-AcpPCI supercomplex from Amphidinium carterae / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#24, #26, #25, #27-#28 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Amphidinium carterae (真核生物)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 BASE (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 356838 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00666688
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.47295434
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.34521907
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0498201
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00512212

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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