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- PDB-7bho: DNA origami signpost designed model -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7bho
タイトルDNA origami signpost designed model
要素
  • (DNAデオキシリボ核酸) x 237
  • DNA scaffold
キーワードDNA (デオキシリボ核酸) / Origami (折り紙) / Nanostructure (ナノ構造体) / Signpost / SPOT
機能・相同性デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / DNA (> 100) / DNA (> 1000)
機能・相同性情報
生物種Escherichia virus M13 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 36.44 Å
データ登録者Silvester, E. / Vollmer, B. / Prazak, V. / Vasishtan, D. / Machala, E.A. / Whittle, C. / Black, S. / Bath, J. / Turberfield, A.J. / Gruenewald, K. / Baker, L.A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/R017875/1 英国
Wellcome Trust107806/A/15/Z 英国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2021
タイトル: DNA origami signposts for identifying proteins on cell membranes by electron cryotomography.
著者: Emma Silvester / Benjamin Vollmer / Vojtěch Pražák / Daven Vasishtan / Emily A Machala / Catheryne Whittle / Susan Black / Jonathan Bath / Andrew J Turberfield / Kay Grünewald / Lindsay A Baker /
要旨: Electron cryotomography (cryoET), an electron cryomicroscopy (cryoEM) modality, has changed our understanding of biological function by revealing the native molecular details of membranes, viruses, ...Electron cryotomography (cryoET), an electron cryomicroscopy (cryoEM) modality, has changed our understanding of biological function by revealing the native molecular details of membranes, viruses, and cells. However, identification of individual molecules within tomograms from cryoET is challenging because of sample crowding and low signal-to-noise ratios. Here, we present a tagging strategy for cryoET that precisely identifies individual protein complexes in tomograms without relying on metal clusters. Our method makes use of DNA origami to produce "molecular signposts" that target molecules of interest, here via fluorescent fusion proteins, providing a platform generally applicable to biological surfaces. We demonstrate the specificity of signpost origami tags (SPOTs) in vitro as well as their suitability for cryoET of membrane vesicles, enveloped viruses, and the exterior of intact mammalian cells.
履歴
登録2021年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-12188
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A1: DNA
A2: DNA
A3: DNA
A4: DNA
A5: DNA
A6: DNA
A7: DNA
A8: DNA
A9: DNA
AA: DNA
AB: DNA scaffold
AC: DNA
AD: DNA
B1: DNA
B2: DNA
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B4: DNA
B5: DNA
B6: DNA
B7: DNA
B8: DNA
B9: DNA
BA: DNA
BC: DNA
BD: DNA
C1: DNA
C2: DNA
C3: DNA
C5: DNA
C6: DNA
C7: DNA
C8: DNA
C9: DNA
CA: DNA
CC: DNA
CD: DNA
D1: DNA
D2: DNA
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D8: DNA
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DA: DNA
DC: DNA
DD: DNA
E1: DNA
E2: DNA
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E9: DNA
EA: DNA
EC: DNA
ED: DNA
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F9: DNA
FA: DNA
FC: DNA
FD: DNA
G1: DNA
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G9: DNA
GA: DNA
GC: DNA
GD: DNA
H1: DNA
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H8: DNA
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HA: DNA
HC: DNA
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I1: DNA
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I3: DNA
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I8: DNA
I9: DNA
IA: DNA
IC: DNA
ID: DNA
J1: DNA
J2: DNA
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J8: DNA
J9: DNA
JA: DNA
JC: DNA
JD: DNA
K1: DNA
K2: DNA
K3: DNA
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K9: DNA
KA: DNA
KC: DNA
KD: DNA
L1: DNA
L2: DNA
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L7: DNA
L8: DNA
L9: DNA
LA: DNA
LC: DNA
LD: DNA
M2: DNA
M3: DNA
M5: DNA
M6: DNA
M7: DNA
M8: DNA
M9: DNA
MA: DNA
MC: DNA
MD: DNA
N2: DNA
N3: DNA
N5: DNA
N6: DNA
N7: DNA
N8: DNA
N9: DNA
NA: DNA
NC: DNA
ND: DNA
O2: DNA
O3: DNA
O5: DNA
O6: DNA
O7: DNA
O8: DNA
O9: DNA
OA: DNA
OC: DNA
OD: DNA
P2: DNA
P3: DNA
P5: DNA
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P7: DNA
P8: DNA
P9: DNA
PA: DNA
PC: DNA
PD: DNA
Q2: DNA
Q3: DNA
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Q8: DNA
Q9: DNA
QA: DNA
QC: DNA
QD: DNA
R2: DNA
R3: DNA
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R7: DNA
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R9: DNA
RA: DNA
RC: DNA
RD: DNA
S2: DNA
S3: DNA
S5: DNA
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S8: DNA
S9: DNA
SA: DNA
SC: DNA
SD: DNA
T2: DNA
T3: DNA
T5: DNA
T7: DNA
T8: DNA
T9: DNA
TA: DNA
TC: DNA
TD: DNA
U2: DNA
U3: DNA
U5: DNA
U7: DNA
U8: DNA
U9: DNA
UA: DNA
UC: DNA
UD: DNA
V2: DNA
V3: DNA
V5: DNA
V7: DNA
V8: DNA
V9: DNA
VA: DNA
VC: DNA
VD: DNA
W3: DNA
W5: DNA
W7: DNA
W8: DNA
W9: DNA
WD: DNA
X5: DNA
X7: DNA
X9: DNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,453,173238
ポリマ－4,453,173238
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
DNA鎖 , 238種, 238分子 A1A2A3A4A5A6A7A8A9AAABACADB1B2B3B4B5B6B7B8B9BABCBDC1C2C3C5C6...

