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- PDB-6tgc: CryoEM structure of the ternary DOCK2-ELMO1-RAC1 complex. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6tgc
タイトルCryoEM structure of the ternary DOCK2-ELMO1-RAC1 complex.
要素
  • Dedicator of cytokinesis protein 2
  • Engulfment and cell motility protein 1ELMO1
  • Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / guanine nucleotide exchange factor (グアニンヌクレオチド交換因子) / cytoskeleton (細胞骨格) / actin (アクチン) / cryoEM (低温電子顕微鏡法)
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane raft polarization / alpha-beta T cell proliferation / myeloid dendritic cell activation involved in immune response / establishment of T cell polarity / 飲作用 / regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 ...membrane raft polarization / alpha-beta T cell proliferation / myeloid dendritic cell activation involved in immune response / establishment of T cell polarity / 飲作用 / regulation of respiratory burst / negative regulation of interleukin-23 production / regulation of neutrophil migration / localization within membrane / Activated NTRK2 signals through CDK5 / immunological synapse formation / negative regulation of receptor-mediated endocytosis / regulation of hydrogen peroxide metabolic process / ruffle assembly / NTRK2 activates RAC1 / NADPH oxidase complex / engulfment of apoptotic cell / Inactivation of CDC42 and RAC1 / negative thymic T cell selection / WNT5:FZD7-mediated leishmania damping / guanyl-nucleotide exchange factor complex / cortical cytoskeleton organization / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / respiratory burst / hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / myoblast fusion / ruffle organization / positive thymic T cell selection / cell projection assembly / thioesterase binding / negative regulation of fibroblast migration / regulation of stress fiber assembly / RHO GTPases activate CIT / Nef and signal transduction / sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway / PCP/CE pathway / regulation of nitric oxide biosynthetic process / motor neuron axon guidance / RHO GTPases activate KTN1 / regulation of lamellipodium assembly / Azathioprine ADME / Activation of RAC1 / positive regulation of neutrophil chemotaxis / positive regulation of cell-substrate adhesion / MET activates RAP1 and RAC1 / DCC mediated attractive signaling / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / Sema4D mediated inhibition of cell attachment and migration / regulation of small GTPase mediated signal transduction / CD28 dependent Vav1 pathway / Ephrin signaling / lamellipodium assembly / positive regulation of Rho protein signal transduction / phagocytosis, engulfment / regulation of cell size / DSCAM interactions / establishment or maintenance of cell polarity / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / small GTPase-mediated signal transduction / Rho GDP-dissociation inhibitor binding / NRAGE signals death through JNK / Rac protein signal transduction / RHO GTPases activate PAKs / positive regulation of focal adhesion assembly / semaphorin-plexin signaling pathway / Sema3A PAK dependent Axon repulsion / ficolin-1-rich granule membrane / RHOG GTPase cycle / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / RHOA GTPase cycle / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / anatomical structure morphogenesis / RHO GTPases activate IQGAPs / RAC2 GTPase cycle / localization / positive regulation of lamellipodium assembly / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / positive regulation of phagocytosis / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / RHO GTPases activate PKNs / positive regulation of microtubule polymerization / regulation of cell migration / positive regulation of stress fiber assembly / GPVI-mediated activation cascade / EPHB-mediated forward signaling / RAC1 GTPase cycle / actin filament polymerization / GTPase activator activity / T cell receptor binding / cell chemotaxis / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell-matrix adhesion / guanyl-nucleotide exchange factor activity / 低分子量GTPアーゼ / positive regulation of endothelial cell migration / G protein activity / secretory granule membrane / VEGFR2 mediated vascular permeability / Signal transduction by L1
類似検索 - 分子機能
Dedicator of cytokinesis protein 2 / Dedicator of cytokinesis, N-terminal domain / Dedicator of cytokinesis, N-terminal, subdomain 1 / DOCK N-terminus / ELMO domain / ELMO/CED-12 family / ELMO domain profile. / ELMO, armadillo-like helical domain / ELMO, armadillo-like helical domain / DOCKER, Lobe A ...Dedicator of cytokinesis protein 2 / Dedicator of cytokinesis, N-terminal domain / Dedicator of cytokinesis, N-terminal, subdomain 1 / DOCK N-terminus / ELMO domain / ELMO/CED-12 family / ELMO domain profile. / ELMO, armadillo-like helical domain / ELMO, armadillo-like helical domain / DOCKER, Lobe A / DOCKER, Lobe B / DOCKER, Lobe C / DHR-2, Lobe C / DHR-2, Lobe B / Dedicator of cytokinesis / C2 DOCK-type domain / DOCKER domain / Dedicator of cytokinesis, C-terminal, lobe A / Dedicator of cytokinesis, C-terminal, lobe C / DHR-2, Lobe A / C2 domain in Dock180 and Zizimin proteins / C2 DOCK-type domain profile. / DOCKER domain profile. / Pleckstrin homology domain / Variant SH3 domain / Small GTPase Rho / small GTPase Rho family profile. / C2 domain superfamily / Pleckstrin homology domain / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / 低分子量GTPアーゼ / 低分子量GTPアーゼ / Rab subfamily of small GTPases / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン / Armadillo-like helical / Small GTP-binding protein domain / PH-like domain superfamily / Armadillo-type fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 / Engulfment and cell motility protein 1 / Dedicator of cytokinesis protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Chang, L. / Yang, J. / Chang, J.H. / Zhang, Z. / Boland, A. / McLaughlin, S.H. / Abu-Thuraia, A. / Killoran, R.C. / Smith, M.J. / Cote, J.F. / Barford, D.
