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- PDB-7ywx: Structure of the human CCAN CENP-A alpha-satellite complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ywx
タイトルStructure of the human CCAN CENP-A alpha-satellite complex
要素
  • (Centromere protein ...セントロメア) x 16
  • (DNA (171-MER)) x 2
  • Histone H2A type 1-C
  • Histone H2B type 1-C/E/F/G/I
  • Histone H3-like centromeric protein A
  • Histone H4ヒストンH4
キーワードCELL CYCLE (細胞周期) / Chromosome (染色体) / kinetochore (動原体) / cell division (細胞分裂) / centromere (セントロメア)
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein localization to kinetochore / Mis6-Sim4 complex / FANCM-MHF complex / centromere complex assembly / kinetochore organization / metaphase chromosome alignment / spindle attachment to meiosis I kinetochore / Fanconi anaemia nuclear complex / inner kinetochore / kinetochore binding ...positive regulation of protein localization to kinetochore / Mis6-Sim4 complex / FANCM-MHF complex / centromere complex assembly / kinetochore organization / metaphase chromosome alignment / spindle attachment to meiosis I kinetochore / Fanconi anaemia nuclear complex / inner kinetochore / kinetochore binding / centromeric DNA binding / sex differentiation / CENP-A containing chromatin assembly / resolution of meiotic recombination intermediates / chordate embryonic development / protein localization to chromosome, centromeric region / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / kinetochore assembly / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / condensed chromosome, centromeric region / replication fork processing / mitotic sister chromatid segregation / establishment of mitotic spindle orientation / mitotic cytokinesis / chromosome, centromeric region / centriolar satellite / chromosome organization / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / pericentric heterochromatin / interstrand cross-link repair / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / telomere organization / NRIF signals cell death from the nucleus / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / SUMOylation of chromatin organization proteins / mitotic spindle organization / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / innate immune response in mucosa / PRC2 methylates histones and DNA / positive regulation of protein ubiquitination / Defective pyroptosis / positive regulation of epithelial cell proliferation / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / HDACs deacetylate histones / Fanconi Anemia Pathway / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / PKR-mediated signaling / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / G2/M DNA damage checkpoint / HDMs demethylate histones / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / 動原体 / Metalloprotease DUBs / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / 遺伝的組換え / Pre-NOTCH Transcription and Translation / nuclear matrix / nucleosome assembly / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / Separation of Sister Chromatids / UCH proteinases / ヌクレオソーム / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / マイクロフィラメント / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / mitotic cell cycle / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / 染色体 / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs
類似検索 - 分子機能
Centromere protein W / CENP-W protein / Centromere protein T / Centromere kinetochore component CENP-T, N-terminal domain / Centromere kinetochore component CENP-T N-terminus / Centromere subunit L / Kinetochore complex Sim4 subunit Fta1 / Centromere protein R / Centromere protein Q / Centromere protein U ...Centromere protein W / CENP-W protein / Centromere protein T / Centromere kinetochore component CENP-T, N-terminal domain / Centromere kinetochore component CENP-T N-terminus / Centromere subunit L / Kinetochore complex Sim4 subunit Fta1 / Centromere protein R / Centromere protein Q / Centromere protein U / Centromere protein P / Centromere protein H / Kinetochore component, CENP-R / CENP-Q, a CENPA-CAD centromere complex subunit / CENP-A-nucleosome distal (CAD) centromere subunit, CENP-P / CENP-A nucleosome associated complex (NAC) subunit / Centromere protein H, C-terminal / Centromere protein Cenp-M / Centromere protein Cenp-K / Centromere protein H (CENP-H) / Centromere protein M (CENP-M) / Centromere-associated protein K / Centromere protein I / Mis6 / Centromere protein X / CENP-S/Mhf1 / CENP-S associating Centromere protein X / CENP-S protein / CENP-C, middle DNMT3B-binding domain / Centromere assembly component CENP-C middle DNMT3B-binding region / Centromere protein O / Cenp-O kinetochore centromere component / Kinetochore assembly subunit CENP-C, N-terminal domain / Kinetochore assembly subunit CENP-C N-terminal / Mif2/CENP-C cupin domain / Centromere protein C/Mif2/cnp3 / Mif2/CENP-C like / Centromere protein Chl4/mis15/CENP-N / Kinetochore protein CHL4 like / RmlC-like cupin domain superfamily / Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / ヒストンH2A / Histone 2A / RmlC-like jelly roll fold / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / ヒストンH4 / ヒストンH4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Centromere protein X / Histone H3-like centromeric protein A / ヒストンH4 / Histone H2B type 1-C/E/F/G/I / Centromere protein C / Centromere protein R / Centromere protein W ...デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Centromere protein X / Histone H3-like centromeric protein A / ヒストンH4 / Histone H2B type 1-C/E/F/G/I / Centromere protein C / Centromere protein R / Centromere protein W / Centromere protein P / Centromere protein U / Centromere protein Q / Centromere protein L / Centromere protein S / Centromere protein I / Histone H2A type 1-C / Centromere protein T / Centromere protein N / Centromere protein K / Centromere protein O / Centromere protein H / Centromere protein M
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12 Å
データ登録者Yatskevich, S. / Muir, K.W. / Bellini, D. / Zhang, Z. / Yang, J. / Tischer, T. / Predin, M. / Dendooven, T. / McLaughlin, S.H. / Barford, D.
資金援助 英国, ドイツ, 3件
組織認可番号国
Cancer Research UK 英国
Boehringer Ingelheim Fonds (BIF) ドイツ
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Structure of the human inner kinetochore bound to a centromeric CENP-A nucleosome.
著者: Stanislau Yatskevich / Kyle W Muir / Dom Bellini / Ziguo Zhang / Jing Yang / Thomas Tischer / Masa Predin / Tom Dendooven / Stephen H McLaughlin / David Barford /
要旨: Kinetochores assemble onto specialized centromeric CENP-A (centromere protein A) nucleosomes (CENP-A) to mediate attachments between chromosomes and the mitotic spindle. We describe cryo-electron ...Kinetochores assemble onto specialized centromeric CENP-A (centromere protein A) nucleosomes (CENP-A) to mediate attachments between chromosomes and the mitotic spindle. We describe cryo-electron microscopy structures of the human inner kinetochore constitutive centromere associated network (CCAN) complex bound to CENP-A reconstituted onto α-satellite DNA. CCAN forms edge-on contacts with CENP-A, and a linker DNA segment of the α-satellite repeat emerges from the fully wrapped end of the nucleosome to thread through the central CENP-LN channel that tightly grips the DNA. The CENP-TWSX histone-fold module further augments DNA binding and partially wraps the linker DNA in a manner reminiscent of canonical nucleosomes. Our study suggests that the topological entrapment of the linker DNA by CCAN provides a robust mechanism by which kinetochores withstand both pushing and pulling forces exerted by the mitotic spindle.
履歴
登録2022年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Centromere protein H
I: Centromere protein I
K: Centromere protein K
L: Centromere protein L
M: Centromere protein M
N: Centromere protein N
O: Centromere protein O
Q: Centromere protein Q
U: Centromere protein U
P: Centromere protein P
R: Centromere protein R
T: Centromere protein T
W: Centromere protein W
S: Centromere protein S
X: Centromere protein X
i: DNA (171-MER)
J: DNA (171-MER)
A: Histone H3-like centromeric protein A
B: Histone H4
C: Histone H2A type 1-C
D: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I
E: Histone H3-like centromeric protein A
F: Histone H4
G: Histone H2A type 1-C
V: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I
a: Centromere protein C
b: Centromere protein C