#1: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 17493.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#2: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 9535.171 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#3: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 7080.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#4: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 8603.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#5: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 12941.319 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#6: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 8005.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#7: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 11353.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#8: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 7422.825 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#9: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 5904.841 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#10: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 7108.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#11: DNA鎖 DNA scaffold


分子量: 2236242.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#12: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 5530.603 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#13: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 12390.986 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#14: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 13070.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#15: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 5510.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#16: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 5609.662 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#17: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 5555.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#18: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 11687.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#19: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 7391.815 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#20: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 5442.528 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#21: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 8271.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#22: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 16751.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#23: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 9871.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#24: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 11491.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#25: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 5878.877 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#26: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 8194.323 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#27: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 5509.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#28: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 6586.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#29: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 13069.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#30: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 13944.970 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#31: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 10180.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#32: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 16720.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#33: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 8364.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#34: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 5851.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#35: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 9505.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#36: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 7987.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#37: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 12710.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#38: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 5504.584 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#39: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 10506.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#40: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 6494.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#41: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 14167.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#42: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 6528.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#43: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 14103.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#44: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 9275.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#45: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 7083.601 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#46: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 5516.579 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#47: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 12904.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#48: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 10093.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#49: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 13233.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#50: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 5845.838 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#51: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 9268.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#52: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 11219.230 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#53: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 7422.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#54: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 10027.452 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#55: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 12664.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#56: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 5842.767 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#57: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 7111.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#58: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 11687.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#59: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 6047.935 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#60: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 10732.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#61: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 8000.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#62: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 14625.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#63: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 5567.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#64: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 8940.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#65: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 5469.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#66: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 5573.644 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#67: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 10272.642 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#68: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 5892.847 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#69: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 14549.442 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#70: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 5813.787 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#71: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 5486.610 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#72: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 8571.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#73: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 7363.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#74: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 10174.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#75: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 8841.782 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#76: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 7259.697 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#77: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 5826.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#78: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 5893.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#79: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 8013.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#80: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 5589.642 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#81: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 5578.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#82: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 15620.033 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#83: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 12955.378 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#84: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 12223.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#85: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 10792.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#86: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 6189.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#87: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 6457.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#88: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 9627.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#89: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 9319.055 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#90: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 7309.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#91: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 7393.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#92: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#93: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#94: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#95: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 13164.511 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#96: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#97: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#98: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#99: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#100: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#101: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#102: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#103: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#104: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#105: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#106: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#107: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#108: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#109: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#110: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#111: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#112: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#113: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#114: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#115: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#116: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#117: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#118: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#119: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#120: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#121: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#122: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#123: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#124: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#125: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#126: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#127: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#128: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#129: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#130: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#131: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#132: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#133: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#134: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#135: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#136: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#137: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#138: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#139: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#140: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#142: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#143: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#144: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#145: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#146: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#147: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#148: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#149: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#150: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#151: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#152: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#153: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#155: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#156: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#157: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#158: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#159: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#160: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#161: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#162: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#163: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#164: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#165: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#166: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#167: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#168: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#169: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#170: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#171: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#172: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#173: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#174: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#175: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#176: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#177: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#178: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#179: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#180: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#181: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#182: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#183: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#184: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#185: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#186: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#187: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#188: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#189: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#190: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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#193: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


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分子量: 9838.376 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#220: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 6975.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#221: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 8258.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#222: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 7761.045 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#223: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 12668.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#224: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 5492.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#225: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 6850.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#226: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 10525.858 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#227: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 8919.747 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#228: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 12346.993 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#229: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 6499.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#230: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 15118.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#231: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 9604.177 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#232: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 7012.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#233: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 6519.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#234: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 5902.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#235: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 5516.632 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#236: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 6421.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#237: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 6960.565 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)
#238: DNA鎖 DNA / デオキシリボ核酸


分子量: 18165.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia virus M13 (ウイルス)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: Subvolume average of DNA signpost origami nanostructure
タイプ: COMPLEX / 詳細: DNA scaffold with DNA oligos as staples / Entity ID: all / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Escherichia virus M13 (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: synthetic construct (人工物)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 5500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 3 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

ソフトウェア名称: UCSF ChimeraX / バージョン: 1.1/v9 / 分類: モデル構築 / URL: https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/ / Os: macOS / タイプ: package
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1IMODvolume selection
2SerialEM画像取得
4IMODCTF補正
11PEET最終オイラー角割当
13PEET1.13.0３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 36.44 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 694 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selection手法: Manual selction / Num. of tomograms: 54 / Num. of volumes extracted: 694

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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