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万見
- PDB-8hgs: The EGF-bound EGFR ectodomain homodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8hgs
タイトルThe EGF-bound EGFR ectodomain homodimer
要素
  • Epidermal growth factor receptor上皮成長因子受容体
  • Pro-epidermal growth factor
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of secretion / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / negative regulation of cholesterol efflux / positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / cerebellar granule cell precursor proliferation / regulation of calcium ion import / positive regulation of protein localization to early endosome / regulation of protein localization to cell surface / positive regulation of epithelial tube formation / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process ...negative regulation of secretion / positive regulation of hyaluronan biosynthetic process / negative regulation of cholesterol efflux / positive regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / cerebellar granule cell precursor proliferation / regulation of calcium ion import / positive regulation of protein localization to early endosome / regulation of protein localization to cell surface / positive regulation of epithelial tube formation / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to hydroxyisoflavone / multivesicular body, internal vesicle lumen / positive regulation of prolactin secretion / negative regulation of cardiocyte differentiation / positive regulation of protein kinase C activity / diterpenoid metabolic process / Shc-EGFR complex / 月経周期 / regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Inhibition of Signaling by Overexpressed EGFR / epidermal growth factor receptor activity / EGFR interacts with phospholipase C-gamma / positive regulation of mucus secretion / response to UV-A / epidermal growth factor binding / PLCG1 events in ERBB2 signaling / tongue development / midgut development / ERBB2-EGFR signaling pathway / hydrogen peroxide metabolic process / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / PTK6 promotes HIF1A stabilization / digestive tract morphogenesis / regulation of nitric-oxide synthase activity / epidermal growth factor receptor binding / ERBB2 Activates PTK6 Signaling / morphogenesis of an epithelial fold / intracellular vesicle / branching morphogenesis of an epithelial tube / Signaling by EGFR / response to cobalamin / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activator activity / protein tyrosine kinase activator activity / regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / Signaling by ERBB4 / eyelid development in camera-type eye / protein insertion into membrane / cerebral cortex cell migration / ERBB2 Regulates Cell Motility / regulation of JNK cascade / positive regulation of receptor internalization / activation of phospholipase C activity / positive regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / PI3K events in ERBB2 signaling / negative regulation of mitotic cell cycle / hair follicle development / MAP kinase kinase kinase activity / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / embryonic placenta development / positive regulation of bone resorption / mammary gland alveolus development / GAB1 signalosome / positive regulation of DNA binding / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / salivary gland morphogenesis / regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / peptidyl-tyrosine autophosphorylation / positive regulation of glial cell proliferation / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of vasoconstriction / Signaling by ERBB2 / cellular response to epidermal growth factor stimulus / ERK1 and ERK2 cascade / cellular response to cadmium ion / GRB2 events in EGFR signaling / SHC1 events in EGFR signaling / positive regulation of DNA repair / EGFR Transactivation by Gastrin / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / positive regulation of endothelial cell proliferation / GRB2 events in ERBB2 signaling / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / 神経発生 / SHC1 events in ERBB2 signaling / cellular response to dexamethasone stimulus / 骨化 / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / basal plasma membrane / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / guanyl-nucleotide exchange factor activity / positive regulation of mitotic nuclear division / neuron projection morphogenesis / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of superoxide anion generation / platelet alpha granule lumen / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / positive regulation of DNA replication / epithelial cell proliferation
類似検索 - 分子機能
Pro-epidermal growth factor / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Calcium-binding EGF domain / : / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 ...Pro-epidermal growth factor / Low-density lipoprotein receptor repeat class B / LDL-receptor class B (LDLRB) repeat profile. / LDLR class B repeat / Low-density lipoprotein-receptor YWTD domain / Calcium-binding EGF domain / : / Epidermal growth factor receptor transmembrane-juxtamembrane segment / Tyrosine protein kinase, EGF/ERB/XmrK receptor / Growth factor receptor domain 4 / Growth factor receptor domain IV / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Coagulation Factor Xa inhibitory site / Receptor L-domain / Furin-like cysteine-rich domain / Receptor L-domain superfamily / Furin-like cysteine rich region / Receptor L domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF様ドメイン / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Furin-like repeat / Furin-like repeats / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF様ドメイン / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
上皮成長因子受容体 / Pro-epidermal growth factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.81 Å
データ登録者Zhang, Z. / Bai, X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32171201 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2023
タイトル: Structure and dynamics of the EGFR/HER2 heterodimer.
著者: Xue Bai / Pengyu Sun / Xinghao Wang / Changkun Long / Shuyun Liao / Song Dang / Shangshang Zhuang / Yongtao Du / Xinyi Zhang / Nan Li / Kangmin He / Zhe Zhang /
要旨: HER2 belongs to the human epidermal growth factor receptor tyrosine kinase family. Its overexpression or hyperactivation is a leading cause for multiple types of cancers. HER2 functions mainly ...HER2 belongs to the human epidermal growth factor receptor tyrosine kinase family. Its overexpression or hyperactivation is a leading cause for multiple types of cancers. HER2 functions mainly through dimerization with other family members, such as EGFR. However, the molecular details for heterodimer assembly have not been completely understood. Here, we report cryo-EM structures of the EGF- and epiregulin-bound EGFR/HER2 ectodomain complexes at resolutions of 3.3 Å and 4.5 Å, respectively. Together with the functional analyses, we demonstrate that only the dimerization arm of HER2, but not that of EGFR, is essential for their heterodimer formation and signal transduction. Moreover, we analyze the differential membrane dynamics and transient interactions of endogenous EGFR and HER2 molecules in genome-edited cells using single-molecule live-cell imaging. Furthermore, we show that the interaction with HER2 could allow EGFR to resist endocytosis. Together, this work deepens our understanding of the unique structural properties and dynamics of the EGFR/HER2 complex.
履歴
登録2022年11月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02023年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epidermal growth factor receptor
C: Pro-epidermal growth factor
D: Pro-epidermal growth factor
B: Epidermal growth factor receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,64410
ポリマ－175,2614
非ポリマー2,3826
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area13390 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area62860 Å2

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要素

#1: タンパク質 Epidermal growth factor receptor / 上皮成長因子受容体 / Proto-oncogene c-ErbB-1 / Receptor tyrosine-protein kinase erbB-1


分子量: 81075.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGFR, ERBB, ERBB1, HER1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293S GnTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P00533, 受容体型チロシンキナーゼ
#2: タンパク質 Pro-epidermal growth factor


分子量: 6555.376 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EGF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01133
#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharideオリゴ糖 / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-3DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b3-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: EGF-bound EGFR ectodomain homodimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#2 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.2 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293S GnTI-
緩衝液pH: 7.5
試料濃度: 4.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 60.8 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
9PHENIXモデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 196557 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00310340
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.73214036
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.1066224
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0551550
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0061820

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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