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)846,69927
ポリマ－846,69927
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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Centromere protein ... , 16種, 17分子 HIKLMNOQUPRTWSXab

#1: タンパク質 Centromere protein H / セントロメア / CENP-H / Interphase centromere complex protein 35


分子量: 28520.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPH, ICEN35 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9H3R5
#2: タンパク質 Centromere protein I / セントロメア / CENP-I / FSH primary response protein 1 / Follicle-stimulating hormone primary response protein / ...CENP-I / FSH primary response protein 1 / Follicle-stimulating hormone primary response protein / Interphase centromere complex protein 19 / Leucine-rich primary response protein 1


分子量: 86820.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPI, FSHPRH1, ICEN19, LRPR1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q92674
#3: タンパク質 Centromere protein K / セントロメア / CENP-K / Interphase centromere complex protein 37 / Protein AF-5alpha / p33


分子量: 31696.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPK, ICEN37, FKSG14 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BS16
#4: タンパク質 Centromere protein L / セントロメア / CENP-L / Interphase centromere complex protein 33


分子量: 39039.641 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPL, C1orf155, ICEN33 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8N0S6
#5: タンパク質 Centromere protein M / CENPM / CENP-M / Interphase centromere complex protein 39 / Proliferation-associated nuclear element protein 1


分子量: 19761.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPM, C22orf18, ICEN39, PANE1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NSP4
#6: タンパク質 Centromere protein N / セントロメア / CENP-N / Interphase centromere complex protein 32


分子量: 39609.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPN, C16orf60, ICEN32, BM-309 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96H22
#7: タンパク質 Centromere protein O / CENPO / CENP-O / Interphase centromere complex protein 36


分子量: 33830.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPO, ICEN36, MCM21R / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BU64
#8: タンパク質 Centromere protein Q / セントロメア / CENP-Q


