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万見
- PDB-7z13: S. cerevisiae CMGE dimer nucleating origin DNA melting -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7z13
タイトルS. cerevisiae CMGE dimer nucleating origin DNA melting
要素
  • (DNA (53-MER)) x 2
  • (DNA polymerase epsilon ...) x 2
  • (DNA replication complex GINS protein ...) x 4
  • (DNA replication licensing factor ...) x 5
  • Cell division control protein 45
  • DNA helicaseヘリカーゼ
キーワードREPLICATION (DNA複製) / DNA replication (DNA複製) / helicase (ヘリカーゼ) / initiation / DNA origin
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / 遺伝子変換 / Unwinding of DNA / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / nuclear DNA replication / MCM complex binding ...DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / 遺伝子変換 / Unwinding of DNA / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / nuclear DNA replication / MCM complex binding / GINS complex / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / premeiotic DNA replication / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / SUMO binding / mitotic DNA replication / DNA replication proofreading / Activation of the pre-replicative complex / CMG complex / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / nuclear pre-replicative complex / Activation of ATR in response to replication stress / MCM complex / DNA replication preinitiation complex / double-strand break repair via break-induced replication / mitotic DNA replication checkpoint signaling / replication fork protection complex / mitotic DNA replication initiation / single-stranded DNA helicase activity / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / silent mating-type cassette heterochromatin formation / DNA strand elongation involved in DNA replication / mitotic sister chromatid cohesion / leading strand elongation / nuclear chromosome / DNA unwinding involved in DNA replication / DNA replication origin binding / nuclear replication fork / subtelomeric heterochromatin formation / DNA replication initiation / error-prone translesion synthesis / base-excision repair, gap-filling / DNA helicase activity / DNA複製 / helicase activity / デオキシリボ核酸 / 塩基除去修復 / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / mitotic cell cycle / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / double-stranded DNA binding / ヘリカーゼ / DNA複製 / chromosome, telomeric region / DNAポリメラーゼ / DNA-directed DNA polymerase activity / hydrolase activity / 細胞周期 / nucleotide binding / mRNA binding / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase epsilon, subunit B / DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / CDC45 family / CDC45-like protein / DNA replication complex GINS protein Psf2 / GINS complex, subunit Psf1 / GINS complex, subunit Psf3 ...DNA polymerase epsilon, subunit B / DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / CDC45 family / CDC45-like protein / DNA replication complex GINS protein Psf2 / GINS complex, subunit Psf1 / GINS complex, subunit Psf3 / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS, helical bundle-like domain superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain / DNA replication complex GINS protein SLD5 C-terminus / GINS complex subunit Sld5 / GINS subunit, domain A / GINS complex protein / MCM4, winged helix domain / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA replication licensing factor Mcm5 / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, multifunctional domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA replication licensing factor MCM5 / DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication licensing factor MCM2 / DNA replication complex GINS protein PSF1 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A ...ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA replication licensing factor MCM5 / DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication licensing factor MCM2 / DNA replication complex GINS protein PSF1 / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA polymerase epsilon subunit B / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM6 / DNA replication complex GINS protein SLD5 / Cell division control protein 45 / DNA replication complex GINS protein PSF3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
DNA molecule (デオキシリボ核酸)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Lewis, J.S. / Sousa, J.S. / Costa, A.
資金援助European Union, フランス, 英国, 10件
組織認可番号国
European Molecular Biology Organization (EMBO)211-2020European Union
H2020 Marie Curie Actions of the European CommissionEuropean Union
European Molecular Biology Organization (EMBO)1177-2020European Union
Human Frontier Science Program (HFSP)LT000834/2020-L フランス
European Molecular Biology Organization (EMBO)962-2019European Union
The Francis Crick InstituteFC001065 英国
The Francis Crick InstituteFC001066 英国
Wellcome Trust106252/Z/14/Z 英国
European Research Council (ERC)669424-CHROMOREPEuropean Union
European Research Council (ERC)820102European Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Mechanism of replication origin melting nucleated by CMG helicase assembly.
著者: Jacob S Lewis / Marta H Gross / Joana Sousa / Sarah S Henrikus / Julia F Greiwe / Andrea Nans / John F X Diffley / Alessandro Costa /
要旨: The activation of eukaryotic origins of replication occurs in temporally separated steps to ensure that chromosomes are copied only once per cell cycle. First, the MCM helicase is loaded onto duplex ...The activation of eukaryotic origins of replication occurs in temporally separated steps to ensure that chromosomes are copied only once per cell cycle. First, the MCM helicase is loaded onto duplex DNA as an inactive double hexamer. Activation occurs after the recruitment of a set of firing factors that assemble two Cdc45-MCM-GINS (CMG) holo-helicases. CMG formation leads to the underwinding of DNA on the path to the establishment of the replication fork, but whether DNA becomes melted at this stage is unknown. Here we use cryo-electron microscopy to image ATP-dependent CMG assembly on a chromatinized origin, reconstituted in vitro with purified yeast proteins. We find that CMG formation disrupts the double hexamer interface and thereby exposes duplex DNA in between the two CMGs. The two helicases remain tethered, which gives rise to a splayed dimer, with implications for origin activation and replisome integrity. Inside each MCM ring, the double helix becomes untwisted and base pairing is broken. This comes as the result of ATP-triggered conformational changes in MCM that involve DNA stretching and protein-mediated stabilization of three orphan bases. Mcm2 pore-loop residues that engage DNA in our structure are dispensable for double hexamer loading and CMG formation, but are essential to untwist the DNA and promote replication. Our results explain how ATP binding nucleates origin DNA melting by the CMG and maintains replisome stability at initiation.
履歴
登録2022年2月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22022年7月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: DNA replication licensing factor MCM2
3: DNA replication licensing factor MCM3
4: DNA replication licensing factor MCM4
5: DNA helicase
6: DNA replication licensing factor MCM6
7: DNA replication licensing factor MCM7
A: DNA (53-MER)
B: DNA (53-MER)
C: DNA replication complex GINS protein PSF3
D: DNA replication complex GINS protein SLD5
E: Cell division control protein 45
F: DNA polymerase epsilon subunit B
H: DNA replication complex GINS protein PSF1
I: DNA replication complex GINS protein PSF2
J: DNA replication complex GINS protein PSF3
K: DNA replication complex GINS protein SLD5
L: Cell division control protein 45
M: DNA polymerase epsilon subunit B
N: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
O: DNA replication complex GINS protein PSF1
P: DNA replication complex GINS protein PSF2
Q: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
a: DNA replication licensing factor MCM2
b: DNA replication licensing factor MCM3
c: DNA replication licensing factor MCM4
d: DNA helicase
e: DNA replication licensing factor MCM6
f: DNA replication licensing factor MCM7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,297,53660
ポリマ－2,290,70828
非ポリマー6,82832
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA replication licensing factor ... , 5種, 10分子 2a3b4c6e7f

