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万見
- PDB-7yu4: Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1-Gi complex bound to ONO-07... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7yu4
タイトルHuman Lysophosphatidic Acid Receptor 1-Gi complex bound to ONO-0740556, focused on receptor
要素Lysophosphatidic acid receptor 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / GPCR (Gタンパク質共役受容体)
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to 1-oleoyl-sn-glycerol 3-phosphate / lysophosphatidic acid receptor activity / positive regulation of smooth muscle cell chemotaxis / calmodulin dependent kinase signaling pathway / Lysosphingolipid and LPA receptors / lysophosphatidic acid binding / negative regulation of cilium assembly / regulation of synaptic vesicle cycle / cellular response to oxygen levels / oligodendrocyte development ...cellular response to 1-oleoyl-sn-glycerol 3-phosphate / lysophosphatidic acid receptor activity / positive regulation of smooth muscle cell chemotaxis / calmodulin dependent kinase signaling pathway / Lysosphingolipid and LPA receptors / lysophosphatidic acid binding / negative regulation of cilium assembly / regulation of synaptic vesicle cycle / cellular response to oxygen levels / oligodendrocyte development / corpus callosum development / bleb assembly / regulation of metabolic process / optic nerve development / negative regulation of cAMP-mediated signaling / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / positive regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of dendritic spine development / activation of phospholipase C activity / G-protein alpha-subunit binding / GABA-ergic synapse / positive regulation of stress fiber assembly / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / 髄鞘 / 神経発生 / cerebellum development / cell chemotaxis / dendritic shaft / PDZ domain binding / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / presynaptic membrane / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / regulation of cell shape / G alpha (i) signalling events / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (q) signalling events / postsynaptic membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / 樹状突起スパイン / positive regulation of MAPK cascade / エンドソーム / positive regulation of apoptotic process / G protein-coupled receptor signaling pathway / neuronal cell body / glutamatergic synapse / 細胞膜 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Lysophosphatidic acid receptor EDG-2 / Lysophosphatidic acid receptor / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-K6L / Lysophosphatidic acid receptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Akasaka, H. / Shihoya, W. / Nureki, O.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H05037 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure of the active G-coupled human lysophosphatidic acid receptor 1 complexed with a potent agonist.
著者: Hiroaki Akasaka / Tatsuki Tanaka / Fumiya K Sano / Yuma Matsuzaki / Wataru Shihoya / Osamu Nureki /
要旨: Lysophosphatidic acid receptor 1 (LPA) is one of the six G protein-coupled receptors activated by the bioactive lipid, lysophosphatidic acid (LPA). LPA is a drug target for various diseases, ...Lysophosphatidic acid receptor 1 (LPA) is one of the six G protein-coupled receptors activated by the bioactive lipid, lysophosphatidic acid (LPA). LPA is a drug target for various diseases, including cancer, inflammation, and neuropathic pain. Notably, LPA agonists have potential therapeutic value for obesity and urinary incontinence. Here, we report a cryo-electron microscopy structure of the active human LPA-G complex bound to ONO-0740556, an LPA analog with more potent activity against LPA. Our structure elucidated the details of the agonist binding mode and receptor activation mechanism mediated by rearrangements of transmembrane segment 7 and the central hydrophobic core. A structural comparison of LPA and other phylogenetically-related lipid-sensing GPCRs identified the structural determinants for lipid preference of LPA. Moreover, we characterized the structural polymorphisms at the receptor-G-protein interface, which potentially reflect the G-protein dissociation process. Our study provides insights into the detailed mechanism of LPA binding to agonists and paves the way toward the design of drug-like agonists targeting LPA.
履歴
登録2022年8月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysophosphatidic acid receptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,3512
ポリマ－42,9361
非ポリマー4151
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Lysophosphatidic acid receptor 1 / / LPA receptor 1 / LPA-1 / Lysophosphatidic acid receptor Edg-2


分子量: 42936.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LPAR1, EDG2, LPA1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q92633
#2: 化合物 ChemComp-K6L / [(2~{R})-2-[5-(2-hexylphenyl)pentanoylamino]-3-oxidanyl-propyl] dihydrogen phosphate


分子量: 415.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H34NO6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Human Lysophosphatidic Acid Receptor 1 bound to ONO-0740556
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 8
試料濃度: 7 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0267 / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 181071 / 対称性のタイプ: POINT
精密化解像度: 3.3→88.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.803 / SU B: 32.341 / SU ML: 0.472 / ESU R: 0.592
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rwork0.47393 --
obs0.47393 24712 100 %
溶媒の処理溶媒モデル: PARAMETERS FOR MASK CACLULATION
原子変位パラメータBiso mean: 99.316 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 合計: 2251
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0080.0132308
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d0.0010.0172180
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.2231.6213153
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg1.6351.5574948
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg5.315288
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_2_deg35.78720.95794
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg15.16415339
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_4_deg9.7951510
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0740.2318
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0060.022573
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0030.02569
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_other
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_other
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_vdw_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_hbond_other
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_refined
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_metal_ion_other
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it9.83310.2931158
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other9.81510.2941157
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it16.83215.4041444
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other16.83115.4051445
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it9.95211.6711150
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other9.95411.6641147
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other17.19416.9331710
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_refined33.8419527
ELECTRON MICROSCOPYr_long_range_B_other33.8399528
ELECTRON MICROSCOPYr_rigid_bond_restr
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_free
ELECTRON MICROSCOPYr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.301→3.387 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0 0 -
Rwork1.384 1782 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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