分子量: 30648.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPQ, C6orf139 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q7L2Z9
#9: タンパク質 Centromere protein U / セントロメア / CENP-U / Centromere protein of 50 kDa / CENP-50 / Interphase centromere complex protein 24 / KSHV ...CENP-U / Centromere protein of 50 kDa / CENP-50 / Interphase centromere complex protein 24 / KSHV latent nuclear antigen-interacting protein 1 / MLF1-interacting protein / Polo-box-interacting protein 1


分子量: 47609.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPU, ICEN24, KLIP1, MLF1IP, PBIP1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q71F23
#10: タンパク質 Centromere protein P / セントロメア / CENP-P


分子量: 33210.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPP / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6IPU0
#11: タンパク質 Centromere protein R / セントロメア / CENP-R / Beta-3-endonexin / Integrin beta-3-binding protein / Nuclear receptor-interacting factor 3


分子量: 20228.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ITGB3BP, CENPR, NRIF3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q13352
#12: タンパク質 Centromere protein T / セントロメア / CENP-T / Interphase centromere complex protein 22


分子量: 60502.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPT, C16orf56, ICEN22 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96BT3
#13: タンパク質 Centromere protein W / セントロメア / CENP-W / Cancer-up-regulated gene 2 protein


分子量: 10087.236 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPW, C6orf173, CUG2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5EE01
#14: タンパク質 Centromere protein S / セントロメア / CENP-S / Apoptosis-inducing TAF9-like domain-containing protein 1 / FANCM-associated histone fold ...CENP-S / Apoptosis-inducing TAF9-like domain-containing protein 1 / FANCM-associated histone fold protein 1 / FANCM-interacting histone fold protein 1 / Fanconi anemia-associated polypeptide of 16 kDa


分子量: 15917.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPS, APITD1, FAAP16, MHF1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8N2Z9
#15: タンパク質 Centromere protein X / セントロメア / CENP-X / FANCM-associated histone fold protein 2 / FANCM-interacting histone fold protein 2 / ...CENP-X / FANCM-associated histone fold protein 2 / FANCM-interacting histone fold protein 2 / Fanconi anemia-associated polypeptide of 10 kDa / Retinoic acid-inducible gene D9 protein homolog / Stimulated by retinoic acid gene 13 protein homolog


分子量: 8972.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPX, FAAP10, MHF2, STRA13 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8MT69
#22: タンパク質 Centromere protein C / セントロメア / CENP-C / Centromere autoantigen C / Centromere protein C 1 / CENP-C 1 / Interphase centromere ...CENP-C / Centromere autoantigen C / Centromere protein C 1 / CENP-C 1 / Interphase centromere complex protein 7


分子量: 61856.004 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPC, CENPC1, ICEN7 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q03188

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 iJ

#16: DNA鎖 DNA (171-MER)


分子量: 52725.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#17: DNA鎖 DNA (171-MER)


分子量: 52822.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDV

#18: タンパク質 Histone H3-like centromeric protein A / Centromere autoantigen A / Centromere protein A / CENP-A


分子量: 16023.630 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CENPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P49450
#19: タンパク質 Histone H4 / ヒストンH4


分子量: 11394.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, ...遺伝子: HIST1H4A, H4/A, H4FA, HIST1H4B, H4/I, H4FI, HIST1H4C, H4/G, H4FG, HIST1H4D, H4/B, H4FB, HIST1H4E, H4/J, H4FJ, HIST1H4F, H4/C, H4FC, HIST1H4H, H4/H, H4FH, HIST1H4I, H4/M, H4FM, HIST1H4J, H4/E, H4FE, HIST1H4K, H4/D, H4FD, HIST1H4L, H4/K, H4FK, HIST2H4A, H4/N, H4F2, H4FN, HIST2H4, HIST2H4B, H4/O, H4FO, HIST4H4
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62805
#20: タンパク質 Histone H2A type 1-C / H2A-clustered histone 6 / Histone H2A/l


分子量: 14135.523 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: H2AC6, H2AFL, HIST1H2AC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q93077
#21: タンパク質 Histone H2B type 1-C/E/F/G/I / Histone H2B.1 A / Histone H2B.a / H2B/a / Histone H2B.g / H2B/g / Histone H2B.h / H2B/h / Histone ...Histone H2B.1 A / Histone H2B.a / H2B/a / Histone H2B.g / H2B/g / Histone H2B.h / H2B/h / Histone H2B.k / H2B/k / Histone H2B.l / H2B/l


分子量: 13937.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: HIST1H2BC, H2BFL, HIST1H2BE, H2BFH, HIST1H2BF, H2BFG, HIST1H2BG, H2BFA, HIST1H2BI, H2BFK
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62807

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CCAN-CENP-A inner centromere complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 12 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 20549 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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