#1: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 2


分子量: 98911.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS187, PACBIOSEQ_LOCUS193, PACBIOSEQ_LOCUS195, PACBIOSEQ_LOCUS196, SCNYR20_0007007400, SCP684_0007007100
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q1S9, ヘリカーゼ
#2: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM3 / Minichromosome maintenance protein 3


分子量: 111720.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM3, YEL032W, SYGP-ORF23 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P24279, ヘリカーゼ
#3: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM4 / Cell division control protein 54


分子量: 105138.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM4, CDC54, HCD21, YPR019W, YP9531.13 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30665, ヘリカーゼ
#5: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM6 / Minichromosome maintenance protein 6


分子量: 113110.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: MCM6, YGL201C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53091, ヘリカーゼ
#6: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM7


分子量: 95049.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM7, PACBIOSEQ_LOCUS429 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q4N0, ヘリカーゼ

-
タンパク質 , 2種, 4分子 5dEL

#4: タンパク質 DNA helicase / ヘリカーゼ


分子量: 86505.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS4054, PACBIOSEQ_LOCUS4112, PACBIOSEQ_LOCUS4129, PACBIOSEQ_LOCUS4153, PACBIOSEQ_LOCUS4202, SCNYR20_0004029000, SCP684_0004028600
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PUY8, ヘリカーゼ
#11: タンパク質 Cell division control protein 45


分子量: 75154.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: CDC45, SLD4, YLR103C, L8004.11 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q08032

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 AB

#7: DNA鎖 DNA (53-MER)


分子量: 16320.634 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (デオキシリボ核酸)
#8: DNA鎖 DNA (53-MER)


分子量: 16311.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA molecule (デオキシリボ核酸)

-
DNA replication complex GINS protein ... , 4種, 8分子 CJDKHOIP

#9: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF3 / Partner of Sld five 3


分子量: 25718.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PSF3, YOL146W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12146
#10: タンパク質 DNA replication complex GINS protein SLD5


分子量: 33983.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: SLD5, YDR489W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q03406
#13: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF1


分子量: 24230.576 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS944, PACBIOSEQ_LOCUS956, PACBIOSEQ_LOCUS958, SCNYR20_0001022500, SCP684_0001022000
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5Q203
#14: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF2


分子量: 25096.807 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS3163, PACBIOSEQ_LOCUS3191, PACBIOSEQ_LOCUS3224, PACBIOSEQ_LOCUS3231, PACBIOSEQ_LOCUS3255, SCNYR20_0009012300, SCP684_0009011800
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A6A5PX40

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DNA polymerase epsilon ... , 2種, 4分子 FMNQ

#12: タンパク質 DNA polymerase epsilon subunit B / / DNA polymerase II subunit 2


分子量: 78425.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DPB2, YPR175W, P9705.7 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P24482
#15: タンパク質 DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / 3'-5' exodeoxyribonuclease / DNA polymerase II subunit A


分子量: 255992.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: POL2, DUN2, YNL262W, N0825 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P21951, DNAポリメラーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ

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非ポリマー , 4種, 32分子

#16: 化合物
ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#17: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#18: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#19: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / アデノシン二リン酸


分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: S. cerevisiae CMGE dimer nucleating origin DNA melting
タイプ: COMPLEX
詳細: Dimeric model reconstituted from symmetry expanded monomer (PDB entry 7QHS).
Entity ID: #1-#15 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
由来(組換発現)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: four microlitres of sample was applied on a grid and incubated for 2 min at room temperature before blotting with filter paper for 5.5 s and plunge-freezing in liquid ethane.
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 4400 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 10 sec. / 電子線照射量: 1.6 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 65286
画像スキャン動画フレーム数/画像: 32

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU画像取得
7UCSF ChimeraX1.3モデルフィッティング
9RELION3.1初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 71348 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT
詳細: One additional base pair has been built to connect the DNA molecules from the two individual symmetry expanded monomers.
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
17QHS

7qhs

1
21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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