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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7zf2 | ||||||||||||
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タイトル | Protomeric substructure from an octameric assembly of M. tuberculosis RNA polymerase in complex with sigma-b initiation factor | ||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / RNA polymerase (RNAポリメラーゼ) / self-assembly (自己集合) / octamer (オリゴマー) / tuberculosis (結核) / stress response (闘争・逃走反応) / hibernation (冬眠) | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / sigma factor activity / peptidoglycan-based cell wall / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / response to antibiotic ...Antimicrobial action and antimicrobial resistance in Mtb / sigma factor activity / peptidoglycan-based cell wall / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / ポリメラーゼ / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.86 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Trapani, S. / Bron, P. / Lai Kee Him, J. / Brodolin, K. / Morichaud, Z. / Vishwakarma, R. | ||||||||||||
資金援助 | フランス, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural basis of the mycobacterial stress-response RNA polymerase auto-inhibition via oligomerization. 著者: Zakia Morichaud / Stefano Trapani / Rishi K Vishwakarma / Laurent Chaloin / Corinne Lionne / Joséphine Lai-Kee-Him / Patrick Bron / Konstantin Brodolin / 要旨: Self-assembly of macromolecules into higher-order symmetric structures is fundamental for the regulation of biological processes. Higher-order symmetric structure self-assembly by the gene expression ...Self-assembly of macromolecules into higher-order symmetric structures is fundamental for the regulation of biological processes. Higher-order symmetric structure self-assembly by the gene expression machinery, such as bacterial DNA-dependent RNA polymerase (RNAP), has never been reported before. Here, we show that the stress-response σ factor from the human pathogen, Mycobacterium tuberculosis, induces the RNAP holoenzyme oligomerization into a supramolecular complex composed of eight RNAP units. Cryo-electron microscopy revealed a pseudo-symmetric structure of the RNAP octamer in which RNAP protomers are captured in an auto-inhibited state and display an open-clamp conformation. The structure shows that σ is sequestered by the RNAP flap and clamp domains. The transcriptional activator RbpA prevented octamer formation by promoting the initiation-competent RNAP conformation. Our results reveal that a non-conserved region of σ is an allosteric controller of transcription initiation and demonstrate how basal transcription factors can regulate gene expression by modulating the RNAP holoenzyme assembly and hibernation. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022 タイトル: Structural basis of the mycobacterial stress-response RNA polymerase auto-inhibition via oligomerization 著者: Morichaud, Z. / Trapani, S. / Vishwakarma, R. / Chaloin, L. / Lionne, C. / Lai-Kee-Him, J. / Bron, P. / Brodolin, K. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7zf2.cif.gz | 555 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7zf2.ent.gz | 435.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7zf2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/7zf2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zf/7zf2 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 14696MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 5分子 ABCDE
#1: タンパク質 | 分子量: 37745.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: rpoA, MT3564 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WGZ0, ポリメラーゼ #2: タンパク質 | | 分子量: 129602.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: rpoB, MT0695 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WGY8, ポリメラーゼ #3: タンパク質 | | 分子量: 147438.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: rpoC, Rv0668, MTCI376.07c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WGY7, ポリメラーゼ #4: タンパク質 | | 分子量: 11851.140 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: rpoZ, MT1435 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WGY4, ポリメラーゼ |
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-タンパク質 , 1種, 1分子 F
#5: タンパク質 | 分子量: 38572.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: sigB, mysB, MT2783 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P9WGI4 |
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-非ポリマー , 2種, 3分子
#6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: M. tuberculosis RNA polymerase in complex with sigma-b initiation factor タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.101 MDa / 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1.21 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 293 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 7000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm |
撮影 | 平均露光時間: 8 sec. / 電子線照射量: 49.6 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 実像数: 3064 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 31 |
-解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: Movie frames were aligned, dose-weighted, binned by two and averaged using Motioncor2 (Zheng S.Q Nat. Methods. 2017; 14: 331-332). Movie sums were used for contrast transfer function (CTF) ...詳細: Movie frames were aligned, dose-weighted, binned by two and averaged using Motioncor2 (Zheng S.Q Nat. Methods. 2017; 14: 331-332). Movie sums were used for contrast transfer function (CTF) estimation with Gctf (Zhang K. J. Struct. Biol. 2016; 193: 1-12) | ||||||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.86 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 267457 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL |