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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8hlb | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of biparatopic antibody Bp109-92 in complex with TNFR2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / TNFR2 / biparatopic antibody / antagonist (受容体拮抗薬) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glial cell-neuron signaling / regulation of cytokine production involved in immune response / tumor necrosis factor receptor superfamily complex / pulmonary valve development / RNA destabilization / aortic valve development / tumor necrosis factor receptor activity / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / regulation of T cell cytokine production ...glial cell-neuron signaling / regulation of cytokine production involved in immune response / tumor necrosis factor receptor superfamily complex / pulmonary valve development / RNA destabilization / aortic valve development / tumor necrosis factor receptor activity / negative regulation of extracellular matrix constituent secretion / positive regulation of apoptotic process involved in morphogenesis / regulation of T cell cytokine production / varicosity / negative regulation of neuroinflammatory response / tumor necrosis factor binding / TNFs bind their physiological receptors / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / positive regulation of myelination / regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / regulation of myelination / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / detection of maltose stimulus / maltose binding / maltose transport complex / regulation of T cell proliferation / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / Interleukin-10 signaling / carbohydrate transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / carbohydrate transport / specific granule membrane / extrinsic apoptotic signaling pathway / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / cellular response to growth factor stimulus / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / outer membrane-bounded periplasmic space / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cellular response to lipopolysaccharide / ペリプラズム / 免疫応答 / 炎症 / 脂質ラフト / neuronal cell body / DNA damage response / ubiquitin protein ligase binding / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.63 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Akiba, H. / Fujita, J. / Ise, T. / Nishiyama, K. / Miyata, T. / Kato, T. / Namba, K. / Ohno, H. / Kamada, H. / Nagata, S. / Tsumoto, K. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 日本, 10件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023 タイトル: Development of a 1:1-binding biparatopic anti-TNFR2 antagonist by reducing signaling activity through epitope selection. 著者: Hiroki Akiba / Junso Fujita / Tomoko Ise / Kentaro Nishiyama / Tomoko Miyata / Takayuki Kato / Keiichi Namba / Hiroaki Ohno / Haruhiko Kamada / Satoshi Nagata / Kouhei Tsumoto / 要旨: Conventional bivalent antibodies against cell surface receptors often initiate unwanted signal transduction by crosslinking two antigen molecules. Biparatopic antibodies (BpAbs) bind to two different ...Conventional bivalent antibodies against cell surface receptors often initiate unwanted signal transduction by crosslinking two antigen molecules. Biparatopic antibodies (BpAbs) bind to two different epitopes on the same antigen, thus altering crosslinking ability. In this study, we develop BpAbs against tumor necrosis factor receptor 2 (TNFR2), which is an attractive immune checkpoint target. Using different pairs of antibody variable regions specific to topographically distinct TNFR2 epitopes, we successfully regulate the size of BpAb-TNFR2 immunocomplexes to result in controlled agonistic activities. Our series of results indicate that the relative positions of the two epitopes recognized by the BpAb are critical for controlling its signaling activity. One particular antagonist, Bp109-92, binds TNFR2 in a 1:1 manner without unwanted signal transduction, and its structural basis is determined using cryo-electron microscopy. This antagonist suppresses the proliferation of regulatory T cells expressing TNFR2. Therefore, the BpAb format would be useful in designing specific and distinct antibody functions. | |||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8hlb.cif.gz | 189.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8hlb.ent.gz | 141.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8hlb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/8hlb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hl/8hlb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 34871MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60447.305 Da / 分子数: 1 / 変異: A490V / 由来タイプ: 組換発現 詳細: fusion protein of TNFR2 from human fused with MalE from E.Coli K-12 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 遺伝子: TNFRSF1B, TNFBR, TNFR2, malE, b4034, JW3994 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20333, UniProt: P0AEX9 |
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#2: 抗体 | 分子量: 25080.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#3: 抗体 | 分子量: 23852.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#4: 抗体 | 分子量: 25543.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
#5: 抗体 | 分子量: 23590.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Cryo-EM structure of biparatopic antibody Bp109-92 in complex with TNFR2 タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 1x PBS |
試料 | 濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: 20 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL CRYO ARM 300 |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 60000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN / 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER |
撮影 | 平均露光時間: 4.9 sec. / 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 2218071 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.63 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 100391 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 3ALQ PDB chain-ID: A / Accession code: 3ALQ / Source name: PDB / タイプ: experimental model | ||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 60.28 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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