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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8clj | ||||||
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タイトル | TFIIIC TauB-DNA dimer | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / TFIIIC / tRNA gene / B-Box promoter / DNA recognition (DNA型鑑定) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA transcription / 5S class rRNA transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIIC complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / tRNA transcription by RNA polymerase III / rRNA transcription ...tRNA transcription / 5S class rRNA transcription by RNA polymerase III / transcription factor TFIIIC complex / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / tRNA transcription by RNA polymerase III / rRNA transcription / enzyme activator activity / transcription by RNA polymerase III / histone acetyltransferase activity / ヒストンアセチルトランスフェラーゼ / ribonucleoprotein complex / 核小体 / ミトコンドリア / DNA binding / 核質 / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Seifert-Davila, W. / Girbig, M. / Hauptmann, L. / Hoffmann, T. / Eustermann, S. / Mueller, C.W. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023 タイトル: Structural insights into human TFIIIC promoter recognition. 著者: Wolfram Seifert-Davila / Mathias Girbig / Luis Hauptmann / Thomas Hoffmann / Sebastian Eustermann / Christoph W Müller / 要旨: Transcription factor (TF) IIIC recruits RNA polymerase (Pol) III to most of its target genes. Recognition of intragenic A- and B-box motifs in transfer RNA (tRNA) genes by TFIIIC modules τA and τB ...Transcription factor (TF) IIIC recruits RNA polymerase (Pol) III to most of its target genes. Recognition of intragenic A- and B-box motifs in transfer RNA (tRNA) genes by TFIIIC modules τA and τB is the first critical step for tRNA synthesis but is mechanistically poorly understood. Here, we report cryo-electron microscopy structures of the six-subunit human TFIIIC complex unbound and bound to a tRNA gene. The τB module recognizes the B-box via DNA shape and sequence readout through the assembly of multiple winged-helix domains. TFIIIC220 forms an integral part of both τA and τB connecting the two subcomplexes via a ~550-amino acid residue flexible linker. Our data provide a structural mechanism by which high-affinity B-box recognition anchors TFIIIC to promoter DNA and permits scanning for low-affinity A-boxes and TFIIIB for Pol III activation. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8clj.cif.gz | 867.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8clj.ent.gz | 659.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8clj.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/8clj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cl/8clj | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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-要素
-General transcription factor 3C polypeptide ... , 3種, 6分子 AFBGCH
#1: タンパク質 | 分子量: 244200.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF3C1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q12789 #2: タンパク質 | 分子量: 92093.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF3C4 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q9UKN8, ヒストンアセチルトランスフェラーゼ #3: タンパク質 | 分子量: 102612.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF3C2, KIAA0011 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8WUA4 |
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-DNA鎖 , 2種, 4分子 DIEJ
#4: DNA鎖 | 分子量: 10819.942 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) #5: DNA鎖 | 分子量: 10717.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
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-非ポリマー , 1種, 4分子
#6: 化合物 | ChemComp-ZN / |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: TFIIIC tauB-DNA Dimer / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 値: 0.6 MDa / 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm |
撮影 | 電子線照射量: 42.8 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 35379 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 83.57 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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