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万見
- PDB-8f2u: Human CCC complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8f2u
タイトルHuman CCC complex
要素
  • (COMM domain-containing protein ...) x 10
  • (Coiled-coil domain-containing protein ...) x 2
キーワードENDOCYTOSIS (エンドサイトーシス) / endosomal sorting / commander / CCC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of sodium ion transmembrane transport / cytoplasmic sequestering of NF-kappaB / plasma membrane to endosome transport / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / copper ion homeostasis / negative regulation of protein localization to cell surface / Golgi to plasma membrane transport / phosphatidic acid binding / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / endocytic recycling ...negative regulation of sodium ion transmembrane transport / cytoplasmic sequestering of NF-kappaB / plasma membrane to endosome transport / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / copper ion homeostasis / negative regulation of protein localization to cell surface / Golgi to plasma membrane transport / phosphatidic acid binding / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / endocytic recycling / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / sodium channel inhibitor activity / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / Cul2-RING ubiquitin ligase complex / sodium ion transport / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cullin family protein binding / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / intracellular copper ion homeostasis / NF-kappaB binding / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate binding / cholesterol homeostasis / positive regulation of protein ubiquitination / nucleotide-excision repair / recycling endosome / protein transport / Neddylation / cytoplasmic vesicle / secretory granule lumen / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / ficolin-1-rich granule lumen / エンドソーム / endosome membrane / エンドソーム / copper ion binding / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of DNA-templated transcription / 中心体 / Neutrophil degranulation / ゴルジ体 / protein homodimerization activity / extracellular region / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
COMM domain-containing protein 2 / COMM domain-containing protein 3 / COMM domain-containing protein 4 / : / COMMD1 N-terminal domain / COMM domain-containing protein 1 / COMM domain-containing protein 5 / COMM domain-containing protein 7 / COMM domain-containing protein 10 / : ...COMM domain-containing protein 2 / COMM domain-containing protein 3 / COMM domain-containing protein 4 / : / COMMD1 N-terminal domain / COMM domain-containing protein 1 / COMM domain-containing protein 5 / COMM domain-containing protein 7 / COMM domain-containing protein 10 / : / COMMD1 N-terminal domain / COMMD protein HN domain / Coiled-coil domain-containing protein 22 / CCDC93, coiled-coil domain / Coiled-coil domain-containing protein 93 / : / : / : / CCDC22 protein coiled-coil region / CCDC93 coiled-coil domain / CCDC93 protein N-terminal domain / CCDC22 protein N-terminal domain / COMM domain-containing protein 9 / : / COMMD9, N-terminal domain / COMM domain / COMM domain / COMM domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Coiled-coil domain-containing protein 22 / Coiled-coil domain-containing protein 93 / COMM domain-containing protein 6 / COMM domain-containing protein 7 / COMM domain-containing protein 2 / COMM domain-containing protein 1 / COMM domain-containing protein 5 / COMM domain-containing protein 4 / COMM domain-containing protein 8 / COMM domain-containing protein 9 ...Coiled-coil domain-containing protein 22 / Coiled-coil domain-containing protein 93 / COMM domain-containing protein 6 / COMM domain-containing protein 7 / COMM domain-containing protein 2 / COMM domain-containing protein 1 / COMM domain-containing protein 5 / COMM domain-containing protein 4 / COMM domain-containing protein 8 / COMM domain-containing protein 9 / COMM domain-containing protein 3 / COMM domain-containing protein 10
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.53 Å
データ登録者Healy, M.D. / McNally, K.E. / Butkovic, R. / Chilton, M. / Kato, K. / Sacharz, J. / McConville, C. / Moody, E.R.R. / Shaw, S. / Planelles-Herrero, V.J. ...Healy, M.D. / McNally, K.E. / Butkovic, R. / Chilton, M. / Kato, K. / Sacharz, J. / McConville, C. / Moody, E.R.R. / Shaw, S. / Planelles-Herrero, V.J. / Kadapalakere, S.Y. / Ross, J. / Borucu, U. / Palmer, C.S. / Chen, K. / Croll, T.I. / Hall, R.J. / Caruana, N.J. / Ghai, R. / Nguyen, T.H.D. / Heesom, K.J. / Saitoh, S. / Berger, I. / Berger-Schaffitzel, C. / Williams, T.A. / Stroud, D.A. / Derivery, E. / Collins, B.M. / Cullen, P.J.
資金援助 英国, オーストラリア, 9件
組織認可番号国
Wellcome Trust104568/Z/14/Z 英国
Wellcome Trust220260/Z/20/Z 英国
Wellcome Trust220480/Z/20/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/L007363/1 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/P018807/1 英国
The Lister Institute of Preventive Medicine 英国
Royal SocietyRSRP/R1/211004 英国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1136021 オーストラリア
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1156493 オーストラリア
引用ジャーナル: Cell / 年: 2023
タイトル: Structure of the endosomal Commander complex linked to Ritscher-Schinzel syndrome.
著者: Michael D Healy / Kerrie E McNally / Rebeka Butkovič / Molly Chilton / Kohji Kato / Joanna Sacharz / Calum McConville / Edmund R R Moody / Shrestha Shaw / Vicente J Planelles-Herrero / ...著者: Michael D Healy / Kerrie E McNally / Rebeka Butkovič / Molly Chilton / Kohji Kato / Joanna Sacharz / Calum McConville / Edmund R R Moody / Shrestha Shaw / Vicente J Planelles-Herrero / Sathish K N Yadav / Jennifer Ross / Ufuk Borucu / Catherine S Palmer / Kai-En Chen / Tristan I Croll / Ryan J Hall / Nikeisha J Caruana / Rajesh Ghai / Thi H D Nguyen / Kate J Heesom / Shinji Saitoh / Imre Berger / Christiane Schaffitzel / Tom A Williams / David A Stroud / Emmanuel Derivery / Brett M Collins / Peter J Cullen /
要旨: The Commander complex is required for endosomal recycling of diverse transmembrane cargos and is mutated in Ritscher-Schinzel syndrome. It comprises two sub-assemblies: Retriever composed of VPS35L, ...The Commander complex is required for endosomal recycling of diverse transmembrane cargos and is mutated in Ritscher-Schinzel syndrome. It comprises two sub-assemblies: Retriever composed of VPS35L, VPS26C, and VPS29; and the CCC complex which contains twelve subunits: COMMD1-COMMD10 and the coiled-coil domain-containing (CCDC) proteins CCDC22 and CCDC93. Combining X-ray crystallography, electron cryomicroscopy, and in silico predictions, we have assembled a complete structural model of Commander. Retriever is distantly related to the endosomal Retromer complex but has unique features preventing the shared VPS29 subunit from interacting with Retromer-associated factors. The COMMD proteins form a distinctive hetero-decameric ring stabilized by extensive interactions with CCDC22 and CCDC93. These adopt a coiled-coil structure that connects the CCC and Retriever assemblies and recruits a 16th subunit, DENND10, to form the complete Commander complex. The structure allows mapping of disease-causing mutations and reveals the molecular features required for the function of this evolutionarily conserved trafficking machinery.
履歴
登録2022年11月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COMM domain-containing protein 1
B: COMM domain-containing protein 2
C: COMM domain-containing protein 3
D: COMM domain-containing protein 4
E: COMM domain-containing protein 5
F: COMM domain-containing protein 6
G: COMM domain-containing protein 7
H: COMM domain-containing protein 8
I: COMM domain-containing protein 9
J: COMM domain-containing protein 10
N: Coiled-coil domain-containing protein 93
T: Coiled-coil domain-containing protein 22


