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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8iyl | ||||||
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タイトル | Tail tip conformation 2 of phage lambda tail | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Bacteriophage (ファージ) / caudovirales (カウドウイルス) / siphoviridae (サイフォウイルス科) / tail complex (尾) / delivery device / macromolecular assembly / phage lambda / cryo-EM (低温電子顕微鏡法) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 virus tail, tube / symbiont genome ejection through host cell envelope, long flexible tail mechanism / viral tail assembly / virus tail / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / host cell cytoplasm / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / receptor-mediated virion attachment to host cell / virion attachment to host cell / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia phage lambda (λファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, J.W. / Wang, C. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2024 タイトル: Architecture of the bacteriophage lambda tail. 著者: Chang Wang / Jinsong Duan / Zhiwei Gu / Xiaofei Ge / Jianwei Zeng / Jiawei Wang / 要旨: Bacteriophage lambda has a double-stranded DNA genome and a long, flexible, non-contractile tail encoded by a contiguous block of 11 genes downstream of the head genes. The tail allows host ...Bacteriophage lambda has a double-stranded DNA genome and a long, flexible, non-contractile tail encoded by a contiguous block of 11 genes downstream of the head genes. The tail allows host recognition and delivery of viral DNA from the head shell to the cytoplasm of the infected cell. Here, we present a high-resolution structure of the tail complex of bacteriophage lambda determined by cryoelectron microscopy. Most component proteins of the lambda tail were determined at the atomic scale. The structure sheds light on the molecular organization of the extensively studied tail of bacteriophage lambda. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8iyl.cif.gz | 1.9 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8iyl.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8iyl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/8iyl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iy/8iyl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 35825MC 8iydC 8iykC 8jvmC 8kgeC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このデータのモデリングに利用したマップデータ |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Tail tip protein ... , 2種, 9分子 MmDFXZLGd
#1: タンパク質 | 分子量: 12547.373 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia phage lambda (λファージ) 遺伝子: M, lambdap17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03737 #3: タンパク質 | 分子量: 25730.578 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia phage lambda (λファージ) 遺伝子: L, lambdap18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03738 |
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-タンパク質 , 4種, 33分子 JEYHKeINfVvBbAaCcOPQRSTUWghijk...
#2: タンパク質 | 分子量: 124550.625 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia phage lambda (λファージ) 遺伝子: J, lambdap21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03749 #4: タンパク質 | 分子量: 92393.430 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia phage lambda (λファージ) 遺伝子: H, lambdap16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03736 #5: タンパク質 | 分子量: 23146.590 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia phage lambda (λファージ) 遺伝子: I, lambdap20 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03730 #6: タンパク質 | 分子量: 25831.779 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia phage lambda (λファージ) 遺伝子: V, lambdap13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03733 |
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-非ポリマー , 1種, 3分子
#7: 化合物 |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Tail tip conformation 2 of phage lambda tail / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#6 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia phage lambda (λファージ) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 54547 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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