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- PDB-8iei: Cryo-EM structure of GPR156A/B of G-protein free GPR156 (local refine) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8iei
タイトルCryo-EM structure of GPR156A/B of G-protein free GPR156 (local refine)
要素Probable G-protein coupled receptor 156
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / G-protein coupled receptor (Gタンパク質共役受容体) / Signal transduction (シグナル伝達) / Phospholipid (リン脂質)
機能・相同性
機能・相同性情報


G protein-coupled GABA receptor activity / G protein-coupled receptor heterodimeric complex / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
GPR156, 7TM domain / GPCR family 3, GABA-B receptor / GPCR family 3, C-terminal / 7 transmembrane sweet-taste receptor of 3 GCPR / G-protein coupled receptors family 3 profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Probable G-protein coupled receptor 156
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Shin, J. / Park, J. / Cho, Y.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Korea)2021R1A2C301335711 韓国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2024
タイトル: Constitutive activation mechanism of a class C GPCR.
著者: Jinwoo Shin / Junhyeon Park / Jieun Jeong / Jordy Homing Lam / Xingyu Qiu / Di Wu / Kuglae Kim / Joo-Youn Lee / Carol V Robinson / Jaekyung Hyun / Vsevolod Katritch / Kwang Pyo Kim / Yunje Cho /
要旨: Class C G-protein-coupled receptors (GPCRs) are activated through binding of agonists to the large extracellular domain (ECD) followed by rearrangement of the transmembrane domains (TMDs). GPR156, a ...Class C G-protein-coupled receptors (GPCRs) are activated through binding of agonists to the large extracellular domain (ECD) followed by rearrangement of the transmembrane domains (TMDs). GPR156, a class C orphan GPCR, is unique because it lacks an ECD and exhibits constitutive activity. Impaired GPR156-G signaling contributes to loss of hearing. Here we present the cryo-electron microscopy structures of human GPR156 in the G-free and G-coupled states. We found that an endogenous phospholipid molecule is located within each TMD of the GPR156 dimer. Asymmetric binding of Gα to the phospholipid-bound GPR156 dimer restructures the first and second intracellular loops and the carboxy-terminal part of the elongated transmembrane 7 (TM7) without altering dimer conformation. Our findings reveal that GPR156 is a transducer for phospholipid signaling. Constant binding of abundant phospholipid molecules and the G-protein-induced reshaping of the cytoplasmic face provide a basis for the constitutive activation of GPR156.
履歴
登録2023年2月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 2.02024年3月6日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id
改定 2.12024年5月1日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable G-protein coupled receptor 156
B: Probable G-protein coupled receptor 156
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,7774
ポリマ－131,2572
非ポリマー1,5202
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Probable G-protein coupled receptor 156 / G-protein coupled receptor PGR28 / GABAB-related G-protein coupled receptor


分子量: 65628.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GPR156 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8NFN8
#2: 化合物 ChemComp-A1LYA / [(2R)-3-[(E)-hexadec-9-enoyl]oxy-2-octadecanoyloxy-propyl] 2-(trimethylazaniumyl)ethyl phosphate


分子量: 760.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H82NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: GPR156A/B / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 131.2 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: その他 / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 64 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 493410 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0049081
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.67812320
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d17.7011328
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0451518
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0071433

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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