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)360,01912
ポリマ－360,01912
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, immunoprecipitation, native gel electrophoresis, mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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COMM domain-containing protein ... , 10種, 10分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質 COMM domain-containing protein 1 / Protein Murr1


分子量: 21203.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COMMD1, C2orf5, MURR1 / 細胞株 (発現宿主): Sf21 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: Q8N668
#2: タンパク質 COMM domain-containing protein 2


分子量: 22776.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COMMD2, HSPC042, My004 / 細胞株 (発現宿主): Sf21 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: Q86X83
#3: タンパク質 COMM domain-containing protein 3 / Protein Bup / Protein PIL


分子量: 22179.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COMMD3, BUP, C10orf8 / 細胞株 (発現宿主): Sf21 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: Q9UBI1
#4: タンパク質 COMM domain-containing protein 4


分子量: 21790.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COMMD4 / 細胞株 (発現宿主): Sf21 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: Q9H0A8
#5: タンパク質 COMM domain-containing protein 5 / Hypertension-related calcium-regulated gene protein / HCaRG


分子量: 28346.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COMMD5, HT002 / 細胞株 (発現宿主): Sf21 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: Q9GZQ3
#6: タンパク質 COMM domain-containing protein 6


分子量: 9648.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COMMD6, MSTP076 / 細胞株 (発現宿主): Sf21 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: Q7Z4G1
#7: タンパク質 COMM domain-containing protein 7


分子量: 22561.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COMMD7, C20orf92 / 細胞株 (発現宿主): Sf21 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: Q86VX2
#8: タンパク質 COMM domain-containing protein 8


分子量: 21116.342 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COMMD8, MDS022 / 細胞株 (発現宿主): Sf21 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: Q9NX08
#9: タンパク質 COMM domain-containing protein 9


分子量: 21844.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COMMD9, HSPC166 / 細胞株 (発現宿主): Sf21 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: Q9P000
#10: タンパク質 COMM domain-containing protein 10


分子量: 24376.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: COMMD10, HSPC305, PTD002 / 細胞株 (発現宿主): Sf21 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: Q9Y6G5

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Coiled-coil domain-containing protein ... , 2種, 2分子 NT

#11: タンパク質 Coiled-coil domain-containing protein 93


分子量: 73319.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCDC93 / 細胞株 (発現宿主): Sf21 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: Q567U6
#12: タンパク質 Coiled-coil domain-containing protein 22


分子量: 70856.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCDC22, CXorf37, JM1 / 細胞株 (発現宿主): Sf21 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: O60826

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human CCC complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera (蝶・蛾) / 株: Sf21
緩衝液pH: 7.2
詳細: 50 mM HEPES pH7.2, 150 mM NaCl, 2mM beta-mercaptoethanol, 0.01% Triton-X100
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: Human CCC complex cross-linked with 1 mM BS3
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影平均露光時間: 9.01 sec. / 電子線照射量: 43.14 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 5651

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Topaz粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4CTF補正
10RELION4初期オイラー角割当
11RELION4最終オイラー角割当
12RELION4分類
13RELION4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 20034 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 45.23 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002119383
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.476226191
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05523012
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00353372
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d3.80972575

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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