資金援助 英国, European Union, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UP_1201/6 英国
Cancer Research UKC576/A14109 英国
Marie Sklodowska-Curie Actions, FragNET ITN657725European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structure of the DOCK2-ELMO1 complex provides insights into regulation of the auto-inhibited state.
著者: Leifu Chang / Jing Yang / Chang Hwa Jo / Andreas Boland / Ziguo Zhang / Stephen H McLaughlin / Afnan Abu-Thuraia / Ryan C Killoran / Matthew J Smith / Jean-Francois Côté / David Barford /
要旨: DOCK (dedicator of cytokinesis) proteins are multidomain guanine nucleotide exchange factors (GEFs) for RHO GTPases that regulate intracellular actin dynamics. DOCK proteins share catalytic (DOCK) ...DOCK (dedicator of cytokinesis) proteins are multidomain guanine nucleotide exchange factors (GEFs) for RHO GTPases that regulate intracellular actin dynamics. DOCK proteins share catalytic (DOCK) and membrane-associated (DOCK) domains. The structurally-related DOCK1 and DOCK2 GEFs are specific for RAC, and require ELMO (engulfment and cell motility) proteins for function. The N-terminal RAS-binding domain (RBD) of ELMO (ELMO) interacts with RHOG to modulate DOCK1/2 activity. Here, we determine the cryo-EM structures of DOCK2-ELMO1 alone, and as a ternary complex with RAC1, together with the crystal structure of a RHOG-ELMO2 complex. The binary DOCK2-ELMO1 complex adopts a closed, auto-inhibited conformation. Relief of auto-inhibition to an active, open state, due to a conformational change of the ELMO1 subunit, exposes binding sites for RAC1 on DOCK2, and RHOG and BAI GPCRs on ELMO1. Our structure explains how up-stream effectors, including DOCK2 and ELMO1 phosphorylation, destabilise the auto-inhibited state to promote an active GEF.
履歴
登録2019年11月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: database_2 / struct
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct.title
改定 1.22023年7月26日Group: Author supporting evidence / Other / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_database_status
Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-10498
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-10498
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dedicator of cytokinesis protein 2
B: Engulfment and cell motility protein 1
C: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1
D: Dedicator of cytokinesis protein 2
E: Engulfment and cell motility protein 1
F: Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)602,5446
ポリマ－602,5446
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area18800 Å2
ΔGint-139 kcal/mol
Surface area210600 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質 Dedicator of cytokinesis protein 2


分子量: 195902.516 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DOCK2, KIAA0209 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q92608
#2: タンパク質 Engulfment and cell motility protein 1 / ELMO1 / Protein ced-12 homolog


分子量: 83891.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ELMO1, KIAA0281 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q92556
#3: タンパク質 Ras-related C3 botulinum toxin substrate 1 / Cell migration-inducing gene 5 protein / Ras-like protein TC25 / p21-Rac1


分子量: 21478.113 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RAC1, TC25, MIG5 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P63000, 低分子量GTPアーゼ

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ternary complex of DOCK2-ELMO1-RAC1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.6 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHepesC8H18N2O4S1
2200 mMsodium chloride塩化ナトリウムNaCl塩化ナトリウム1
試料濃度: 0.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum ER / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 20

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.16_3549精密化
PHENIX1.16_3549精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION1.4粒子像選択
2EPU画像取得
4GctfCTF補正
13RELION1.4３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 245763 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 538.5 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.015433882
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.789446026
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.07475416
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.01065930
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d15.86320486

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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