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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ptv | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of the Mimivirus genomic fibre asymmetric unit | ||||||||||||||||||||||||
要素 | Putative glucose-methanol-choline oxidoreductase protein | ||||||||||||||||||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / Mimivirus (ミミウイルス) / Genomic fibre / Cytoplasmic infectious cycle / 1.2 Mb dsDNA / VIRUS (ウイルス) | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 oxidoreductase activity, acting on CH-OH group of donors / flavin adenine dinucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ミミウイルス) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Villalta, A. / Schmitt, A. / Estrozi, L.F. / Quemin, E.R.J. / Alempic, J.M. / Lartigue, A. / Prazak, V. / Belmudes, L. / Vasishtan, D. / Colmant, A.M.G. ...Villalta, A. / Schmitt, A. / Estrozi, L.F. / Quemin, E.R.J. / Alempic, J.M. / Lartigue, A. / Prazak, V. / Belmudes, L. / Vasishtan, D. / Colmant, A.M.G. / Honore, F.A. / Coute, Y. / Grunewald, K. / Abergel, C. | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | フランス, 7件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2022 タイトル: The giant mimivirus 1.2 Mb genome is elegantly organized into a 30-nm diameter helical protein shield. 著者: Alejandro Villalta / Alain Schmitt / Leandro F Estrozi / Emmanuelle R J Quemin / Jean-Marie Alempic / Audrey Lartigue / Vojtěch Pražák / Lucid Belmudes / Daven Vasishtan / Agathe M G ...著者: Alejandro Villalta / Alain Schmitt / Leandro F Estrozi / Emmanuelle R J Quemin / Jean-Marie Alempic / Audrey Lartigue / Vojtěch Pražák / Lucid Belmudes / Daven Vasishtan / Agathe M G Colmant / Flora A Honoré / Yohann Couté / Kay Grünewald / Chantal Abergel / 要旨: Mimivirus is the prototype of the family of giant dsDNA viruses. Little is known about the organization of the 1.2 Mb genome inside the membrane-limited nucleoid filling the ~0.5 µm icosahedral ...Mimivirus is the prototype of the family of giant dsDNA viruses. Little is known about the organization of the 1.2 Mb genome inside the membrane-limited nucleoid filling the ~0.5 µm icosahedral capsids. Cryo-electron microscopy, cryo-electron tomography, and proteomics revealed that it is encased into a ~30-nm diameter helical protein shell surprisingly composed of two GMC-type oxidoreductases, which also form the glycosylated fibrils decorating the capsid. The genome is arranged in 5- or 6-start left-handed super-helices, with each DNA-strand lining the central channel. This luminal channel of the nucleoprotein fiber is wide enough to accommodate oxidative stress proteins and RNA polymerase subunits identified by proteomics. Such elegant supramolecular organization would represent a remarkable evolutionary strategy for packaging and protecting the genome, in a state ready for immediate transcription upon unwinding in the host cytoplasm. The parsimonious use of the same protein in two unrelated substructures of the virion is unexpected for a giant virus with thousand genes at its disposal. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ptv.cif.gz | 221.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ptv.ent.gz | 183.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ptv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/7ptv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/7ptv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 13641MC 7yx3C 7yx4C 7yx5C 11798 12344 M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 76431.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ミミウイルス) 参照: UniProt: E5L7Z5 #2: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Structure of the Mimivirus genomic fibre asymmetric unit タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Acanthamoeba polyphaga mimivirus (ミミウイルス) 株: Reunion |
緩衝液 | pH: 7.5 |
緩衝液成分 | 濃度: 40 mM / 名称: Tris buffer / 式: (HOCH2)3CNH2 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm |
撮影 | 電子線照射量: 50.6 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) |
3次元再構成 | 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 95722 詳細: Map obtained after focused refine of the compacted 5-start genomic fibre of Mimivirus 対称性のタイプ: POINT |