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- PDB-7dc8: Crystal structure of Switch Ab Fab and hIL6R in complex with ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7dc8
タイトルCrystal structure of Switch Ab Fab and hIL6R in complex with ATP
要素
  • (Switch Ab Fab ...) x 2
  • Interleukin-6 receptor subunit alpha
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / ANTIBODY (抗体) / COMPLEX / FAB / CYTOKINE (サイトカイン)
機能・相同性
機能・相同性情報


ciliary neurotrophic factor binding / interleukin-6 receptor activity / interleukin-6 binding / hepatic immune response / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / ciliary neurotrophic factor receptor complex / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / interleukin-6 receptor complex / negative regulation of collagen biosynthetic process ...ciliary neurotrophic factor binding / interleukin-6 receptor activity / interleukin-6 binding / hepatic immune response / interleukin-11 receptor activity / interleukin-11 binding / ciliary neurotrophic factor receptor complex / ciliary neurotrophic factor-mediated signaling pathway / interleukin-6 receptor complex / negative regulation of collagen biosynthetic process / positive regulation of activation of Janus kinase activity / T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / endocrine pancreas development / negative regulation of interleukin-8 production / vascular endothelial growth factor production / positive regulation of leukocyte chemotaxis / neutrophil mediated immunity / cytokine receptor activity / Interleukin-6 signaling / interleukin-6-mediated signaling pathway / MAPK3 (ERK1) activation / MAPK1 (ERK2) activation / monocyte chemotaxis / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of chemokine production / extrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / response to cytokine / acute-phase response / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of interleukin-6 production / Transcriptional regulation of granulopoiesis / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to Gram-negative bacterium / Potential therapeutics for SARS / positive regulation of MAPK cascade / receptor complex / defense response to Gram-positive bacterium / apical plasma membrane / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / enzyme binding / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. ...Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, soluble alpha chains family signature. / 抗体 / 免疫グロブリンフォールド / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Interleukin-6 receptor subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.757 Å
データ登録者Kadono, S. / Fukami, T.A. / Kawauchi, H. / Torizawa, T. / Mimoto, F.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Exploitation of Elevated Extracellular ATP to Specifically Direct Antibody to Tumor Microenvironment.
著者: Mimoto, F. / Tatsumi, K. / Shimizu, S. / Kadono, S. / Haraya, K. / Nagayasu, M. / Suzuki, Y. / Fujii, E. / Kamimura, M. / Hayasaka, A. / Kawauchi, H. / Ohara, K. / Matsushita, M. / Baba, T. / ...著者: Mimoto, F. / Tatsumi, K. / Shimizu, S. / Kadono, S. / Haraya, K. / Nagayasu, M. / Suzuki, Y. / Fujii, E. / Kamimura, M. / Hayasaka, A. / Kawauchi, H. / Ohara, K. / Matsushita, M. / Baba, T. / Susumu, H. / Sakashita, T. / Muraoka, T. / Aso, K. / Katada, H. / Tanaka, E. / Nakagawa, K. / Hasegawa, M. / Ayabe, M. / Yamamoto, T. / Tanba, S. / Ishiguro, T. / Kamikawa, T. / Nambu, T. / Kibayashi, T. / Azuma, Y. / Tomii, Y. / Kato, A. / Ozeki, K. / Murao, N. / Endo, M. / Kikuta, J. / Kamata-Sakurai, M. / Ishii, M. / Hattori, K. / Igawa, T.
履歴
登録2020年10月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Switch Ab Fab light chain
B: Switch Ab Fab heavy chain
C: Interleukin-6 receptor subunit alpha
D: Switch Ab Fab light chain
E: Switch Ab Fab heavy chain
F: Interleukin-6 receptor subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,11718
ポリマ－145,1426
非ポリマー1,97512
水1,13563
1
A: Switch Ab Fab light chain
B: Switch Ab Fab heavy chain
C: Interleukin-6 receptor subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5589
ポリマ－72,5713
非ポリマー9876
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Switch Ab Fab light chain
E: Switch Ab Fab heavy chain
F: Interleukin-6 receptor subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,5589
ポリマ－72,5713
非ポリマー9876
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)103.043, 185.612, 152.085
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 CF

#3: タンパク質 Interleukin-6 receptor subunit alpha / / IL-6RA / IL-6R 1 / Membrane glycoprotein 80 / gp80


分子量: 25001.795 Da / 分子数: 2 / Mutation: C193S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL6R / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08887

-
抗体 , 2種, 4分子 ADBE

#1: 抗体 Switch Ab Fab light chain


分子量: 22824.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Switch Ab Fab heavy chain


分子量: 24744.729 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): Expi293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 3種, 75分子

#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / アデノシン三リン酸


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.9 % / Mosaicity: 0.1 °
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.06 M Tris, 12.0 %(w/v) Polyethylene glycol 1500, 0.06 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→92.81 Å / Num. obs: 38295 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 20 / Num. measured all: 510514 / Scaling rejects: 9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.75-2.913.30.81855220.9240.2320.85199.7
8.69-92.81120.03132810.0090.03299.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14rc2_3184精密化
Aimless0.7.1データスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N26

1n26


解像度: 2.757→90.091 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.46
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2779 1957 5.15 %
Rwork0.2071 --
obs0.2107 37987 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 144.4 Å2 / Biso mean: 58.3162 Å2 / Biso min: 22.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.757→90.091 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9063 0 112 63 9238
Biso mean--59.56 42.58 -
残基数----1212
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.757-2.82540.36711240.2572565100
2.8254-2.90180.28271240.24342558100
2.9018-2.98720.3331480.24232519100
2.9872-3.08370.30441560.24642521100
3.0837-3.19390.31791600.23772540100
3.1939-3.32180.32831400.23492568100
3.3218-3.47290.30691640.22422494100
3.4729-3.65610.26421130.20712596100
3.6561-3.88510.31321520.21022537100
3.8851-4.18510.25481660.18832551100
4.1851-4.60620.22891280.16492606100
4.6062-5.27270.2412990.16372627100
5.2727-6.64280.26111340.21532637100
6.6428-90.0910.26681490.2243271199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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